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L'épidémie au Covid-19

Document Harvard Health Publishing adapté par l'auteur.

Pathologie (IV)

Rappelons que pendant la période d'incubation du virus, le porteur est sain, il ne présente pas de symptômes. Généralement, il n'est pas contagieux car le virus n'est pas encore transmissible. Toutefois, l'OMS confirme que certains porteurs peuvent déjà produire des virus 1 ou 2 jours seulement avant l'apparition des symptômes. Des études ultérieures ont montré que certains porteurs sont déjà contagieux 5 jours avant l'apparition des premiers symptômes, ce qui pourrait expliquer la propagation très rapide du virus.

Dans une lettre ouverture publiée dans "The Lancet" le 3 juillet 2020, des chercheurs belges ont publié les résultats d'une analyse réalisée entre le 8 avril et le 18 mai 2020 auprès de 280427 personnes dont 8343 résidents de maisons de retraite. Il s'avère que 75% des personnes vivant en maison de retraite étaient asymptomatiques. Cette proportion très élevée explique en partie la propagation rapide du virus dans ces établissements. les infectiologues recommandent de revoir le protocole de test, comme par exemple réaliser des tests plus fréquemment (tous les quinze jours) dans ces établissements, de même que dans les instituts pour handicapés mentaux.

Les cas asymptomatiques

Dans une étude publiée dans la revue "Nature Medicine" le 18 juin 2020, Ai-Long Huang de l'Université Médicale de Chongqing et ses collègues ont étudié 37 personnes asymptomatiques dans le district de Wanzhou qui furent testées positives au Covid-19 par PCR mais sans aucun symptôme clinique pertinent dans les 14 jours précédents ni pendant leur hospitalisation à l'hôpital populaire de Wanzhou.

La durée moyenne de l'excrétion virale dans ce groupe était de 19 jours (entre 15 et 26 jours), ce qui est plus long que pour le groupe symptomatique. Parmi les personnes asymptomatiques, plus de 81% des cas avaient une réduction des taux d'immunoglobulines antivirales G (IgG) et d'anticorps neutralisants au début de la phase de convalescence, contre plus de 62.1% des patients symptomatiques. 40% des personnes asymptomatiques sont devenues séronégatives et 12.9% du groupe symptomatique sont devenus négatifs pour les IgG au début de la phase de convalescence. En outre, les personnes asymptomatiques présentaient des niveaux inférieurs de 18 cytokines pro- et anti-inflammatoires.

Selon les chercheurs, "Ces données suggèrent que les personnes asymptomatiques avaient une réponse immunitaire plus faible à l'infection par le Covid-19. Cette réduction des IgG et des niveaux d'anticorps neutralisants au début de la phase de convalescence est un indice qui pourrait être exploité dans le cadre d'une stratégie immunitaire et des enquêtes sérologiques".

Selon une étude publiée dans la revue "Nature" le 30 juin 2020, 42.5% des contaminés détectés au cours de deux sondages successifs réalisés près de Padoue en Italie étaient asymptomatiques; ils ne présentaient aucun symptôme au moment du test sur écouvillon et n'ont pas développé de symptômes par la suite. Dans les autres cas, selon les chercheurs, la période d'incubation médiane, c'est-à-dire touchant 50% des patients, était de 7.2 jours.

Selon l'OMS, la période d'incubation du Covid-19 varie entre 1 et 14 jours (et entre 0 et 24 jours maximum) avec une valeur médiane de 5 à 6 jours. Ensuite apparaissent les premiers symptômes de la maladie et, s'il ne l'était pas encore, le porteur devient contagieux.

Chez les personnes asymptomatiques, la période infectieuse ne dure pas plus de 10 jours. Cela concerne 30% de la population contaminée qui s'auto-immunise. Nous verrons que cette immunité contre le Covid-19 ne dure pas plus de 3 mois (cf. page 9).

Ces études confirment que des personnes saines n'ayant pas conscience de porter le virus risquent de contaminer la population à leur insu. Le dépistage est donc toujours utile pour isoler ces porteurs sains ou infectés. Ce constat renforce aussi la règle qu'on ne répétera jamais assez, que tant qu'il n'existe pas de remède ou de vaccin, les mesures de protection sanitaire dont le port du masque de protection, doivent être maintenues dans les lieux publics fréquentés ainsi qu'en présence de personnes vulnérables.

Si la personne asymptomatique vit chez vous, pendant 2 semaines elle doit être placée en quarantaine et idéalement suivie par un médecin ou un infirmier. Durant la 3e semaine, il faut qu'elle fasse un test PCR (ou TRA, voir page 9) pour confirmer qu'elle ne porte plus aucune trace du Covid-19. Si ce test n'est pas réalisable, en cas de doute mieux vous qu'elle porte un masque ainsi que ces proches durant une semaine encore pour écarter tout risque. On reviendra sur les mesures sanitaires.

Période infectieuse

Dans une étude publiée le 23 mai 2020, les chercheurs du CDC de Singapour ont déterminé que la période infectieuse du Covid-19 chez les personnes symptomatiques peut commencer environ 2 jours avant le début des symptômes et persiste environ 7 à 10 jours après le début des symptômes. D'autres études étendent cette période infectieuse après l'apparition des symptômes jusqu'à 15 jours chez 55% des patients et jusqu'à 20 jours chez 10% des patients, la durée dépendant notamment des facteurs de risque de l'individu.

Chez la majorité des patients Covid (55%), la réplication virale active chute rapidement après la première semaine de maladie (soit J+10) et on ne retrouve plus la charge virale après la deuxième semaine malgré la persistance de la détection d'ARN par PCR (cf. page 9). En revanche, chez 15% des patients, la charge virale reste active pendant 3 à 4 semaines, le patient doit être hospitalisé et un tiers d'entre eux doit être pris en charge en soins intensifs. Ces résultats sont étayés par des données épidémiologiques, microbiologiques et des données cliniques.

Bien que ces résultats ne furent connus qu'en mai 2020, soit près de deux mois après le début de la pandémie, le personnel en charge des patients Covid a pu revoir les critères de diagnostic sur la base des données sur l'évolution temporelle de l'infectiosité plutôt que sur l'absence de détection d'ARN par PCR, en tenant compte à la fois des perspectives cliniques et de la santé publique, y compris le bien-être physique et mental du patient. En outre, la connaissance de cette timeline a permis de concentrer les efforts sur le dépistage précoce des personnes symptomatiques, permettant une intervention plus rapide tout en assurant une meilleure gestion du risque sanitaire.

Document Bionext.

Première réaction immunitaire

Concernant la réponse immunitaire, selon une étude conduite sur 285 patients Covid, l'apparition des anticorps (séroconversion) serait détectable 6 à 12 jours après l'apparition des symptômes sans pour autant observer un déclin rapide de la charge virale. Cette dernière pourrait être détectée jusqu’à 20 jours (entre 17 et 24 jours pour 50% des patients) après l'apparition des symptômes avec un seul cas signalé de 37 jours.

Dans les 19 jours suivant l'apparition des symptômes, tous les patients furent testés positifs pour l'IgG. La séroconversion pour l'IgG et l'IgM s'est produite simultanément ou séquentiellement. Les titres d'IgG et d'IgM ont atteint un plateau dans les 6 jours suivant la séroconversion.

Sachant cela, nous verrons que les tests sérologiques peuvent être utiles pour le diagnostic de patients suspects avec des résultats RT-PCR négatifs et pour l'identification des infections asymptomatiques (cf. A-L. Huang et al., 2020).

Tous inégaux face au Covid-19

Pour comprendre la Covid et mieux la combattre, il faut constater que le Covid-19 déclenche des réactions différentes sur différentes personnes. Pourquoi ne réagissons-nous pas tous de la même façon ?

Deux principaux facteurs déterminent si la contamination sera ou non accompagnée de symptômes et s'ils vont s'aggraver : d'abord la durée d'exposition et ensuite l'état de santé général de la personne.

La durée d'exposition

Une chose semble acquise. L'enchainement des symptômes et leur aggravation éventuelle ne répondent a priori à aucun schéma prévisible et donc défient toute modélisation.

Si le Covid-19 cache encore de nombreux mystères et continue à muter, les chercheurs reconnaissent tous l'importance de la charge virale. Comme c'est le cas avec tous les pathogènes, il faut une certaine dose de charge virale pour développer une réaction et éventuellement contracter une infection. Ainsi, on sait que le fait d'être exposé longtemps à ces particules virales renforce le risque qu'elles infectent les cellules.

Le niveau d'infection dépendrait de la quantité totale des charges virales sur un laps de temps donné. Il est donc importance de diminuer ce risque en réduisant la durée des contacts entre personnes, en particulier dans les endroits fermés fréquentés. A défaut, il faut appliquer des mesures de protection sanitaire.

L'état de santé

Comme d'autres pathogènes, la sensibilité à l'infection par le Covid-19 peut être influencée par le génotype de la personne (cf. F.Williams et al., 2020). Mais d'autres facteurs vont influencer la réponse immunitaire. Autrement dit, le génotype seul ne permet pas de déterminer l'évolution de l'infection.

La quantité de virus nécessaire pour déclencher une infection diffère d'une personne à l'autre. Comme c'est généralement le cas, une personne épuisée, stressée ou immunodéficiente sera probalement plus vite infectée qu'une personne en parfaite santé.

Les personnes vulnérables, âgées ou présentant des facteurs de comorbidité (des pathologies comme l'obésité, des problèmes cardiaques, du diabète, ...) sont plus enclines à développer une forme grave de la maladie et à être prises en charge aux soins intensifs.

Dans ces conditions, que risquent les jeunes en bonne santé ? Personne n'échappe aux virus. Le Covid-19 peut aussi bien se révéler asymptomatique qu'entraîner de graves complications à tout âge, même chez des personnes en excellente santé. Pour rappel, une jeune fille est décédée en moins d'une semaine du Covid-19 et le Dr. Li Wenliang qui fut en première ligne au début de l'épidémie à Wuhan, est décédé quelques semaines après avoir contracté le virus, à 33 ans. Mais il est aussi vrai que très peu de jeunes contaminés meurent de la Covid. Selon Siensano, en Belgique entre mars et novembre 2020, seuls 4 jeunes de moins de 25 ans sont décédés de la Covid contre plus de 10000 personnes âgées de 65 ans et plus.

Dans ces conditions, il apparaît plus que difficile de définir la charge virale plus ou moins dangereuse pour l'être humain. Même si on pouvait la définir sur des animaux de laboratoire ou des modèles, on ne peut pas compter sur des essais cliniques puisque l'éthique interdit de réaliser volontairement des tests sur les être humains - même volontaires - qui seraient préjudiciables à leur santé (raison pour laquelle les volontraires testant des médicaments signent une décharge de responsabilité, renonçant à toute poursuite en cas d'effet indésirable. Ceci dit nous verrons que les armées américaines testèrent des médicaments à l'insu des soldats et toutes les puissances nucléaires n'eurent aucun scrupule à contaminer des civils et des soldats pour la "raison d'État").

Premiers symptômes

Quels sont les symptômes associés au Covid-19 ? Dans une étude publiée dans la revue "Frontiers in Public Health" en août 2020 par Joseph R. Larsen de l'UCLA et ses collègues, les chercheurs sont parvenus à décrire l'ordre des symptômes généralement ressentis par les personnes infectées par le Covid-19. Selon les auteurs, "Cet ordre est particulièrement important à connaître lorsque nous avons des cycles de maladies comme la grippe qui se chevauchent et qui coïncident avec des infections au Covid-19".

Les chercheurs ont examiné les rapports de l'OMS concernant 55924 patients Covid hospitalisés en Chine entre le 16 et le 24 février 2020, complétés par 1099 autres rapports de patients Covid obtenus d'un groupe d'expert chinois et ceux de 2470 patients internationaux ayant contracté la grippe (influenza). Ils ont également examiné les rapports médicaux de patients infectés par le SARS et le MERS pour déceler les symptômes spécifiques à chaque maladie. Les chercheurs ont ensuite appliqué un processus de Markov - un processus aléatoire de diagnostic qui ne dépend que des états présents et non passés - à cet ensemble de données cliniques afin de déterminer l'ordre le plus probable d'apparition des symptômes chez les patients.

En résumé, les premiers symptômes d'une infection par le Covid sont dans l'ordre d'apparition :

- de la fièvre (> 38.1°C dans 87.9% des cas)

- une toux sèche (67.7%)

- une forte fatigue (38.1%)

- des difficultés respiratoires (18.6%)

- des céphalées (13.6%).

C'est l'inverse pour la grippe : la personne contaminée commence par tousser puis a de la fièvre.

