Pour Kimura[18], neutraliste convaincu, le code génétique ne contiendrait aucune information sur l'adaptation d'un animal à son milieu. Chaque molécule d'ADN (locus) évolue à son propre rythme au fil des siècles et des éons. Pour Kimura, les mutations sont donc aléatoires et ne peuvent orienter l'évolution des espèces. Faux, disent Gould et les gradualistes car l'évolution est avant tout une sélection adaptive. D'où la stase qu'on connu le Nautile et le Coelacanthe puisque le milieu était propice à leur survie. Pourquoi donc évoluer, et dans quel sens, puisque rien ne l’exigeait ?...

Darwin et beaucoup d'autres après lui se sont étonnés de ne pas trouver de fossiles entre la lignée d'une espèce fille par exemple et celle de l’espèce ancestrale. Darwin considérait que les strates géologiques étaient imparfaites et qu'il n'était dès lors pas étonnant que l'on ne trouve pas les gradations les plus fines entre toutes les formes de vie éteintes et actuelles. Le fait qu'il existe des bifurcations dans l'évolution semblait toutefois très étrange. Mettons toutefois à sa décharge qu’à son époque, Darwin ne pouvait pas savoir qu’il y avait eu périodiquement des extinctions massives de populations.

Gould répond qu’on ne trouve pas ces fossiles parce qu’ils n’existent pas ! Un événement dominant provoqua une discontinuité dans la formation de l’espèce et il y eu spéciation. Une nouvelle espèce est apparue subitement et s'est développée car elle était mieux adaptée aux rigueurs du climat par exemple et recolonisa la niche écologique de l’espèce éteinte. C’est le même phénomène qui divisa les papillons anglais Bistons en deux populations, gris clair et noir, suite aux éjections de fumées noires dans les villes. Gould propose que des mutations peuvent se transmettre en peu de temps - 5000 à 50000 ans - à un grand nombre d'individus. Dans le cas des papillons anglais, un seul gène, codant pour la couleur noire plutôt que gris clair, s’est répandu grâce à la sélection naturelle qui les rendait invisibles des oiseaux, augmentant fortement leur fréquence dans les régions industrielles. Quelques années plus tard, une réduction du taux de pollution réduisit la population des papillons noirs. Cette évolution procéderait donc par une succession d’équilibres ponctués[19].

A ceux qui s'étonneraient qu'un seul gène puisse ainsi modifier une espèce en quelques générations, il faut rappeler qu'il existe des reptiles où ce phénomène s'applique de manière bien plus spectaculaire. Le tétard qui devient grenouille ou salamandre par exemple obéit à une évolution très rapide. En quelques semaines le tétard perd ses branchies et devient animal amphibien puis monte sur la terre ferme. Cette sorte de métamorphose est réglée par un un seul voire quatre gènes régulateurs tout au plus. Il suffit de les injecter dans d'autres tétards pour activer leurs gènes de mutation avant l'heure et assister à leur transformation en quelques jours sous nos yeux éberlués ! Ce n'est pas une théorie fantasque mais un mécanisme utilisé par dame Nature depuis des millions d'années.

Tout en suivant la logique de Darwin, cette théorie des équilibres ponctués insiste sur le hasard ou l'imprévisibilité et la diversité des espèces. C'est la compétition entre elles qui oriente l'évolution. Gould reste néodarwinien. Mais c'est un adepte d'un gradualisme à vitesse variables, s'opposant au gradualisme à vitesse constante d'Eldredge ou ponctuationnisme[21].

Or cette apparence est en réalité une succession d'opérations simples qui se répètent et s'additionnent en une seule étape, comme par exemple l'augmentation "soudaine" du nombre de segments de l'abdomen d'un insecte.

La seconde approche consiste à observer l'adaptation des spécimens à leur environnement, dans l'espace et dans le temps. Seule cette méthode permet d'insister sur l'observation des facteurs de compétition et reproductif des espèces. Non seulement cette étude permet d'étudier l'évolution, mais également les procédés qui amplifient les ruptures entre sociétés.

Darwin lui-même était opposé à ce type d'apparition brusque des espèces. La sélection naturelle disait-il, ne fait pas de miracles !  

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