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Pour les défenseurs d'une agriculture de qualité, il faut apporter ce dont elle a besoin (eau, engrais ou pesticides) au bon moment. Certains vont jusqu'à moduler ces apports au sein d'une même parcelle, afin de prendre en compte la variation de qualité du sol. On parvient ainsi à diminuer la pollution en modérant l'épandage d'engrais minéraux et organiques, en fractionnant les apports d'azote dans le temps et en les répartissant mieux entre les différentes cultures. On peut également agir sur le choix des techniques de lutte contre les parasites, sur les modes de traitement et sur le moment où l'on traite. Mais pour un fermier revendiquant une agriculture biologique, cette façon de raisonner n'a rien de naturelle et est fondée sur les mêmes critères de rentabilité et de compétition que l'agriculture intensive qui est à l'origine des dommages auxquels il faut désormais remédier. Ces fermiers "bio" craignent la mécanisation à outrance de l'agriculture qui ne garantit nullement la préservation de l'environnement et aboutit à la standardisation des aliments, ce qui n'est pas au goût du public quoiqu'en disent les statistiques des grands distributeurs. L'agriculture biologique préconise d'oublier la culture intensive et de revenir à l'usage de variétés agricoles plus résistantes, la jachère et la rotation des cultures, le travail du sol, la réduction de la densité des semis et la limitation des semis précoces (deux facteurs favorisant l'accroissement des risques de maladie), l'utilisation de produits biologiques, ou encore une meilleure occupation des sols afin de limiter le ruissellement et le transfert des engrais et des pesticides vers les cours d'eau (couverture hivernale dans les vignes, couvert végétal sur les parcelles entre deux récoltes, enherbement des bords des cours d'eau et des fossés ...). Bien sûr l'agriculture bio se paye par une perte de rendement qui peut atteindre 30% et des prix de vente très supérieurs aux produits classiques (mais peut-on les comparer ?). Toutefois cette perte de rendement peut être compensée par un développement généralisé des cultures biologiques, d'autant que les rayons bio des grandes surface occupent tous les jours une place plus importante, signe que le public veille à sa santé et privilégie de plus en plus les aliments de qualité.
Il faut ajouter le problème du ruissellement des pluies sur les sols imperméabilisés (rues, trottoirs, parkings, ...) et les toitures. En effet, les eaux de pluie entraînent jusqu'aux égouts, poussières, détritus, hydrocarbures automobiles, suies de combustion, résidus d'incinération d'ordures ménagères, sans parler des pollutions locales, huiles, peintures et autres liquides toxiques. Or, les réseaux de collectes ne sont pas sélectifs, ils peuvent se boucher et déborder en cas d'orage et entraîner la pollution domestique directement et sans traitement dans les rivières. Il en résulte alors une pollution brève mais intense, à laquelle de nombreux poissons ne résistent pas et meurent asphyxiés. Pour remédier à ces accidents, il est impératif que les eaux de ruissellement et les eaux domestiques usées soient collectées séparément, dans des réseaux dits séparatifs afin que la pollution éventuelle reste limitée à celle des eaux de ruissellement, par nature beaucoup moins importantes.
Enfin, il faut signaler que durant les orages d'été, l'eau des fleuves perd son oxygène et met en danger la faune piscicole lorsque le débit ou la profondeur d'eau est faible. Pour y remédier, la commune de Paris par exemple n'a pas hésité à installer des rampes d'oxygénation sur la Seine afin de créer des zones où les poissons peuvent se réfugier. Sur la Tamise, des "bubble boats" (bateaux bulles) équipés de pompes et de diffuseurs, insufflent de fines bulles d'oxygène dans l'eau en cas d'orage estival. Assainissement Lorsqu'une pollution déborde des limites des zones de stockage prescrits, qu'elle provoque des nuisances et perturbe l'environnement on parle de contamination. En ce qui concerne les rejets d'eaux polluées, s'ils ne peuvent être évités, la seule issue possible est de les assainir avant qu'ils ne contaminent l'environnement. Cela concerne essentiellement les eaux usées urbaines et industrielles. Tous les pays occidentaux collectent et traitent les eaux usées avant de les rejeter dans la nature afin de les débarrasser de la plus grande partie de leur pollution. Désormais, la directive européenne 91/271/CEE du 21 mai 1991 relative au traitement des eaux urbaines résiduaires (dont voici la version PDF) étend ces mesures à l'ensemble des pays de l'Union et, par extension dans des délais déterminés, à des villes de moindre importance.
Généralement, tout entrepreneur scrupuleux veille à ce que son usine soit raccordées à un réseau urbain d'égouts afin que les eaux usées soient traitées dans des stations d'épuration classiques en même temps que les eaux urbaines. Mais ce n'est possible que si les effluents industriels ne renferment pas de substances toxiques pour le personnel ou susceptibles d'endommager le matériau des réseaux d'égouts, ou encore de nuire à l'exploitation des stations d'épuration. En effet pour être accepté dans une station d'épuration, les déchets doivent être biodégradables et ne pas contenir de substances inhibant la croissance des bactéries qui réalisent l'épuration biologique. Les effluents industriels sont donc souvent prétraités avant d'être mélangés aux eaux urbaines : ils sont homogénéisés et refroidis, débarrassés des huiles, graisses et hydrocarbures, les rejets acides ou alcalins sont neutralisés et les sulfures comme les éléments métalliques éventuellement présents sont éliminés). Ensuite seulement ils peuvent rejoindre le circuit des eaux usées.
Enfin, tout filtrage s'accompagne de ses inévitables résidus, en l'occurrence des boues issues du processus d'épuration. Selon les matières extraites, leur quantité peut dépasser des dizaines de tonnes de gaz et des milliers de tonnes de résidus solides chaque année. La plupart de ces déchets contiennent encore jusqu'à 99% d'eau. Ces boues sont soit incinérées soit mises en décharge ou sont parfois utilisées sous forme déshydratée comme engrais en agriculture. Toutefois cette dernière utilisation n'est pas sans risque, et il est arrivé que ces substances contaminent les sols, notamment par des métaux lourds ou des microbes pathogènes qui peuvent ensuite entrer dans la chaîne alimentaire. En bref, ne croyez jamais qu'une station d'épuration rejète des produits sains dans l'environnement car du fait de la nature même des polluants le risque de contamination, même au bout de la chaîne, n'est jamais nul. Dernière partie Surveillance des écosystèmes aquatiques
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