Notons qu'en Belgique, on a constaté en octobre 2020 que le premier symptôme le plus fréquent (20-40% des cas) était la perte d'odorat et/ou du goût avant la fièvre et la toux.

Grâce à cette étude, les médecins peuvent désormais identifier plus tôt les patients Covid, leur proposer de meilleures options de traitement et réduire le temps d'hospitalisation.

Notons qu'en juin 2020, jusqu'à 10% des patients et généralement des femmes jeunes sans antécédent médicaux pouvaient présenter des symptômes proches de la grippe d'intensité variable que certains médecins interprétaient comme des problèmes somatiques qu'ils traitaient séparément sans vision globale et donc sans les attribuer à une infection par le Covid-19 (cf. ce témoignage sur RTL-TVI).

Cette confusion va devenir plus critique en automne et en hiver lorsque la grippe saisonnière réapparaîtra et où il sera très difficile de distinguer les symptômes de la grippe de ceux d'une éventuelle contamination par le Covid-19. Pour éviter de s'alarmer et prévenir cette éventuelle confusion, les infectiologues recommandent donc aux personnes sensibles dont les plus de 65 ans de se faire vacciner contre la grippe dès que possible.

A consulter : Nouveau coronavirus (COVID-19): conseils au grand public, OMS

A gauche, la procédure à suivre publiée le 16 mars 2020 par le Ministère de la Santé luxembourgeois pour éviter de contracter le virus Covid-19 et surveiller son état de santé. Au centre, les principaux symptômes d'une infection au Covid-19. A droite, en France le Collège de la médecine générale a proposé un guide de prise en charge du Covid-19 en médecine générale et un algorithme d'aide à la décision par téléphone. Il fait référence aux procédures publiées par l'institut belge Sciensano.

En général, 85% des personnes contaminées par le Covid-19 présentent des symptômes bénins. Si la personne est en bonne santé générale, elle peut éprouver un peu de fièvre ou un mal de tête accompagné d'une toux. Ces symptômes peuvent disparaître en quelques jours si la personne s'auto-immunise en développant des anticorps spécifiques qui lui permettront de résister à une nouvelle attaque virale durant probablement un an (en théorie car on connaîtra la durée exacte plus tard).

Si vous pensez avoir les symptômes de cette infection, suivez cette procédure (fichier PDF ou en format JPG ci-dessus à gauche).

Des études indiquent que 30% des patients guéris ne présentent pas un nombre élevé d'anticorps neutralisants (les NAb qui ont permis au patient de neutraliser les virus), ce qui suggère que d'autres types d'anticorps et de facteurs immunitaires ont sans doute contribué à leur guérison. Cela pose un problème scientifique car aujourd'hui les virologues ignorent quels sont-ils. On y reviendra.

Perte d'odorat et du goût

On a également observé une perte du sens de l'odorat chez certains patients (cf. ENTUK, 2020), un symptôme jusqu'alors souvent ignoré par les médecins mais que des spécialistes avaient déjà observé dans d'autres infections virales (cf. K.Bohmwald et al., 2018). En effet, comme le rappellent les auteurs de l'étude anglaise, ce n'est pas un symptôme rare car tous les virus à l'origine du rhume par exemple sont bien connus pour provoquer une perte d'odorat, et plus de 200 virus différents sont connus pour provoquer des infections des voies respiratoires. Selon les chercheurs, les coronavirus représenteraient 10 à 15% des cas.

Localisation du bulbe olfactif. Dessin Patrick J. Lynch, légendes T.Lombry.

Selon une étude réalisée en 2020 à l'échelle européenne et coordonnée par l'Université de Mons, les symptômes d'anosmie (perte partielle ou totale de l'odorat) et de dysgueusie (perte partielle ou totale du goût) ont été constatés chez un grand nombre de patients infectés en Allemagne, France, Belgique, Italie, Espagne, Angleterre et aux États-Unis. Sur les 417 patients infectés étudiés, 86% présentaient des troubles de l'odorat (la plupart ne sentent plus rien) et 88% des troubles du goût au point qu'ils n'éprouvaient plus aucun plaisir à manger.

Les dernières études montrent que c'est l'odorat qui est principalement affecté par le Covid-19 (chez 30 à plus de 80% des patients selon les régions géographiques). Il n'y a pas de congestion nasale (comme dans beaucoup d'autre affections des voies supérieures) mais le virus attaque les terminaisons nerveuses. La perte temporaire d'odorat et parfois du goût peuvent se manifester à n'importe quel stade de la maladie.

Quelle est l'origine de l'anosmie ? Si au début les chercheurs pensaient que les neurones olfactifs exprimaient le récepteur ACE2, cette piste fut abandonnée (cf. D.H. Brann et al., 2020).

Le récepteur ACE2 du Covid-19 a été identifié dans l'épithélium olfactif, à la surface des cellules de soutien ou cellules sustentaculaires des neurones. L'infection des cellules de soutien provoque une inflammation dans la fente olfactive, déjà connue pour être une zone de faiblesse. Cela provoque un gonflement des tissus et un épanchement de mucus (cf. M.Eliezer et al., 2020; Y-C. Li et al., 2020). Lorsque l'inflammation est importante, des cellules adjacentes comme les neurones olfactifs, peuvent être aussi endommagés.

Selon les chercheurs, 44% des patients ont récupéré leur odorat dans un délai de 15 jours. Les résultats d'une étude européenne coordonnée par l'Université de Mons en Belgique furent publiés en avril et mai 2020 (cf. UMONS). Elles portent au total sur 3850 patients divisés en trois groupes, essentiellement victime d'anosmie (perte totale de l'odorat), d'hyposmie (perte partielle de l'odorat), d'agueusie (perte totale du goût), voire de parosmie ou dysgueusie (l'odeur ne correspond pas à l'objet). Les patients victimes de parosmie identifient à nouveau relativement vite certaines odeurs, mais ils mettront quelques mois pour distinguer des nuances subtiles comme celles des différents fruits, des fleurs, des vins ou des cafés parmi d'autres arômes. Ils peuvent par exemple voir une pomme et sentir une odeur de poubelle ou se mettre du sel sur la langue et ressentir du sucré ! Pendant cette période de récupération, il y a des activités liées au sens du goût ou de l'odorat qu'ils ne pourront donc plus pratiquées.

Selon les chercheurs, 90 à 92% des patients récupèrent le sens de l'odorat en 6 mois. Mais certains patients mettront jusqu'à 2 ans pour récupérer à 100%, ce qui peut être très handicappant dans certains professions (par ex. parfumeur, sommelier, torréfacteur, saucier, etc).

Ce long délai est lié au fait que la récupération nerveuse est un processus lent car les neurones olfactifs endommagés doivent se régénérer (cf. Brann & Firestein, 2014). Avec un peu d'entraînement, comme une thérapie basée sur la reconnaissance des odeurs, le patient finit par retrouver le sens de l'odorat (cf. T.Hummel et al., 2020; Abscent Smell Training Kit).

Soulignons que cette première étude fut récouverte en octobre 2020 suite à la deuxième vague épidémique (cf. UMONS).

Perte de chéméthèse

Selon le neurologue Theodore Price spécialiste de la douleur à l'Université du Texas à Dallas, dans de rares cas, des patients rapportent une perte d'une sensation particulière appelée chéméthèse, qui les rend incapables de détecter les piments chauds ou les menthe poivrée fraîche - des perceptions véhiculées par des nocicepteurs et non par des cellules gustatives.

Comme l'anosmie, on sait que ces symptômes sont typiques des infections virales. Mais leur fréquence et leur persistance dans des cas bénins de Covid-19 suggèrent que les neurones sensoriels pourraient être affectés au-delà des réponses inflammatoires normales à l'infection et donc qu'il s'agirait d'une réaction directement liée à la présence du virus. Selon Price, les patients affectés "ont tous des maux de tête, et certains d'entre eux semblent avoir des problèmes de douleur qui ressemblent à des neuropathies", une douleur chronique qui résulte de lésions nerveuses.

A gauche, anatomie de la moelle épinière. A droite, localisation des ganglions de la racine dorsale (DRG) en périphérie et à l'extérieur de la moelle épinière. Documents Centre de référence Syringomyélie et adapté de Larousse.

Le Covid-19 peut-il infecter les nocicepteurs ? Price et ses collègues ont voulu répondre à cette question. Les nocicepteurs et autres neurones sensoriels se regroupent à l'extérieur de la moelle épinière, dans les ganglions de la racine dorsale (DRG). Price et ses collègues ont analysé l'ADN des DRG et en particulier l'effet des anticorps ciblant la protéine de surface ACE2 (cf. T.Price et al., 2020). Ils ont découvert qu'un sous-ensemble de neurones DRG contenait de l'ACE2, offrant au virus un point d'entrée dans les cellules. Les neurones DRG qui contenaient l'ACE2 possédaient également de l'ARNm, le messager des instructions génétiques pour fabriquer une protéine sensorielle appelée MRGPRD. Cette protéine peut réguler la fonction des nocicepteurs y compris la sensation de la douleur. Elle marque les cellules comme un sous-ensemble de neurones dont les terminaisons sont concentrées à la surface de la peau et des organes internes, y compris les poumons – où elles seraient sur le point de capter le virus.

Selon Price, une infection nerveuse par le Covid-19 pourrait induire des symptômes aigus et durables : "Le scénario le plus probable serait que les nerfs autonomes et sensoriels soient affectés par le virus. Nous savons que si les neurones sensoriels sont infectés par un virus, cela peut avoir des conséquences à long terme" (même si le virus n'est pls actif dans les cellules). Mais selon Price, "il n'est pas nécessaire que les neurones soient infectés." En effet, dans une autre étude (cf. T.Price et al., 2020), avec ses collègues ils ont comparé les données génétiques des cellules pulmonaires de patients Covid et de témoins sains et ont recherché des interactions avec des neurones DRG sains. Ils ont trouvé de nombreuses cytokines, des molécules de signalisation du système immunitaire, chez les patients infectés qui pourraient interagir avec les récepteurs neuronaux. Cette observation suggère que les nerfs pourraient subir des dommages durables par les cytokines sans être directement infectés par le virus. On reviendra plus bas sur l'origine et les conséquences du choc cytokinique.

Les démangeaisons

Selon une étude publiée par Mario Falchi du King's College de Londres et ses collègues sur le serveur "medRxiv" en juillet 2020, les démangeaisons ont été identifiées chez 17% des 336000 patients Covid suivis dans cette étude. Ce symptôme est un signe avant-coureur de la maladie car il s'est manifesté avant les autres symptômes. Chez 20% des patients Covid, des plaques rouges, souvent localisées sur les orteils ou les doigts, étaient le seul signe clinique observé. Ces démangeaisons représentent donc un signal d'alerte.

Les rougeurs et les pseudo-engelures

A mesure que le virus touche plus de personnes, des médecins italiens ont constaté l'apparition de pathologies dermatologiques, des lésions sur la peau sous forme de rougeur (rash érythémateux), d'urticaire diffuse, de plaques, de boutons, de vésicules et de petites nécroses, principalement sur le tronc ou les membres inférieurs. Il s'agit d'une inflammation majeure qui nécessite des soins d'urgence. Sur les 88 patients étudiés en Italie, 18 soit 20% présentaient des manifestations cutanées : 8 au début de la maladie et 10 en cours d’hospitalisation (cf. S.Recalcati, 2020) et principalement des rougeurs. Le traitement est analogue à celui traitant une infection proche comme le lupus et cela cicatrise en quelques jours.

Des dermatologues belges ont également constaté que des patients jeunes dont l'âge moyen est de 30 ans présentent fréquemment des pseudo-engelures alors qu'ils n'ont pas été exposés à un froid intense. Ils estiment que le Covid-19 ne serait que la cause indirecte de ces symptômes et qu'il s'agit plutôt d'un effet du confinement, à savoir la sédentarisation. En effet, on sait d'expérience que le manque d'activité diminue la perfusion sanguine aux extrémités. Dans ce cas-ci, cela ne manifeste par des sortes d'engelures. Mais il ne s'agit que d'une hypothèse qu'il faut encore démontrer sur base de beaucoup plus d'autres cas cliniques.

On reviendra plus bas sur cette pathologie et son possible lien avec la maladie appelée SAVI.

Courbatures, migraines et fatigue

Au stade suivant, des symptômes grippaux apparaissent, des douleurs musculaires, des maux de tête et souvent mais pas toujours par une forte fatigue, un symptôme typique de la pneumonie. Si la fièvre passe de 38 à plus de 40°C en une nuit ou si les symptômes persistent ou s'accompagnent d'un essoufflement ou une détresse respiratoire aiguë (SDRA) ou d'autres symptômes aussi graves, il faut d'urgence appeler le médecin traitant mais ne pas se rendre à son cabinet. Généralement le traitement est similaire à celui de la grippe à la différence qu'il n'existe pas encore de vaccin et qu'on ne peut traiter que les symptômes.

