Ainsi que le remarque C.de Duve[22] : "L'étude phylogénique se fonde sur l'hypothèse - aujourd'hui amplement vérifiée dans de nombreux cas - que les similitudes de séquences entre des gènes homologues de différents organismes sont le reflet d'une origine commune".

Il existe un gène très connu, celui de l'histone H4 qui peut nous servir d'exemple. L'histone H4 est un peptide composé de 306 acides aminés dont la tâche est de compactifier les brins d'ADN dans le noyau des cellules. Tous les loci de cette chaîne moléculaire ont un rôle spécifique. On retrouve l'histone H4 dans le poids de senteur et le thymus du veau, comme d'ailleurs chez tous les êtres vivants[23]. Celui du poids de senteur ne diffère de celui de l'être humain que par la substitution de deux acides aminés. L'ancêtre commun de ces deux groupes est un protiste qui a existé avant la bifurcation végétal/animal, il y a environ 1.5 milliards d'années. Il est étonnant et cela relève même du prodige que le "texte" de l'histone H4 ait été copié sans la moindre faute à chaque génération depuis cette lointaine époque. Cela représente quelques dizaines de milliards de copies parfaites dans un environnement parfois hostile, en tous cas soumis aux lois de la sélection naturelle pour finalement aboutir à moins de 1% d'erreur ! Essayer de vous imaginer la précision et la "résistance" au milieu que cela entraîne. Mais tous les gènes ne sont pas à l'image de l'histone H4, certains mutent facilement d'une espèce à l'autre, d'autres se fourvoient dans des hybridations sans lendemain.

L'arbre phylogénique Evolution cellulaire selon Carl Woese. Les eubactéries, les archaebactéries et les eucaryotes descendent d'un ancêtre commun, le progénote. les mitochondries que l'on retrouve aujourd'hui dans les cellules eucaryotes seraient issues des bactéries synthétiques pourpres tandis que les chloroplastes descendraient des cyanobactéries (algues bleues). Noter sur la branche de droite, la petite ramille émergeante du rêgne des animaux, de laquelle nous sommes issus. Perdu dans l’arbre de l’évolution, cette ramille n’a vraiment pas de quoi nous enorgueillir...

Nous pouvons donc être rassuré sur la fidélité[24] de certains gènes et dessiner notre arbre "paléogénétique" ou "phylogénique". On découvre que nous sommes tous issus d'un tronc commun, du même arbre phylogénique que les végétaux, les bactéries et les insectes. Les réactions métaboliques de tous les systèmes vivants terrestres reposent sur les propriétés d'une vingtaine d'acides aminés, dont les premiers dignes représentants vivants furent probablement des systèmes anaérobies sans noyau mais disposant d'une membrane externe, les progénotes, longtemps avant les organismes photosynthétiques.

L'arbre archaebactérien Arbre eucaryote Arbre éocyte Deux façons de considérer l’origine phylogénique des cellules eucaryotes. Dans l’arbre eucaryote, ces derniers partagent un ancêtre commun avec 3 groupes récents de bactéries : les bactéries halophiles, les méthanogènes et les éocytes. Dans l’arbre éocyte, les eucaryotes ne partagent qu’un seul ancêtre commun, les éocytes. Document adapté de Science.

Sur ce schéma, que l'on doit principalement à Carl Woese chaque espèce est issue d'une lignée ancestrale profondément modifiée par le hasard. En comparant l’ARN ribosomial entre les espèces, Woese considère que les organismes unicellulaires ne sont pas divisés en plus de 3 catégories. Les éléments communs de ces groupes peuvent cependant s’être développés en parallèle. Une analyse systématique fondée sur la chronologie permettra sans doute de préciser cette réponse. Mais d’ores et déjà, nous pouvons dire qu’il n'existe pas de "chaîne du vivant", ni au stade embryonnaire, ni dans un quelconque "chaînon manquant".

Du hasard à la raison Suprême

Comme bon nombre de personnes, lorsqu'on parle de hasard nous détournons la tête car l'hypothèse ne semble pas pouvoir soutenir l'observation du milieu; tout semble contrôlé avec une minutie d'horloger dans le sens du progrès. Mais ce refus est posé par ignorance. Cette importante nuance a conduit les chercheurs néodarwiniens à faire de nouvelles expériences, mais cette fois au niveau du génome de la cellule ou en manipulant des bactéries. Les conclusions bien qu'un peu moins doctrinales semblent prouver une chose : statistiquement, des facteurs neutres, régressifs ou dominants ont les mêmes chances d'apparaître mais le milieu influence l'avenir du système.

D'un point de vue thermodynamique, l'évolution biologique se complexifie suite à des contraintes croissante, progressant par saut de manière imprévisible. Etant donné la complexité de la matière, sa compréhension totale paraît impossible. D'autant plus si l'on accepte l'hypothèse des équilibres ponctués pour lesquels le hasard (cumulatif) est capable de créer de nouvelles espèces en quelques dizaines de milliers d'années.

Pour certains biologistes il est tout à fait impossible que cette seule théorie puisse expliquer l'apparition des mammifères après l'extinction des grands sauriens. Une algue bleue, ou plutôt certaines séquences de son code génétique, ne peuvent pas se transformer en si peu de temps en un petit équidé galopant. Nous devons nous tourner vers les physiciens et les physico-chimistes pour rendre cohérent les observations contradictoires. D'autres, tel le mathématicien Hermann Weyl ou le paléontologiste Roberto Fondi[25] vont plus loin encore et invoquent des facteurs métaphysiques pour expliquer cette évolution. Mais cette recherche n'est plus le but de la physique mais celui de la philosophie.