Si le médecin juge que le patient a probablement contracté le virus, le malade doit se rendre immédiatement à l'hôpital. Dans certaines villes, sachant que le personnel soignant est parfois en sous-effectif et traite en priorité les malades gravement atteints, si les symptômes ne demandent pas une hospitalisation, il peut arriver que le patient ne soit pas pris en charge. C'est illégal mais ce sont des cas de force majeur. On lui demandera de rentrer chez lui en suivant la prescription du médecin tout en restant en contact avec l'équipe soignante via une application accessible par Internet. Si ce n'est pas possible, l'hôpital à l'obligation de trouver le moyen de prendre le patient en charge.

 

Covid-19

Grippe

Rhume

Gastro-

entérique 

Pneumonie

bactérienne

Allergie

(pollens)

Fièvre

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Toux

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Fatigue

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Difficulté respiratoire

a   Rare      

Maux de tête

a a Rare a a (a)

Mal de gorge

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Congestion nasale

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Courbatures

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Perte de l'odorat/goût

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Diarrhée

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Vomissements

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Nausées

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Selon des études cliniques de l'OMS conduites en Chine, chez les patients Covid et selon la progression de la maladie, dans 44 à 88% des cas, durant les deux premières semaines les symptômes sont bénins à modérés avec de la toux, des migraines passagères et de la fièvre, le virus n'infectant que les voies supérieures, le nez et la gorge et parfois les bronches.

Symptômes secondaires : hoquet, perte de cheveux et perte d'audition

Plusieurs symptômes désagréables qui furent longtemps attribués à d'autres affections, sont aujourd'hui formellement attribués au Covid-19. Il s'agit du hoquet, de la perte de cheveux, de la toux sèche et des vertiges. Non pas le symptôme en soi qui peut se déclencher pour différentes causes mais lorsqu'il est associé à une contamination par le Covid-19.

Ainsi, dans une étude publiée par Prince ert Sergel dans la revue "The American Journal of Emergency Medicine" juillet 2020, on apprend que le hoquet (singultus) peut affecter les patients Covid durant toute la durée de leur maladie. Ce hoquet peut-être peristant et se manifester jour et nuit suite à une atteinte de la zone pulmonaire.

Aux Etats-Unis, des médecins de la clinique de Cleveland ont découvert que les patients Covid de longue durée perdaient leurs cheveux, un symptôme qui apparaît chez 65% des patients. Mais il apparaît aussi chez des individus asymptomatiques comme on le constata sur les réseaux sociaux (cf. le tweet d'Alyssa Milano et le reportage sur YouTube. L'actrice fut atteinte par le virus en mars 2020 et présentait toujours des symptômes au mois d'août). En fait, ce symptôme appelé l'effluvium de télogène serait temporaire. Mais il démontre les effets du stress et de la fatigue que subissent les patients Covid, en particulier lorsque les rechutes s'enchaînent, sans perspective de guérison.

Enfin, dans un article publié dans les "Case Reports" des "BMJ Journals" le 13 octobre 2020, les auteurs décrivent un cas de surdité irréversible apparu chez un patient Covid de 45 ans.

Les spécialistes ORL britanniques observent fréquemment une perte auditive soudaine chez des patients. Cela représente entre ~5 et 160 cas pour 100000 personnes chaque année. On ignore les causes exactes de ce trouble qui peut être lié à un vaisseau obstrué ou apparaître suite à une infection virale comme l'Influenzavirus (la grippe), les virus de l'herpès ou le cytomégalovirus, bref chez des patients dont les défenses immunitaires sont affaiblies.

Chez ce patient Covid, une semaine après sa sortie de réanimation et alors qu'il semblait se rétablir, il commença à percevoir des acouphènes. Un examen médical montra que ses conduits auditifs n'étaient ni obstrués, ni enflammés et ses tympans étaient intacts. Un test auditif confirma une perte d'audition de l'oreille gauche. Il fut traité à base de corticoïdes mais il n'a que partiellement retrouvé l'ouïe.

Selon les médecins, après avoir écarté les autres causes possibles comme le VIH ou la polyarthrite rhumatoïde, ils conclurent que sa déficience auditive était associée au Covid-19. Notons qu'un premier cas de perte auditive mentionnant le Covid-19 fut signalé en avril 2020 en Thaïlande (cf. Sriwijitalai & Wiwanitkit, 2020).

En fait, selon le Dr Kevin Muro, professeur d'audiologie à l'Université de Manchester, "en théorie il est possible que le Covid-19 puisse affecter certaines parties du système auditif, y compris l'oreille moyenne ou la cochlée. Mais il est possible que des facteurs autres que le Covid-19 puissent avoir un impact sur la perte auditive préexistante et les acouphènes. Ceux-ci peuvent inclure le stress et l'anxiété, y compris l'utilisation de masques faciaux qui rendent la communication plus difficile, les médicaments utilisés pour traiter le Covid-19 qui pourraient endommager l'oreille ou d'autres facteurs liés à une maladie grave. C'est pourquoi nous pensons qu'il y a un besoin urgent d'études de haute qualité pour étudier les effets aigus et temporaires du Covid-19 sur l'audition et le système audiovestibulaire. Des preuves opportunes pour les décideurs sont nécessaires de toute urgence, nous devons donc être en mesure d'agir rapidement".

Nous verrons plus bas que d'autres symptômes apparaissent dans les formes sévères de la maladie.

De façon générale, selon les pays, entre 15 et 18% des personnes contaminées par le Covid-19 ont été hospitalisées. La plupart d'entre elles guérissent après une semaine à un mois de traitement et peuvent ensuite rentrer chez elles. Jusqu'à 20% des patients Covid hospitalisés ont besoin de soins intensifs (ils sont en réanimation) et pour les personnes à risque, le pronostic vital peut être engagé.

Pour rassurer le lecteur, s'il n'y avait qu'un nombre à retenir, 99% des personnes contaminées guérissent de la Covid-19.

A tester : Calculer votre probabilité de survie si vous êtes contaminé par le Covid-19

Examens médicaux

Après un test sérologique positif (cf. page 9), pour vérifier l'état de la progression de la maladie, on peut réaliser un examen radiographique, micro-onde ou un scanner des poumons, des appareils qui d'ailleurs vont fonctionner à temps plein durant cette crise.

Selon les cardiologues du CHU de Besançon en France, "on peut aussi utiliser un angioscanner, un examen d'imagerie médicale avec injection de produit de contraste pour explorer les veines et les artères. Parmi les patients explorés par angioscanner pulmonaire dans leur étude, 23% avaient une embolie pulmonaire. Notre recommandation est donc claire : il faut dorénavant proposer la réalisation d'un angioscanner pulmonaire au lieu du scanner thoracique sans injection aux patients Covid-19 ayant des signes de gravité. Une technique qui a sauvé des patients à Besançon et qui en sauvera d’autres" (cf. La Presse du Doubs).

Évolution de la maladie

Des études sur des patients Covid non hospitalisés montrent qu'ils présentent des séquelles bénins mais persistants durant plusieurs mois après l'infection. Ces symptômes peuvent être simples ou multi-organiques. On y reviendra à propos des séquelles de la maladie.

De même, des études sur des patients Covid hospitalisés montrent qu'un ou plusieurs organes sont déjà atteints deux à trois mois après l'infection. En effet, le Covid-19 ne s'attaque pas seulement aux voies supérieures ni même aux poumons comme on le pensait dans un premier temps sur base des études effectuées en Chine. Dans certains cas, le virus peut se propager jusqu'aux intestins et dans les vaisseaux sanguins. Si l'inflammation se généralise, il peut infecter l'ensemble des tissus et de nombreux organes. Ces cas sont heureux plus rares. Mais ils montrent qu'il existe une similitude avec la pneumonie "classique" d'origine virale ou microbienne où le patient peut présenter des troubles digestifs, cardiaques, rénaux, des douleurs articulaires, etc (cf. la revue RMR).

Des patients infectés par le Covid-19 hospitalisés aux soins intensifs (à gauche, à l'hôpital Vall d'Hebron à Barcelone, en Espagne, le 6 avril 2020). Documents Pau Barrena/AFP et Anne Chaoni/AFP.

Décrivons quelques cas cliniques très différents découverts chez des patients infectés par le Covid-19.

Troubles gastro-intestinaux

Le Covid-19 peut affecter le microbiote intestinal (cf. L.Rong et al., 2020; W.Guan et al., 2020; J.J.Y. Sung et al., 2020). Au fil du temps, on a constaté qu'une majorité de patients (jusqu'à 61%, cf. S.Ding et al., 2020; W.W.Chan et al., 2020) présentent des symptômes gastro-intestinaux (diarrhées, vomissements, ...). Cette infection confirme des études précédentes réalisées en Chine montrant qu'on avait retrouvé le virus dans des selles, et même des virus dont la charge virale était toujours active (cf. Y.Liu et al., 2020; W.Bu et al., 2020).

Mais comment le Covis-19 se retrouve dans les intestins ? Dans une longue étude (63 pages) publiée dans la revue "Cell" en 2020, Alex K. Shalek du MIT et ses collègues ont montré que le Covid-19 tire avantage de l'interféron, une protéine antivirale de la famille des cytokines produite par le système immunitaire qu'il détourne pour infecter les cellules saines.

Lorsque l'infection est aiguë, grâce à certains gènes, le système immunitaire produit différents types d'interférons (IFNα, IFNβ, IFNγ et IFNλ) qui vont renforcer la résistance des cellules au virus. Les chercheurs ont notamment découvert que l'interféron-alpha ou IFNα stimule l'expression du récepteur ACE2. Or nous avons expliqué que le Covid-19 utilise justement ce récepteur pour infecter les cellules. Autrement dit, le système immunitaire qui normalement doit combattre le virus, lui signale où se trouve la porte d'entrée !

Cependant, il n'est pas clair si le Covid-19 se réplique dans l'intestin humain et contribue à une éventuelle transmission fécale-orale. Dans une étude publiée dans la revue "Science Immunology" en 2020, Siyuan Ding de l'Université de Washington et ses collèges ont décrit comment une infection au Covid-19 peut se développer grâce aux récepteurs ACE2 des entérocytes matures dans les petits entéroïdes intestinaux (les cellules digestives). Comme on le voit ci-dessous à droite, l'expression de deux sérines protéases spécifiques de la muqueuse, TMPRSS2 et TMPRSS4 favorise l'entrée du Covid-19 dans les cellules hôtes.

Le Covid-19 s'attaque aussi au microbiote intestinal, provoquant notamment des diarrhées. Au centre, structure et détail des villosités de l'intestin grêle. A droite, gros-plan d'une coupe transversale des villosités intestinales montrant la manière dont le Covid-19 peut se développer dans les entéroïdes (les cellules digestives) grâce aux récepteurs ACE2 des entérocytes matures. Documents Nobeastsofierce/Shutterstock, maquette et adaptation de T.Lombry et S.Ding et al. (2020).

Par conséquent, on retrouve le Covid-19 dans les intestins parce qu'à l'instar des cellules du système respiratoire, le récepteur ACE2 (parfois en association avec TMPRSS2 et TMPRSS4) est également présent dans les cellules du tube digestif dont les entérocytes de toutes les parties de l'intestin grêle, y compris le duodénum, le jéjunum et l'iléon, et dans une moindre mesure dans le colon et le foie (cf. A.K.Shalek et al., 2020; W.Timens et al., 2004) Ce récepteur est en fait présent dans les cellules de la plupart des organes, d'où le risque qu'ils soient également infectés.

En revanche, les chercheurs n'ont pas constaté de changement significatif de l'expression de l'ACE2 dans des cellules immunitaires comme les lymphocytes T CD4 et les macrophages stimulées par l'interféron, où leur quantité fut même parfois diminuée. On reviendra sur le rôle des TCD4.

Les chercheurs ont également montré que les virus libérés dans la lumière intestinale ont été inactivés par le liquide colique humain simulé, et aucun virus infectieux n'a été récupéré à partir des échantillons de selles des patients Covid. Selon les chercheurs, "Ces résultats démontrent que l'intestin est un site potentiel de réplication du Covid-19, ce qui peut contribuer à la maladie locale et systémique et à la progression globale de la maladie". Conclusion, la stratégie thérapeutique consistant à bloquer ou leurrer le récepteur ACE2 compte parmi les objectifs prioritaires des médecins-chercheurs.

Trachéite virale

Dans de rares cas, en moins d'une semaine et plus généralement entre le 7e et le 10e jour, on peut observer une aggravation des symptômes (modérés ou sévères) avec une inflammation de la trachée, c'est la trachéite qui dans ce cas-ci est d'origine virale.

Résumé de la toux sèche. Document Creapharma adapté par l'auteur.

Le Covid-19 provoque d'abord la libération des cils vibratiles des cellules de la trachée, cils plongés dans un mucus, des sécrétions qui assurent l'expulsion des poussières et des polluants afin qu'ils n'endommagent pas les bronches et les alvéoles (cf. le système respiratoire). Ces sécrétions sont ensuite avalées, crachées ou éliminées par la toux. Si l'attaque virale se poursuit, les cellules meurent et disparaissent. C'est à ce stade qu'on observe une toux sèche dans 68% des cas.

Dans la plupart des cas, la maladie s'arrête à ce stade mais le patient doit endurer les sympômes "grippaux" l'obligeant à rester au lit plusieurs jours avec une intensité variable qui peut se prolonger pendant un mois.

La différence avec une bronchite, dans le cas de la Covid-19 généralement la toux est sèche et la fièvre est plus importante et dure plus longtemps. Le patient a des migraines et des courbatures, ce qui n'est pas le cas dans la bronchite.

La différence avec une angine virale est qu'elle est douloureuse au niveau de la gorge et s'accompagne d'une fièvre importante. Le patient peut parfois avoir le nez bouché ou qui coule, éternuer, être enroué, autant de symptômes rares avec la Covid-19. Si l'angine est bactérienne, le patient peut présenter des ganglions du cou gonflés et douloureux et ne présente pas de toux.

La différence avec la grippe est la période d'incubation (valeur médiane, c'est-à-dire touchant 50% des patients) qui est de 3 jours pour la grippe contre 5 à 6 jours pour la Covid-19 bien que certains patients peuvent excréter des virus 24 à 48 heures avant l’apparition des symptômes. Donc en moyenne, la grippe se propage plus rapidement que la Covid-19. La symptomatologie est similaire pour les deux infections virales. Sur le plan clinique, la proportion de cas sévères et critiques semble plus élevée dans le cas de la Covid-19 que pour la grippe (cf. OMS).

Si un médecin généraliste peut rapidement savoir si le patient présente une bronchite ou une angine, il lui sera impossible de différencier le Covid de la grippe sans test sérologique.

Troubles de la thyroïde

Selon une étude publiée dans "The Lancet" en juillet 2020 par Illaria Muller de la Polyclinique de Milan et ses collègues, le Covid-19 provoque aussi une inflammation de la thyroïde ou thyroïdite. Ce symptôme apparaît chez des patients atteints par la forme sévère de la maladie.

Selon les chercheurs, 20% des patients examinés présentaient une thyréotoxicose, c'est-à-dire des troubles dus à la présence excessive d'hormones thyroïdiennes dans l'organisme. Sachant que la thyroïde joue un rôle clé dans notre organisme, son dysfonctionnement peut entraîner des troubles importants dans la vie des patients.

La pneumonie virale

Comment le virus attaque-t-il les poumons et quelles sont les conséquences pathologiques ? Généralement, c'est au bout d'une semaine de lutte contre le virus et constatant que cela ne s'améliore pas que les personnes contactent les urgences au 112 et sont hospitalisées. Après les analyses d'usage, c'est alors qu'on leur annonce généralement qu'elles ont contracté une pneumonie virale (mais parfois simplement une grippe).

A consulter : Covid-19 Cell Atlas

A gauche, microphotographie d'une section verticale à travers l'épithélium cylindrique pseudostratifié et sain de la trachée humaine. On distingue les cils en surface puis l'épithélium pseudostratifié (rouge) avec les cellules ciliées au-dessus, les cellules caliciformes en blanc et les cellules basales en-dessous) soutenu par la membrane basale et le corps basal (bleu). Le mucus circule en surface, au dessus du liquide périciliaire (non visibles). A droite, photos montrant les changements pathologiques sur les poumons de macaques cynomolgus inoculés au Covid-19. (A) Deux foyers viraux apparaissent dans le lobe pulmonaire inférieur gauche (pointes de flèches). (B) La zone touchée par la pneumonie virale. (C) Liquide œdémateux dans la lumière alvéolaire. (D) On distingue des neutrophiles, des érythrocytes, la fibrine et des débris cellulaires dans une lumière alvéolaire inondée de liquide œdémateux. (E) Cellules mononucléaires (pneumocytes de type II et macrophages alvéolaires) dans une lumière alvéolaire inondée de liquide œdémateux. (F) Syncytium ou cellule géante dans une lumière alvéolaire observée à 100X. Dans l'encart, le syncytium exprime la kératine, indiquant l'origine des cellules épithéliales (immunohistochimie pour la pankératine AE1/AE3). (G) L'expression de l'antigène du Covid-19 colocalisée avec des zones de lésions alvéolaires diffuses. (H) Les pneumocytes de type I (plats) et de type II (cuboïdes) dans le tissu pulmonaire affecté exprimant l'antigène du Covid-19. (I) Les cellules épithéliales cylindriques ciliées de la muqueuse respiratoire dans la cavité nasale exprimant l'antigène du Covid-19. Documents Steve G. Schmeissner/Science Photo Library/Alamy et B.Rockx et al. (2020).

Les alvéoles pulmonaires sont normalement remplies d'air (ce qu'on appelle la lumière alvéolaire sur les photos), permettant d'évacuer le dioxyde de carbone et d'oxygéner le sang. Lorsqu'elles sont attaquées par un pathogène, en l'occurrence le Covid-19, celui-ci infecte les cellules formant la couche externe du tissu pulmonaire, les pneumocytes, qui sécrètent un liquide tapissant la surface des alvéoles. Lorsque ces cellules détectent le virus, elles produisent des molécules de signalisation qui vont assurer deux fonctions : inhiber la prolifération des particules virales dans la cellule et avertir les cellules voisines ainsi que le système immunitaire. Celui-ci réagit en provoquant une réaction inflammatoire : il envoie des cellules immunitaires sur le site concerné qui vont produire des molécules spécifiques pour attirer d'autres cellules plus spécialisées en fonction de la cible dans le but de détruire les virus. Expliquons cette réaction en détails.

Réactions infllammatoires : le choc cytokinique

En plus des pathologies associées qui compliquent leur situation cliniques (en excluant les comorbidités), environ une semaine après l'apparition des symptômes, l'état respiratoire peut s'aggraver sans nécessairement être lié à l'activité du virus. On observe une réponse immunitaire exagérée, un choc cytokinique ou "orage de cytokines" (cytokine storm); c'est le syndrome de libération des cytokines (SLC). L'organisme produit exagérément ces médiateurs de l'inflammation dont l'interleukine-6 (IL-6) alors que d'autres médiateurs comme les interférons (IFN) diminuent dans les formes graves de la maladie (cf. Merad et Martin, 2020; J.Manson et al., 2020). On y reviendra (voir plus bas).

Résumé des différents stades d'une infection pulmonaire par le Covid-19. Document Avesta Rastan adapté par l'auteur.

On observe la même réaction inflammatoire à un stade avancé de l'infection, lorsque le virus envahit d'autres organes comme le coeur, le foie ou les reins. Lorsque l'infection devient multi-organique, la réponse inflammatoire du système immunitaire devient explosive et novice pour l'organisme.

On avait déjà observé cet "orage" de cytokines lors des précédentes maladies respiratoires provoquées par le MERS et le SARS et on soupçonne qu'elle était aussi active durant la pandémie de grippe espagnole en 1918.

Bonne nouvelle, aujourd'hui on sait comment apaiser cet orage. Le Tocilizumab (RoActemra), un médicament modulant l'immunité prescrit pour traiter la polyarthrite rhumatoïde a montré lors de tests cliniques réalisés en France entre mars et avril 2020 qu'il peut freiner la production massive et toxique de cytokines chez certains patients (cf. APHP). Des tests cliniques sont en cours en Chine, en Belgique et dans d'autres pays afin de valider ce médicament. Seul bémol, une dose revient à 800 €.

Comment se déroule cette réaction inflammatoire ? Dans une première phase, le système immunitaire inné, celui d'origine génétique, déclenche une réponse non spécifique. Les globules blancs également appelés leucocytes, dont des macrophages alvéolaires spécialisés sont chargés de détruire les particules virales par phagocytose dans les alvéoles.

Tant que le porteur est en bonne santé, la réaction inflammatoire n'est pas un problème car l'organisme dispose d'une deuxième stratégie, le système immunitaire adaptatif, ciblé, qui est capable d'apprendre et de mémoriser les caractéristiques antigéniques du virus. 

Si le virus n'est pas éliminé par la réponse innée, certaines des molécules de signalisation libérées lors de la première réaction inflammatoire vont avertir le système immunitaire adaptatif qui prend la relève. Il commence par libérer des substances messagères qui vont inciter les cellules à présenter des fragments du virus aux lymphocytes T également appelés cellules T qui portent différents récepteurs d'antigènes à leur surface.

A lire : Immunité anti-virale (PDF), B.Autran

A gauche, détection des lymphocytes T ou cellules T porteuses du marqueur CD8 et CD4 chez les patients Covid contaminés mais également chez les convalescents. C'est de très bonne augure pour les vaccins. A droite, la réponse immunitaire adaptative face au Covid-19. Documents A.Sette et al. (2020) et Immunitrack adapté par l'auteur.

Les premiers à intervenir sont les lymphocytes T cytotoxiques également appelés T killer. Ces cellules T portent à leur surface un marqueur protéique CD8 (d'où l'acronyme TCD8+) qui va leur permettre d'attaquer et de détruire les cellules pulmonaires infectées. Il produit aussi des granulocytes qui libèrent des molécules antivirales.

Les leucocytes sont capables de fabriquer des anticorps spécifiques pour lutter contre le virus. Notre corps possède une bibliothèque de milliards de globules blancs, dont chacun ne peut produire qu'une seule forme d'anticorps. Seuls quelques-uns de ces anticorps correspondent au Covid-19. La production d'anticorps de la forme spécifique peut prendre plusieurs jours (cf. les courbes d'immoglobulines IgM et IgG). Entre-temps, il peut déjà y avoir des milliards de virus pathogènes dans l'organisme.

Si un composant du virus correspond à l'un de ces récepteurs, le lymphocyte réagit en se multipliant. Les cellules-filles deviennent des lymphocytes T auxiliaires ou cellules T auxiliaires, également appelées TCD4+ ou T helper dont la fonction est de stimuler les lymphocytes B afin qu'ils produisent des anticorps pour empêcher le virus de se multiplier. Si le nombre de TCD4+ vient à chuter, cela signifie que les défenses immunitaires du patient ne peuvent plus combattre l'infection et le pronostic vital est engagé.

Evolution schématique des réponses du système immunitaire en présence d'une charge virale. Selon le porteur (son âge, la maturité ou l'état de son système immunitaire, ses facteurs de risque, etc), il présenta ou non des symptômes qui seront bénins ou sévères. A droite, un  exemple de réinfection. Les cellules T auxiliaires (TCD4+) et les cellules T cytotoxiques (CTL) sont détectables dans le sang 1 à 2 semaines avant les anticorps (respectivement au terme de la première et de la deuxièmesemaine de la réponse immunitaire) et suivent à peu près les mêmes courbes mais à des titrages différents. Documents The New York Times adapté par l'auteur et B.Autran.

Ainsi, au cours d'une étude conduite en Chine sur 39 patients Covid, 20 d'entre eux soit 51.3% avaient un résultat au test RT-PCR négatif (cf. page 9) dans les 14 jours suivant les premiers symptômes. Mais jusqu'à la fin du suivi, les lymphocytes T (CTL), TCD4+ et TCD8+ étaient tous statistiquement plus élevés chez les patients qui avaient une infection bénigne qui ont rapidement récupéré. Ces patients présentaient des niveaux plus élevés de cellules T et B. On en déduit que les mesures de la concentration des cellules TCD4+ et TCD8+ chez les patients représentent de bons indicateurs de la sévérité de l'infection au Covid-19 et de son évolution (cf. L.Guo et al., 2020).

C'est cette chaîne de réactions inflammatoires qui provoque de la fièvre et parfois des rougeurs cutanées et des douleurs. La réaction inflammatoire envoie aussi des signaux vers la cellule attaquée qui réagit en libérant du liquide œdémateux, l'empêchant d'assurer les échanges gazeux avec le sang. Mais en trop grand nombre, ces cellules spécialisées détruisent également les tissus pulmonaires sains.

Résumés des phases clés (gauche) et des différentes pathologies (droite) liées à une infection au Covid-19. Documents M.J. Matheson et al. (2020) et M.Wadman et al. (2020) illustrés par V.Altounian/Science et adaptés par l'auteur.