De fait, seule une théorie statistique permet de reconstituer les liens de causalités des processus. En nous tournant vers la théorie des grands nombres, des phénomènes de masse, la théorie de Darwin a une valeur universelle car elle prédit la variation des espèces et la faible quantité de grandes mutations accidentelles. Elle explique également parfaitement la lente évolution des organismes. A contrario il lui est pratiquement impossible de prédire l'évolution d'un changement particulier car une nouvelle fois le hasard travaille à son propre compte. Reste à savoir quand la vie émergea, qu'est-ce qui différencie une structure physique, un robot par exemple, d'un organisme qui se développe par sélection naturelle ? Si un biologiste répond qu'un organisme vivant résout des problèmes, le cybernéticien réfutera son argument en invoquant les robots adaptés aux environnement hostiles[27].

Reste donc le problème de la reproduction et de la variation de l'espèce, propre aux organismes vivants. Cette force vitale - inhérente à la vie - et qui dépend d'une sélection "à la Darwin" marquerait donc ses préférences pour les organismes disposés à évoluer, capable à terme d'avoir une conscience. C'est le "principe intérieur de perfectionnement" ou "orthogenèse" invoqué par le botaniste suisse Karl von Nägeli en 1884.

C'est dans ce sens que la théorie de Darwin est un programme de recherche, une idée métaphysique qui n'est corroborée que par l'existence des niches écologiques.

Aujourd'hui, le courant néodarwinien passe inévitablement par la génétique moderne. Mais l'histoire ne s'arrête pas là. Grâce aux travaux de IIya Prigogine[29], les biologistes contemporains considèrent les êtres vivants comme des "structures dissipatives" et leur appliquent les lois de la thermodynamique. Cette vision néodarwinienne semble promue à un bel avenir. Elle s'écarte du schème réductionniste traditionnel pour s'orienter vers un concept holistique et dynamique : la coévolution.

Ce n’est pas pour autant que cette évolution allant du simple au complexe signifie que les organismes dits “inférieures” sont moins adaptés à leur environnement que les organismes dits “supérieurs”. Qui oserait le prouver ? Voyez les bactéries. Leur ADN ne contient même plus de séquences inutiles et elles ont conquis tous les milieux. Pouvons-nous en faire autant ? Du reste rien ni personne ne peut expliquer pourquoi dame Nature n’en n’est pas resté aux bactéries et s’est mise à “bricoler” comme le dit François Jacob des organismes plus complexes.

Sur une base rationnelle on peut invoquer “le mur de gauche” comme le dit S.Gould, une tendance statistique qui force les espèces les plus simples à se diversifier ou “l’effet du caniveau”, qui conduit toujours un être acculé contre un mur à se diriger vers le caniveau, indépendamment des tendances.

S’il est possible de quantifier une mutation, ce qui est bénéfique pour un organisme ne l’est pas nécessairement pour un autre. Mais il est impossible d’évaluer cet avantage pour une adaptation environnementale. Puisque le seul hasard n’est pas le moteur de l’évolution et puisque la théorie de l’évolution est presqu’une tautologie, il ne reste donc pour certain que la raison Suprème et irrationnelle, la recherche du “point Oméga” cher au père Teilhard de Chardin.

Une idée de l'évolution

Et si dame Nature était aveugle...? En 1985, l'évêque de Birmingham[30] écrivit un livre en faveur d'une théorie doctrinale de l'évolution. Il considérait que la sélection naturelle était dépourvue de signification, qu'elle n'était pas en mesure d'appréhender la complexité de l'évolution.

Après ces explications, nous pouvons lui répondre que la sélection naturelle a bel et bien un sens. A la question de savoir pourquoi dans un milieu isolé, où les prédateurs sont rares, l'ours polaire est-il blanc ?, il n'y a qu'une seule réponse. Ce n'est pas par hasard ou par la volonté divine que le pelage de l'ours Arctique est blanc, mais essayer donc de chasser un phoque sur la neige avec un pelage sombre !

Depuis Darwin, biologistes et zoologistes considèrent à juste titre que les changements que l'on a observé dans l'évolution des espèces sont dus à la sélection naturelle. Même si on ne peut intuitivement nous imaginer ces lentes mutations successives, il faut bien accepté ce fait.

Nous pouvons mieux saisir ce mécanisme si nous retraçons l'évolution de l'homme, de Lucy à l'homme de Néanderthal. En l'espace de 3.5 millions d'années, des changements infimes dans le développement biologique des pré-hominidés ont conduit à l'Homo sapiens. Ces centaines et ces milliers de siècles nous rendent incrédules car nous avons du mal à nous imaginer des durées plus longues que la vie humaine. Pourtant, aux yeux d'un paléontologue, cette durée est infime en regard de ce qu'il peut appréhender.

Nous pouvons toutefois essayer de nous représenter cette durée. Imaginons que nous représentons la durée de l'évolution de la race humaine depuis Lucy. 3 millions d'années (en arrondissant) représentent un grand pas en avant, vous en conviendrez. Imaginons également qu'à chaque pas nous laissions une empreinte sur la plage pendant que la marée monte. Si nous remontons à 12 millions d'années, nous rencontrons nos ancêtres simiesques arboricoles; cela fait quatre pas. Plus tôt encore, il y 65 millions d'années, la Terre était envahie de dinosaures et probablement par nos ancêtres, de petits animaux cavernicoles, effrayés par ces monstres. Cela représente presque 18 pas de plus et 13 mètres de franchis. Ainsi de suite. Combien de mètres faudra-t-il marcher pour remonter à l'époque des premiers stromatolites, il y a 3.8 milliards d'années? 2280 mètres. Et combien jusqu'à la formation de la Terre ? 3 km.