Paradoxalement, on observe la même réaction immunitaire explosive chez les personnes dont le système immunitaire est optimal et qui ne souffrent d'aucune autre maladie. Cet emballement de la réponse inflammatoire ne ne produit pas chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou immature (personnes âgés et enfants) ainsi que chez les patients souffrant d'immunodéficiences (SIDA, etc).

Une autre étude a permis de comprendre pour quel raison se produit l'orage de cytokines.

Le contrôle du génome cellulaire

Dans une étude publiée dans la revue "Cell" en 2020, Benjamin R. tenOever de l'École de médecine Icahn du Mont Sinaï de New York et ses collègues ont étudié en détails la façon dont le Covid-19 infecte les cellules. Ils ont constaté que le virus organise littéralement une prise de contrôle hostile des gènes contrairement aux autres virus, entraînant des changements "uniques" et "aberrants" pour reprendre l'expression de tenOever.

En prenant le contrôle du génome cellulaire, le virus modifie la façon dont les segments d'ADN sont lus, ce qui pourrait expliquer pourquoi les personnes âgées sont plus susceptibles de succomber au Covid-19 et pourquoi les médicaments antiviraux peuvent non seulement sauver la vie des patients malades, mais également éviter des symptômes sévères si le patient est pris en charge avant l'infection.

Clairance (épuration) inefficace lors d'une infection par le Covid-19 du système respiratoire d'une personne âgée par rapport à celui d'une personne jeune. Document A.L. Mueller et al. (2020) adapté par l'auteur.

Les membres de l'équipe dont certains sont virologues depuis 20 ans, n'ont jamais vu une telle chose. Le "quelque chose" que les chercheurs ont découvert, c'est la façon dont le Covid-19 bloque un ensemble de gènes dont les protéines combattent les virus mais permet à un autre ensemble de répondre à l'envahisseur, un comportement jamais vu avec d'autres virus. Ainsi, dans le cas de les virus grippaux et du SARS, ces coronavirus interfèrent avec les deux agents de la réponse immunitaire.

Comme expliqué précédemment, le premier groupe de gènes produit des interférons. Ces protéines que les cellules infectées libèrent, sont des sémaphores biologiques, signalant aux cellules voisines d'activer quelque 500 de leurs propres gènes afin de ralentir la capacité du virus à se répliquer s'il les envahit. Cette phase dure de 7 à 10 jours durant lesquels la réplication du virus est sous contrôle et permet à l'organisme de gagner du temps pour que le deuxième groupe de gènes s'exprime et agisse.

Ce deuxième ensemble de gènes produit ses propres protéines, les chimiokines, qui émettent un signal biochimique d'alarme. Lorsque les cellules B produisant les anticorps et les cellules T killers de virus détectent l'alarme, elles se précipitent vers sa source. Si tout se passe bien, le premier ensemble de gènes permet de tenir le virus à distance assez longtemps pour que les cellules T killers arrivent et commencent à éradiquer les virus.

Selon tenOever, "La plupart des autres virus interfèrent avec certains aspects des deux types de gènes. Si ce n'était pas le cas, personne n'aurait jamais une maladie virale" car cette double attaque frapperait toute infection naissante.

Toutefois, le Covid-19 bloque uniquement une défense cellulaire mais active l'autre comme l'ont constaté les chercheurs en étudiant des cellules pulmonaires humaines saines cultivées dans des boîtes de pétri, des furets (que le virus infecte facilement) et des cellules pulmonaires de patients Covid. Dans les trois cas, ils ont découvert que dans les trois jours suivant l'infection, le virus incite les gènes à produire les molécules appelées en renfort, les cytokines, mais il bloque leurs gènes qui induisent la fabrication des interférons qui freinent la réplication du virus. Le résultat est que le virus a une liberté totale pour se répliquer avec pour conséquence un orage cytokinique dans les poumons qui peut être fatal.

Peut-on éviter ou réduire l'orage cytokinique ? Si on ne peut pas répondre par l'affirmative, on peut renforcer le système immunitaire afin de l'aider à combattre les infections. Face au risque d'orage cytokinique lors d'une infection, les nutritionnistes ne recommandent pas les régimes boostant le système immunitaire à coups de pilules en tous genres qui risquent de suractiver nos défenses immunitaires et d'amplifier l'orage de cytokines. Ils recommandent plutôt de manger sain et équilibré, y compris des pylophénols (des fruits) et de pratiquer régulièrement un sport.

L'ARN (en vert) du Covid-19 en train de prendre le contrôle des cellules qu'il infecte. Document ICAHN/MSSM.

Ensuite, la réponse de l'organisme va dépendre de la santé générale du patient et de son âge, en particulier de son état immunitaire dont le nombre de lymphocytes T naïfs capables de reconnaître la menace.

Dans une étude publiée dans la revue "Science" le 17 juillet 2020, Akbar et Gilroy de l'University College de Londres ont montré que le dénominateur commun de la fragilité liée à l'âge est une inflammation de base accrue, appelée "inflammaging". Comme nous l'avons expliqué, le déclenchement de l'orage cytokinique peut inhiber l'immunité chez les animaux et les humains. On peut l'éviter en bloquant les processus inflammatoires. Cette découverte a des implications importantes pour l'immunité des patients Covid âgés où un orage cytokinique peut s'avérer mortel. La réduction de l'inflammation compte parmi les stratégies thérapeutiques pour renforcer l'immunité chez les personnes âgées.

On sait à présent que les personnes qui souffrent le plus du Covid-19 ont une réponse immunitaire désynchronisée. En effet, selon une étude publiée dans la revue "Cell" le 16 septembre 2020 (en résumé dans "Science"), les chercheurs ont montré que chez ces patients la réponse des anticorps et des lymphocytes T face au virus ne se produit pas en harmonie, ce qui explique pourquoi de nombreuses personnes âgées notamment présentent des formes graves de la maladie.

À ce stade avancé de la maladie, le patient Covid présente des difficultés respiratoires, il est essoufflé ou pire, il présente des signes d'étouffement, c'est la détresse respiratoire aiguë (SDRA). Le patient peut rester conscient et être capable de discuter, il peut aussi marcher quelques mètres mais sera épuisé, ou il peut perdre connaissance. Si le patient n'est pas encore hospitalisé, il doit d'urgence appeler le SAMU au 112. Le personnel médical va devoir à la fois traiter la maladie grâce à des médicaments tout en permettant au malade de continuer à respirer. C'est durant cette phase que l'état du patient peut s'aggraver très rapidement, en quelques heures, rendant le travail des soignants très difficile, surtout quand leur effectif est réduit.

Le combat des interférons

Le manque d'interféron évoqué plus haut chez certains patients Covid en phase aiguë est un signal inquiétant car ces protéines régulent la réponse du système immunitaire. En effet, dès les premiers mois de la pandémie, les chercheurs furent surpris par l'absence d'interféron de type I (IFNα) chez certains patients Covid en phase aiguë, suspicion qui fut confirmée dans deux études publiées dans la revue "Science" en septembre 2020.

Exemple de récepteurs immunitaires. Les protéines du système immunitaire (en rouge) sont codées par des gènes de base. Des variantes génétiques délétères peuvent engendrer une pneumonie grippale sévère. Des variantes délétères de gènes codant pour des molécules apparentées (en bleu) sous-tendent d'autres maladies virales (ISG=gènes stimulés par l'interféron). Document JL.Casanova et al. (2020) adapté par l'auteur.

Les interférons de type I sont fabriqués par chaque cellule du corps et comptent parmi les "combattants" essentiels dans le combat antiviral au début d'une infection. Comme nous venons de l'expliquer, les IFNs lancent une réponse locale immédiate et intense lorsqu'un virus envahit une cellule, incitant les cellules infectées à produire des protéines qui vont attaquer le virus. Ces protéines sont également des messagers qui vont appeler des cellules immunitaires sur le site et alerter les cellules voisines non infectées pour qu'elles préparent leurs propres défenses.

Selon les résultats de la première étude, dans des échantillons sanguins de 659 patients gravement atteints par la Covid-19, les chercheurs ont découvert une variante génétique sur 13 loci occasionnant une perte de fonction immunitaire chez 3.5% d'entre eux (cf. JL.Casanova et al., 2020). Selon la deuxième étude, sur des échantillons sanguins de 987 autres patients Covid également gravement atteints, les chercheurs ont découvert chez plus de 10% des patients que des anticorps "voyoux" (rogue) attaquaient leur propre système immunitaire et neutralisaient leur interféron de type I (cf. JL.Casanova et al., 2020). Au total, 14% des patients Covid en phase aiguë suivis dans ces deux études présentaient une faiblesse immunitaire cachée.

La présence d'anticorps anti-interférons (anti-Covid) chez certains patients gravement malades est un fait nouveau. Jusqu'à présent il n'y a jamais eu de maladie infectieuse expliquée à ce niveau par un facteur présent dans le corps humain et valable pour toutes les ethnies. De plus, les chercheurs ont découvert que 94% des patients porteurs d'anticorps anti-Covid étaient des hommes, ce qui permet également d'expliquer pourquoi les hommes courent un risque plus élevé de développer une forme grave de la Covid-19. On reviendra plus bas sur l'influence du genre sur la maladie.

En principe, si les patients survivent à la maladie, certains devront recevoir à vie de l'interféron pour aider leur système immunitaire à combattre une nouvelle infection éventuelle. Mais selon l'essai européen Solidarity (cf. page 10), ce remède présente peu ou pas d'effet sur les patients Covid. De plus, les interférons synthétiques n'aideront pas les patients porteurs de mutations ou ceux ayant des anticorps anti-Covid.

Bien que certains chercheurs estiment que les anticorps neutralisant l'interféron se développent au cours de la maladie (cf. l'immunologiste Miriam Merad de l'École de médecine Icahn du mont Sinaï de New York), Casanova précité rappelle que des échantillons sanguins préexistants d'une poignée de patients ont montré qu'ils avaient les anticorps dans leur sang avant de contracter le Covid-19. Par conséquent, en réponse à une infection, il est peu probable que le corps puisse générer rapidement les niveaux élevés d'anticorps anti-interférons que son équipe a constaté.

Ces résultats soulèvent toutefois une inquiétude concernant les dons de plasma de convalescence (cf. page 10). Du fait qu'il peut être riche en anticorps contre le virus, il est administré à certains patients Covid pour combattre l'infection. Mais certains échantillons de ce plasma pourraient contenir des anticorps neutralisant l'interféron. Il faut donc dorénavant exclure ces personnes du pool de donneurs pour ne pas mettre les patients Covid à risque.

A lire : Les interférons de type I et III

des effecteurs de l’immunité innée antivirale, ENS

Analyse des poumons

Selon une étude britannique publiée le 19 octobre 2020 portant sur 58 patients Covid hospitalisés, 60% présentaient des anomalies pulmonaires (et 29% dans les reins, 26% dans le coeur, 10% dans le foie ains que des changements dans le tissu cérébral) trois mois après le début de l'infection.

Dans une étude publiée dans le journal "NEJM" en mai 2020 (lire aussi l'éditorial de L.Hariri et al.), des chercheurs ont examiné les poumons de sept patients Covid décédés et les ont comparés à ceux de patients décédés en 2009 de pneumonie causée par le virus de la grippe H1N1 ainsi qu'à 10 autres patients sains dont les poumons n'avaient finalement pas été utilisés pour des transplantations et qui ont donc servi d'échantillons de contrôle. En utilisant différents systèmes d'imagerie médicales dont le microscope électronique à balayage couplé à la technique du "corrosion casting" (qui permet d'examiner la micro-vascularisation des tissus sur une réplique), des microscannographies et des moulages vasculaires, les chercheurs ont obtenu des détails tridimensionnels impressionnants des capillaires pulmonaires et observé des phénomènes tout à fait inattendus.

Outre les pathologies typiques de la pneumonie virale (nécrose des petites cellules bordant les alvéoles, dépôts de fibrine dans la cavité alvéolaire, infiltrats de lymphocytes T CD4+), ils furent surpris de constater que les capillaires pulmonaires ne formaient pas un réseau entrecroisé régulier mais était tortueux avec des capillaires déformés, ce qu'on appelle une angiogenèse, comme on le voit sur les images A et B ci-dessous.

A gauche, altérations microvasculaires des poumons de patients décédés du Covid-19. Les images A et B montrent des microphotographies électroniques à balayage de moulages de corrosion microvasculaire du plexus alvéolaire à paroi mince d'un poumon sain (A) et la distorsion architecturale substantielle observée dans les poumons endommagés par le Covid-19 (B). La perte de hiérarchie des vaisseaux clairement visible dans le plexus alvéolaire est le résultat de la formation de nouveaux vaisseaux sanguins par angiogenèse intussusceptive. L'image C montre les localisations du "pilier" ou tunnel intussusceptif (les flèches) à un grossissement plus élevé. L'image D est une microphotographie électronique à transmission montrant les caractéristiques ultrastructurales de la destruction des cellules endothéliales et du Covid-19 visibles à l'intérieur de la membrane cellulaire (les flèches). La barre d'échelle correspond à 5 μm. RC désigne un globule rouge. Documents M.Ackermann et al. (2020). A droite, schéma d'une angiogenèse par intussusception dans un capillaire alvéolaire. Cela correspond à la pathologie des flèches sur la photo C. Cliquer sur l'image pour lancer l'animation (GIF de 3 MB). Document V.Djonov et al. (2003).

L'angiogenèse est un mécanisme de génération cellulaire normal qui permet d'alimenter les tissus et cellules en oxygène et nutriments nécessaires à leur métabolisme. Ce mécanisme est parfaitement régulé, principalement en fonction de la quantité d'oxygène disponible dans les tissus. Il intervient dans tout l'organisme, y compris malheureusement pour assurer le développement des tumeurs (cf. J-M. Guinebretiere, 2004). Dans le contexte du Covid-19, on observe un dysfonctionnement spectaculaire et dramatique de l'angiogenèse.

Les chercheurs ont notamment découvert une angiogenèse d'un deuxième type, qui procède non pas par bourgeonnement (ou sprouting) des capillaires mais par intussusception, un mécanisme qui réarrange les structures vasculaires existantes en créant un "pilier" ou plutôt un tunnel de jonction à travers un capillaire alvéolaire comme le montre l'animation ci-dessus à droite (et la photo C de gauche).

Ce mécanisme découvert en 2003 repose sur la prolifération de cellules endothéliales à l'intérieur même du capillaire. Les tunnels ou ponts ainsi formés à travers les capillaires donnent naissance à un ou plusieurs nouveaux capillaires, rendant l'architecture du réseau tout à fait anarchique.

Selon les chercheurs, la proportion d'angiogenèse par intussusception augmente significativement avec la durée d'hospitalisation des patients Covid, phénomène qu'on n'observe pas dans les poumons des patients décédés de la grippe.

Les chercheurs ignorent encore si le degré de l'atteinte endothéliale ou endothélite et l'importance des thromboses concourent à une plus grande fréquence des phénomènes d'angiogenèse par bourgeonnement et par intussusception chez les patients Covid et si ces mécanismes dépendent du stade de la maladie. Des études complémentaires sont en cours.

A lire : Guide du Bon Usage des Examens Radiologiques, SFR

A gauche, un scanner (à rayons X) utilisé pour le diagnostic des patients Covid hospitalisés au Royaume-Uni. L'usage de la radiologie n'est jamais un acte anodin. L'avantage est que l'image donne beaucoup plus d'informations qu'un test RT-PCR ou une prise de sang; le résultat d'un scanner est immédiat alors qu'une analyse sérologique prend 15 à 20 minutes. De plus, dans certains cas, la maladie peut être détectée au stade précoce, alors même que le dépistage est négatif. Document U.Oxford. A droite, grâce à l'intelligence artificielle, le logiciel InferVISION permet aux médecins de l'hôpital de Zhongnan à Wuhan en Chine de diagnostiquer rapidement les patients potentiellement atteints par le Covid-19

Enfin, les chercheurs ont constaté une atteinte sévère des cellules endothéliales qui tapissent la paroi interne des vaisseaux sanguins (endothélium), celles qui sont en contact direct avec le sang. Normalement, leur forme aplatie et leur surface glissante empêche la coagulation. Or chez les patients Covid, on observe des microcaillots ou microthrombus dans les capillaires alvéolaires (voir ci-dessous). A l'inverse des patients malades de la grippe, chez les patients Covid, on observe un plus grand nombre de cellules endothéliales contenant des récepteurs ACE2 propices à la pénétration du Covid dans ces cellules et donc au développement de la maladie. Comme le montre la photo D ci-dessus, normalement les cellules endothéliales ont des jonctions serrées. Au cours de la maladie, elles ne le sont plus car leur volume augmente et elles perdent le contact avec la membrane basale sur laquelle elles reposent habituellement.

Concernant l'infection pulmonaire elle-même, comme on le voit sur les images scanners ci-dessous, on peut identifier les cellules infectées sur les scanners des poumons sous forme de zones blanchâtres diffuses. Dans le pire des cas, les cellule sont détruites.

Tomodensitogrammes ou scanners (CT scans) en coupes axiales et sagittales de poumons de patients Covid. Les cellules infectées sont indiquées par les zones plus claires. A gauche, les poumons d'une femme de 33 ans et la situation qui s'est aggravée 3 jours plus tard. A droite, les poumons d''un homme de 44 ans qui malheureusement décéda une semaine plus tard après l'échec des mesures de soutien. Documents J.Lei et al. (2020) et L.Qian al. (2020).

Au stade sévère de la maladie, certains patients arrivent à l'hôpital en ayant perdu connaissance et doivent être réanimés. Ces personnes inconscientes et celles présentant un syndrome de détresse respiratoire aiguë sont traitées prioritairement. La plupart des patients en phase sévère ou critique sont soit endormies (on leur injecte du curare pour relaxer les muscles) soit plongés dans un coma artificiel (coma pharmacologique).

Cet état sous sédation paralyse temporairement le patient et l'empêche également après son rétablissement de se souvenir de cette période. Il peut donc être utile que ses proches prennent note régulièrement les actions qui ont été faites durant cette période afin que le patient puisse reconstruire une partie de ses souvenirs et ne souffre pas de cette "période manquante" dans sa vie. Ce coma est une phase critique des soins mais indispensable pour éviter des souffrances physiques au patient provoquées par le système de ventilation artificielle. Le patient (si possible) et ses proches doivent être informés au préalable que durant ce coma le patient peut y laisser la vie, raison pour laquelle le personnel lui dit au revoir en sachant que parfois il ne se réveillera plus. Soulignons que même si le médecin en charge du patient évoque la possibilité d'un décès aux proches, ces derniers ne retiendront toujours que les bonnes nouvelles, la possibilité qu'il se rétablisse et rentre chez lui.

A voir : Scanners thoraciques de patient Covid, Hôpital HCM

Coupes axiales du thorax, IMAIOS

Tomodensitogrammes ou scanners (CT scans) en coupes axiales et sagittales de poumons de patients Covid. Les cellules infectées sont indiquées par les zones plus claires. A gauche, les poumons infectés d'un homme de 35 ans ayant une fièvre depuis 1 jour. A droite, les poumons d'un homme de 47 ans ayant une fièvre depuis 7 jours. Documents B.Song et al. (2020).

Pendant ce coma artificiel, la première action du personnel de réanimation consiste à rétablir l'oxygénation des poumons du patient. La respiration est assurée grâce à une assistance respiratoire artificielle ou ventilation mécanique (le recours à un ventilateur), invasive si on intube le patient ou non invasive si on utilise un respirateur (un masque facial étanche ou nasal) qui va forcer l'entrée d'oxygène dans les poumons au rythme normal de la respiration (~15 fois par minute chez l'adulte). La respiration est facilitée lorsque le patient est placé sur le ventre.

A force d'être utilisé et même sursollicité, un respirateur artificiel peut tomber en panne en réanimation ou dans l'ambulance. Un respirateur coûte plusieurs milliers d'euros. En cas de rupture de stock, il peut être remplacé par un masque à oxygène de fortune relié à une bouteille d'oxygène. On y reviendra (cf. page 6). Pour le Covid-19, ce traitement peut durer entre une et deux semaines.

Patient Covid aux soins intensifs sous ventilateur. Ce système non invasif apporte au patient un flux accru d'oxygène dans les poumons. Combiné à des médicaments qui détendent les muscles respiratoires, iI permet au patient de mieux combattre l'infection et de récupérer. Document Halfpoint/Adobe Stock.

Durant cette phase critique, le patient est pris en charge en réanimation puis en soins intensifs jusqu'à ce qu'il se rétablisse, généralement durant la 3e semaine d'hospitalisation. Une longue réanimation peut toutefois entraîner des séquelles. En se basant sur les autres maladies à coronavirus, il arrive que le rétablissement prenne 6 mois selon une étude de l'Harvard Medicine School et probablement plus longtemps si la réanimation fut très longue. On reviendra sur les séquelles de la maladie.

Si ce traitement ne suffit pas à sauver le patient, il faut assurer une respiration extracorporelle (Ecmo). C'est l'ultime recours mais la plupart du temps le patient n'a plus la force de combattre la maladie et le traitement très lourd en réanimation, et succombe au bout de quelques heures.

Si le patient a des antécédents médicaux et souffre par exemple d'une maladie chronique (atteinte des voies respiratoires, maladie cardiaque, rénale, obésité, hypertension, diabète, mucoviscidose, etc), il peut être plus vulnérable et plus fragile et développer une forme sévère de la maladie (cf. les facteurs de risque, page 3).

A ce stade où les symptômes sont sévères, le virus est présent dans le sang, suggérant que l'organisme n'a plus le contrôle de l'infection. Comme nous l'avons expliqué, le pronostic vital est alors engagé.

Troubles cardiovasculaires

Une équipe du Zhongnan Hospital de Wuhan rapporta dans le "JAMA" des complications chez 85 patients hospitalisés pour une pneumonie au Covid-19. Parmi eux, environ 16% ont présenté un trouble du rythme cardiaque (arythmie) et 7% une atteinte cardiaque. Un nombre significatif de ces patients sont décédés de la maladie (cf. R.O. Bonow et al., 2020; B.Yang et al., 2020; M.Madjid et al., 2020).

D'autres données cliniques de patients traités en Chine montrent que sur 41 patients hospitalisés au Jin Yin-Tan Hospital de Wuhan pour une pneumonie au Covid-19, 5 d'entre eux présentaient une atteinte cardiaque aiguë, soit 12% de ce groupe de patients. L'atteinte cardiaque se caractérise par une élévation importante de la concentration dans le sang de la troponine (hsTNI, une protéine du muscle cardiaque) ou la présence d'anomalies à l'électrocardiogramme ou à l'échocardiographie.

Manifestations clés et mécanismes hypothétiques de l'atteinte cardiovasculaire liée au Covid-19. Document T.J. Guzik et al. (2020) adapté par l'auteur.

Dans une étude publiée dans la revue "The Lancet" le 20 avril 2020, l'équipe de Zsuzsanna Varga de l'Université de Zurich (UZH) a décrit la détection du Covid-19 dans l'endothélium, la couche interne des vaisseaux sanguins en contact avec le sang. Le virus y provoque la mort des cellules, puis celle des tissus et des organes (cf. Z.Varga et al., 2020).

Selon Varga, le Covid-19 attaque le système immunitaire non pas par les poumons, mais directement par les récepteurs ACE2 présents dans l'endothélium, qui perd ainsi sa fonction protectrice. Selon le cardiologue Frank Ruschitzka, coauteur de l'étude, "La maladie au Covid-19 peut toucher les vaisseaux sanguins de tous les organes" et propose de nommer ce tableau clinique le "Covid-endothélite" (Covid-19-endotheliitis). 

Selon les chercheurs, il s'agit d'une inflammation systémique des vaisseaux sanguins pouvant toucher les poumons ou le tube digestif. Elle entraîne de graves micro-perturbations de la circulation sanguine qui peuvent endommager le coeur ou provoquer des embolies pulmonaires, affecter les reins jusqu'à provoquer une insuffisance rénale imposant une dialyse. L'inflammation peut aussi obstruer des vaisseaux sanguins dans le cerveau ou le système gastro-intestinal. Le virus peut toucher le système nerveux central et déclencher des troubles neurologiques (cf. Y-C Li et al., 2020; F.Meziani et al., 2020). On y reviendra.

Les chercheurs soulignent que si l'endothélium des jeunes patients se défend bien, ce n'est pas le cas de celui des groupes à risque souffrant d'hypertension, de diabète ou de maladies cardiovasculaires, dont la caractéristique commune est une fonction endothéliale réduite.

Notons que si en plus de l'infection virale, le patient est allergique (par des allergènes aériens ou alimentaires par exemple), dans ce cas la réaction immunitaire de l'organisme sera explosive et les symptômes seront aggravés conduisant parfois au décès. En général, même si la source de l'allergie n'est pas connue, la prise d'un antihistaminique va rapidement soulager le patient mais elle n'aura aucun effet sur la charge virale.

Enfin, selon une étude publiée dans la revue "JAMA Cardiology" le 27 juillet 2020 par les cardiologues C.W.Yancy et G.C.Fonarow, des anomalies cardiaques persistant plus de 2 mois après le diagnostic de Covid-19 apparaissent à l'IRM chez 78% des patients, sans distinction de sévérité de la maladie. Cela suggère que les médecins doivent poursuivre la surveillance des conséquences cardiovasculaires à long terme de cette infection.

La thrombose et l'AVC

Certains jeunes patients Covid ne présentant pas de signes graves de la maladie font un AVC (accident vasculaire cérébral) alors qu'ils ne présentent aucun facteur de risque classique (cf. B.D. Michael et al., 2020). Cet accident est probablement lié à la formation de caillots de sang dans les artères alimentant le cerveau (cf. H.Killworth, 2020). Malheureusement, un caillot de sang ou thrombus peut se former dans d'autres vaisseaux sanguins et d'autres parties du corps.

En mars 2020, des médecins chinois ont constaté que certains patients décédés des suites de la Covid-19 présentaient une coagulation sanguine excessive et disséminée (cf. F.Wang et al., 2020). Les mêmes pathologies furent observées en Italie (voir ci-dessous), en France (F.Meziani et al., 2020), aux Pays-Bas (F.A.Klok et al., 2020), au Royaume-Uni et en Espagne notamment (cf. B.Bikdeli et al., 2020). Les autopsies réalisées en Chine montrant des caillots dans "non seulement les poumons mais également le cœur, le foie et les reins" furent décrites lors d'un webinar coparrainé par la Chinese Cardiovascular Association et l'American College of Cardiology (cf. ACC).

Un caillot de sang ou thrombus photographié à 2000x au microscope électronique à balayage. Le sang coagulé se compose principalement d'hématies reliées par de la fibrine, une protéine contenue naturellement dans le plasma mais qui dans ce cas ci obstrue le vaisseau sanguin. Si normalement le caillot permet d'éviter l'hémorragie, il peut aussi conduire à la mort par AVC. Document GettyImages.

Dans un article publié début avril 2020 sur le site "MedPage Today", le Dr Stephan Moll de l'Université de Caroline du Nord à Chapel Hill déclara : "Ce qui est vraiment devenu clair dans les discussions au cours des deux dernières semaines, c'est que la maladie au Covid-19 est associée de près à la thrombose : caillots dans les gros vaisseaux sanguins, TVP/EP [thrombose veineuse profonde/embolie pulmonaire], peut-être des évènements artériels et potentiellement de petits maladies des vaisseaux comme la thrombose microvasculaire". Les médecins proposaient l'injection "d'héparine à faible poids moléculaire à dose prophylactique (HBPM) plutôt que d'anticoagulants oraux, y compris chez les patients prenant normalement un anticoagulant oral direct ou un antagoniste de la vitamine K".

Le Dr Jeffrey Laurence, hématologue au Weill Cornell Medicine de New York a également observé chez trois personnes de minuscules caillots dans les capillaires dans des échantillons de poumon et de peau infectés par le virus. D'autres groupes, dont une équipe dirigée par le chirurgien James O’Donnell du Centre irlandais de biologie vasculaire du Royal College of Surgeons de Dublin ont signalé des résultats similaires et tout à fait inattendus.

Selon les médecins, les anticoagulants n'empêchent pas de manière fiable la coagulation chez les malades du Covid-19, et les jeunes peuvent mourir d'un AVC.

Les études des cas cliniques ont montré que de nombreuses personnes hospitalisées pour la Covid ont des niveaux très élevés de D-dimères, des fragments de protéines résultant de la dégradation de la fibrine lors de la dissolution d'un caillot. Des concentrations élevées de D-dimères sont un indicateur indépendant de mortalité (cf. F.Zhou et al., 2020).

Notons qu'en Belgique, les médecins au chevet des patients Covid ont prescrit très tôt des anticoagulants, si bien que le nombre de thrombose est très faible. Ces cas cliniques et ce traitement furent confirmés par une étude réalisée en Italie.

En avril 2020, Giampaolo Palma, directeur de la santé du Centre des maladies cardiovasculaires de Palma, en Italie, déclara : "Je ne veux pas vous paraître excessif, mais je pense qu'aujourd’hui, enfin, la cause de la létalité du Covid-19 est peut-être presque certaine. Mes vingt ans d'expérience en échocardiographie et en cardiologie interventionnelle - échographie doppler vasculaire, en tant que directeur du Centre de thrombose-coagulation, avec des procédures sur plus de 200000 patients cardiopathes et non cardiopathes, me font confirmer ce que certains collègues avaient commencé à spéculer jusqu'à il y a quelques jours sans être certains. Aujourd'hui, nous disposons des premières données issues des découvertes anatomo-pathologiques de tissus pulmonaires prélevés sur les premiers patients décédés".

Concentration des D-dimères chez des patients Covid. Des niveaux élevés sont un indicateur indépendant de mortalité. Document F.Zhou et al. (2020).

Des études menées aux Pays-Bas et en France suggèrent que des caillots apparaissent chez 20 à 30% des patients Covid gravement malades, ce que confirme Palma. Avec son équipe, il a montré dans une étude que 25% des malades du Covid sont conduits en réanimation pour une thrombo-embolie veineuse généralisée, en particulier une thrombo-embolie pulmonaire TEP; ils ont des caillots de sang dans les veines.

Pourquoi cette coagulation se produit est toujours un mystère. Comme évoqué plus haut, une possibilité est que le Covid-19 attaque directement les cellules endothéliales qui tapissent les vaisseaux sanguins. Les cellules endothéliales abritent le même récepteur ACE2 que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules pulmonaires. Et il existe des preuves que les cellules endothéliales peuvent être infectées car on a retrouvé le Covid-19 dans des cellules de reins chez des patients soignés à l'Hôpital Universitaire de Zurich en Suisse et à l'Hôpital de Brigham and Women de Boston, au Massachusetts.

Selon Palma, "le Covid-19 endommage d'abord les vaisseaux, le système cardiovasculaire, et ce n'est qu'ensuite qu’il atteint les poumons ! C'est la micro-thrombose veineuse, et non la pneumonie, qui est à l'origine du décès ! Et pourquoi se forme-t-il des caillots ? Car l'inflammation, comme décrit dans les manuels scolaires, induit une thrombose par un mécanisme physiopathologique complexe mais bien connu. Ce que la littérature scientifique, en particulier la littérature chinoise, disait jusqu'à la mi-mars, c'est qu'il ne fallait pas utiliser d'anti-inflammatoires. Aujourd'hui, en Italie, les anti-inflammatoires et les antibiotiques sont utilisés dans la phase 1 de la maladie (comme pour la grippe) et le nombre de personnes hospitalisées est en baisse. De nombreux patients morts, même âgés de 40 ans, ont eu des antécédents de forte fièvre pendant 10 à 15 jours sans traitement adéquat. Ici, l'inflammation a tout détruit et a préparé le terrain pour la formation de caillots. Car le problème principal n'est pas le virus, bien que différent des autres, mais la réaction immunitaire qui détruit les cellules dans lesquelles le virus entre".

"Les anti-inflammatoires tels que Brufen, Naproxen, [Gambaran et autre] aspirine qui inhibent la Cox 1 ainsi que la Cox 2 ne devraient pas être utilisés, alors que le Celecoxib (un inhibiteur sélectif de la Cox 2) semble donner de bons résultats ; cependant, il faut attendre les résultats des études".

"En résumé, il apparaît que la mort soit déterminée par un DIC (Coagulation Intravasculaire Disséminée) déclenché par le virus. La pneumonie interstitielle n'aurait donc rien à voir avec elle, ce ne serait que la phase 3 la plus grave de la maladie à laquelle nous n'arriverons peut-être plus si nous apprenons à guérir la maladie dans les phases 1 virale et 2 intermédiaire. Ce n'était peut-être qu'une erreur de diagnostic".

Thrombophilie et maladie auto-immune

Dans une étude publiée dans la revue "Science Translational Medicine" le 2 novembre 2020, Jason S. Knight du NIH et ses collègues ont réalisé des histopathologies pulmonaires (diagnotics sur des tissus vivants observés au microscope) et découvert que les patients Covid ayant succombé à la maladie présentaient souvent des occlusions à base de fibrine dans les petits vaisseaux sanguins, c'est-à-dire des caillots de sang. Une analyse approfondie de leurs tissus montra que ces patients furent victimes d'une prédisposition innée aux thromboses aggravée par une réaction auto-immune.

Les chercheurs rappellent que "le syndrome des antiphospholipides est une thrombophilie acquise et potentiellement mortelle dans laquelle les patients développent des auto-anticorps pathogènes ciblant les phospholipides et les protéines de liaison aux phospholipides (anticorps aPL). Des séries de cas ont récemment détecté des anticorps aPL chez des patients Covid". Autrement dit, ces patients Covid furent victimes d'une maladie auto-immune appelée le syndrome des antiphospholipides (SAPL) qui se manifeste par la formation de caillots de sang suite à la présence d'anticoagulant, les anticorps antiphospholipides (aPL).

En résumé, les chercheurs ont mesuré 8 types d'anticorps aPL dont IgG, IgM, IgA et autre IgM anti-phosphatidylsérine/prothrombine (aPS/PT) dans des échantillons de sérum de 172 patients Covid. Selon le type d'anticorps, ils ont détecté leur présence dans 18 à 24% des échantillons de sérum. Des auto-anticorps antiphospholipides étaient également présents dans 52% des échantillons de sérum et dans 30% en utilisant un seuil plus sévère au test ELISA.

Dans leurs conclusions, les chercheurs "suggèrent que la moitié des patients Covid deviennent au moins transitoirement positifs pour les anticorps aPL et que ces auto-anticorps sont potentiellement pathogènes".

 

Schéma des réponses immunitaires (gauche) et auto-immune (droite) associées aux maladies inflammatoires. Documents AboutKidsHealth.

Maladie auto-immune

Même en l'absence de caillots de sang comme dans les cas décrits ci-dessus, des convalescents de la Covid peuvent être victimes d'une malade auto-immune.

Dans une étude publiée sur "medRxiv" (non validée) le 28 octobre 2020, le rhumatologue Ignacio Sanz de l'Université Emory d'Atlanta, aux Etats-Unis, et ses collègues ont observé que certains convalescents de la Covid portaient des auto-anticorps, des signes inquiétants que leur système immunitaire a déclenché une maladie auto-immune. Cette réaction rappelle des maladies potentiellement débilitantes comme le lupus et la polyarthrite rhumatoïde. Les patients peuvent heureusement bénéficier de traitements pour ces maladies.

Les convalescentssont sortis en septembre 2020 d'un hôpital temporaire installé à Lima, au Pérou. À un moment donné, le système de défense de l'organisme de ces patients s'est retourné contre eux; il a produit des auto-anticorps qui ciblent le matériel génétique des cellules humaines plutôt que le virus.

Cette réponse immunitaire malavisée peut déclencher une Covid sévère. Cela peut également expliquer pourquoi des convalescents de longue durée présentent des symptômes persistants des mois après la fin de la contamination initiale et la disparition du virus de leur corps (voir plus bas).

Ces résultats ont des implications importantes pour le traitement : en utilisant les tests existants qui peuvent détecter les auto-anticorps, les médecins pourraient identifier les patients qui pourraient bénéficier des traitements utilisés pour le lupus et la polyarthrite rhumatoïde. Bien qu'il n'existe pas de remède pour ces maladies, certains traitements diminuent la fréquence et la gravité des poussées.

Les immunologistes connaissent bien cette réactivité. Dans ce cas-ci, il est intéressant sur le plan clinique de comprendre comment cela se passe chez les patients Covid. Selon l'immunologiste Akiko Iwasaki de l'Université de Yale, "Il est possible que même une maladie bénigne ou modérée induise ce type de réponse des anticorps."

A gauche, le graphique du haut indique la fréquence de test pour les anticorps antinucléaires (ANA, en haut), le facteur rhumatoïde (RF, au milieu) ou les deux (en bas) regroupés par niveaux de sérum bas (à gauche) ou élevés (à droite). Le graphique du bas indique les titres de CRP (la protéine C-réactive indiquant une inflammation) et d'ANA pour 7 patients Covid relevés au test initial (point temporel 1) et après deux semaines (point temporel 2). Au centre, représentation symboliquement d'un anticorps par un Y par référence à la forme de la molécule. A droite, les tissus corporels affectés par les maladies auto-immunes. Dans le cas de la Covid-19, la maladie auto-immune touche le sang et les poumons mais on peut craindre des impacts dans d'autres tissus. Documents I.Sanz et al. (2020), xen32 et iStock adapté par l'auteur.

Rappelons que les maladies virales peuvent provoquer la mort des cellules humaines infectées. Les cellules meurent soit normalement soit par nécrose mais parfois, et en particulier lors d'une infection grave, elles peuvent littéralement se suicider, une autodestruction programmée génétiquement dans l'intérêt de l'organisme, c'est l'apoptose (cf. page 10). Au cours de ce processus, la cellule se fragmente et répand son contenu dans l'organisme. Lorsque cela se produit, l'ADN normalement enroulé et compacté à l'intérieur du noyau cellulaire, est soudainement dispersé et détectable, notamment par les macrophages du système immunitaire.

Les cellules immunitaires comme les lymphocytes B fabriquent des anticorps qui reconnaissent les fragments d'ARN viral et s'y fixent. Mais en présence d'un lupus par exemple, certaines cellules B naïves n'apprennent jamais à reconnaîtres les virus et produisent à la place des auto-anticorps qui vont capturer et détruire les débris d'ADN de cellules humaines mortes, les prenant pour des intrus. Selon Sanz et ses collègues, c'est une réaction similaire qui peut se produire chez les patients Covid. Chaque fois qu'il a cette combinaison d'inflammation et de mort cellulaire, il existe potentiellement le risque d'émergence de maladies auto-immunes et d'auto-anticorps, en nombre important.

Dans un article publié dans la revue "Nature" le 7 octobre 2020, Ignacio Sanz précité et ses collègues ont rapporté que certaines personnes atteintes de Covid-19 sévère présentent ces lymphocytes B naïfs. La découverte les a incités à explorer si ces cellules B fabriquent des auto-anticorps.

Dans le nouvel article, les chercheurs ont examiné 52 patients Covid hospitalisés à Emory présentant des symptômes sévères ou critiques mais qui n'avaient aucun antécédent de maladie auto-immune. Ils ont trouvé des auto-anticorps qui reconnaissent l'ADN chez près de la moitié des patients, comme ANA (anticorps antinucléaire) qui est associé aux maladies auto-immunes, aux infections virales et aux maladies inflammatoires notamment. Ils ont également trouvé des anticorps contre une protéine appelée le facteur rhumatoïde (RF) et d'autres qui aident à la coagulation du sang. Parmi la moitié des patients les plus gravement malades, plus de 70% avaient des auto-anticorps contre l'une des cibles testées.

Fait intéressant pour les chercheurs, non seulement les patients ont une réponse auto-immune, mais ces réponses immunitaires sont associées à des auto-réactivités cliniques testables. En effet, certains des auto-anticorps identifiés par les chercheurs sont associés à des problèmes de circulation sanguine. Selon l'immunologiste Ann Marshak-Rothstein, spécialiste du lupus à l'Université du Massachusetts à Worcester, "Il est très possible que certains des problèmes de coagulation qu'on constate chez les patients Covid soient dus à ce type de complexes immuns".

Si les auto-anticorps s'avèrent durables, ils peuvent entraîner des problèmes persistants, voire permanents, pour les convalescents. Selon Marshak-Rothstein, "On ne guérit jamais vraiment le lupus - les malades ont des poussées puis vont mieux, et ont à nouveau des poussées. Cela pourrait être une conséquence de la mémoire des auto-anticorps".

Les chercheurs précités et des dizaines d'autres équipes étudient de près la réponse immunitaire face au Covid-19. Compte tenu de la facilité de dépister les auto-anticorps, ils espèrent bientôt découvrir si les anticorps ont été identifiés uniquement parce que les chercheurs sont allés les chercher ou s'ils représentent une altération plus durable du système immunitaire. Actuellement, personne ne connaît la réponse. Il faudra donc encore quelques mois pour comprendre si cette réactivité conduit à une pathologie en aval.

Anémie et ferritine dans le sang

On a également découvert chez des patients décédés de la Covid-19, de grandes quantités de ferritine dans le sang. Or en principe, le fer n'est pas libre mais fixé dans l'hémoglobine (sur l'hème) des globules rouges. Une étude "in silico" a montré que parmi les protéines non structurales du Covid-19, les protéines orf1ab, ORF10 et ORF3a peuvent attaquer la molécule d'hémoglobine, dissociant le fer pour former la porphyrine (cf. Liu et Hualan, 2020). Or ce fer est indispensable au transport de l'oxygène vers les cellules. En cas d'anémie (un déficit en hémoglobine fonctionnelle) l'organisme réagit par une forte production de cytokines produisant des réactions inflammatoires importantes. Pour l'instant cette étude reste théorique mais ouvre la voie à des tests précliniques.

A gauche, structure de l'hémoglobine du sang et emplacement de l'hème sur lequel se fixe le fer et le dioxygène. Le sang contient environ 35% d'hémoglobine en poids. 1 gramme d'hémoglobine peut transporter environ 1.36 ml d’oxygène. Un adulte au repos consomme environ 1.5 g d’oxygène par minute.

Toutefois, des chercheurs pensent avoit trouvé un remède contre l'attaque de l'hémoglobine grâce à l'EPO, l'érythropoïétine. Il s'agit d'une hormone naturelle produite par les reins qui favorise la production de globules rouges dans la moelle osseuse (et qui permet aussi de doper les sportifs). Son injection chez les patients présentant une anémie ou de la ferritine dans le sang permet de contrôler la production de cytokines afin de réduire l'inflamation, diminuer sensiblement le syndrome de détresse respiratoire aigu et remonter le taux d'hémoglobine dans le sang, donc que des avantages bien qu'il faille encore rester prudent (cf. M. Mortezazadeh et al., 2020).

Ceci dit, on ignore encore si les effets observés sur le sang sont le résultat direct de l'attaque virale contre les vaisseaux sanguins ou la conséquence de l'orage de cytokines résultant de l'infection.

Dans certains cas, lorsque le patient est trop affecté par la malade, très âgé, qu'il souffre d'une pathologie lourde et que le traitement de réanimation n'a visiblement pas beaucoup d'effet, l'équipe médicale doit prendre collégialement une décision : arrêter ou non le traitement. Cette décision n'est jamais facile à prendre mais en situation de crise et parfois débordé par l'afflux de malades, les médecins et les infirmières savent qu'ils doivent prendre ce type de décision qui fait aussi partie de la stratégie de soin. Selon les chercheurs, les décès s'observent généralement durant la 3e semaine d'hospitalisation.

Selon les chiffres publiés le 30 avril 2020, en Belgique on observa 50% de mortalité chez les patients en soins intensifs, le risque étant plus élevé si le patient est intubé ou doit subir une Ecmo.

Insistons que chaque personne réagit différemment face à une attaque virale en fonction de son état de santé, la personne ayant une maladie chronique ou un système immunitaire affaibli voire ne fut-ce qu'un grand âge aura généralement plus de difficultés pour combattre le virus.

Impacts neuropsychologiques

Des coronavirus comme le SARS et le MERS ont été associés à des séquelles neuropsychologiques. Dans le cas du SARS par exemple, des études d'autopsie ont montré que les patients souffraient d'un œdème cérébral et une vasodilatation méningée. Au microscope, on pouvait observer une infiltration de monocytes et de lymphocytes dans la paroi vasculaire, des modifications neuronales ischémiques, une démyélinisation, particules virales du SARS et des séquences génomiques dans leur cerveau (cf. Y.Wu et al., 2020).

Les patients victimes du MERS en 2012 présentaient également des symptômes neuropsychiatriques suite à une réaction immunologique (cf. J.E. Kim et al., 2017; L-K. Tsai et al., 2004).

On observe les mêmes séquelles avec l'Influenzavirus et les Herpesviridae (dont le virus de l'herpès labial) et même avec la bactérie Chlamydia pneumoniae (cf. G.de Chiara et al., 2012). Ce sont donc des effets assez communs provoqués par les microbes.

Une revue systématique et une méta-analyse des manifestations neuropsychiatriques du SARS et du MERS publiée dans "The Lancet" en 2020 par le psychiatre Jonathan P. Rogers de l'University College de Londres et ses collègues a révélé que durant la phase aiguë de la maladie, les symptômes courants comprenaient :

- l'insomnie (41.9%).

- l'anxiété (35.7%)

- les troubles de la mémoire (34.1%)

- l'humeur dépressive (32.6%)

- la confusion (27.9%)

Une fois guéri, l'analyse montra chez les patients post-Covid la prévalence ponctuelle du trouble de stress post-traumatique ou TSPT (2-32%), la dépression (9-14%) et les troubles de l'anxiété (8-14%).

Ce stress post-traumatique n'est pas différent de celui observé chez le personnel de la santé (cf. page 7) mais diffère de celui observé dans une partie de la population durant le premier confinement en mars-avril 2020 (cf. page 8).

Certaines personnes convalescentes ayant été en soins intensifs témoignent qu'elles se réveillent plusieurs fois la nuit ou passent une nuit blanche, elles revoient le milieu hospitalier, l'intubation, elles entendent le bruit des machines, et imaginent le pire. Selon le Dr Michel Daune, directeur du CHU de Charleroi en Belgique, "chez les personnes convalescentes ayant été en soins intensifs, les symptômes de stress post-traumatique apparaissent dans 30 à 40% des cas". Ces symptômes peuvent parfois apparaitre plus d'un an après les faits, le temps que la personne décompresse de son expérience, récupère et soit détenue. C'est alors qu'elle peut subir le contre-choc de ce qu'elle a vécu de plus choquant, pénible ou dur à supporter. Ces personnes doivent consulter un psychiatre et devront être suivies parfois plusieurs années. On reviendra sur les impacts psychologiques.

Parmi les complications neurologiques liés au Covid-19, dans une étude publiée dans la revue "Radiology" le 16 juin 2020, des membres de la Société française de neuroradiologie ont analysé les résultats d'imagerie neurologique de 37 patients Covid provenant de 16 centres différents. Pour la première fois, ils sont parvenus à caractériser un grand groupe d'anomalies neurologiques liées au Covid-19, confirmées par IRM cérébrale (à l'exclusion des accidents vasculaires cérébraux).

Selon les chercheurs, la plupart des patients, âgés en moyenne de 61 ans, présentaient les symptômes suivants :

- une altération de la conscience (73%)

- un état de veille pathologique après l'arrêt de la sédation (41%)

- de la confusion (32%)

- de l'agitation (19%). 

Les IRM ont le plus souvent révélé des anomalies du signal dans le lobe temporal médian (43%), une zone du cerveau liée aux fonctions cognitives et émotionnelles critiques.

Dans une autre étude publiée dans la revue "The Lancet" le 1 octobre 2020 (voir aussi "Nature") par Benedict D. Michael de l'Université de Liverpool et ses collègues portant sur 125 patients Covid, 62% souffraient de troubles de l'irrigation sanguine du cerveau et 31% présentaient une altération de la conscience (confusion, inconscience prolongée, encéphalite, etc). Dix patients ont développé une psychose, un étal mental altéré déjà constaté chez d'autres patients Covid (cf. R.W. Paterson et al., 2020). Certains patients Covid victimes de psychose ont des hallucinations et sont souvent désorientés et agressifs. Certains patients présentent même les signes d'un délire (cf. K.Kotfis et al., 2020).

Images IRM du cerveau. Document iStock.

Ces atteintes cérébrales nous conduisent à analyser les impacts du Covid-19 sur le cerveau.

On signala le premier cas d'encéphalite virale le 4 mars 2020 à l'Hôpital Ditan de Beijing. Les chercheurs ont confirmé la présence du Covid-19 dans le liquide céphalorachidien (cf. P.Xiang et al., 2020). Par la suite, un autre cas d'encéphalite fut signalé au Japon alors que le test PCR nasopharyngé était négatif. Cela soulève la possibilité d'une infection directe ou d'autres voies de transmission telles que la voie hématogène (cf. T.Moriguchi et al., 2020).

Depuis lors, il y a eu de nombreux cas d'atteintes neurologiques associées au Covid-19 (cf. La revue du praticien, 2020). En avril 2020, la microscopie électronique à transmission (TEM) du tissu cérébral d'un homme de 74 ans atteint de la Covid-19 montra clairement la nature neuroinvasive du virus et les voies probables de transmission vers le système nerveux central (cf. A.Paniz-Mondolfi et al., 2020). Le patient présentait les traces suivantes :

- des particules virales de 80 à 110 nm dans des sections du lobe frontal.

- des particules a priori virales dans les petites vésicules des cellules endothéliales.

- un saignement hémorragique dans/hors de la paroi endothéliale indiquant une entrée ou un transit viral à travers les cellules endothéliales microvasculaires cérébrales dans le système neural.

- les corps des cellules neurales présentaient des vacuoles cytoplasmiques distendues contenant des particules virales enveloppées avec des projections en forme de tige distinctes.

L'équipe de Yeshun Wu précitée ainsi que celle de Anling Xiao ont montré que le Covid-19 pouvait prendre deux voies pour atteindre le cerveau :

- une voie directe :

- la route hématogène : le virus infecte les cellules endothéliales de la barrière hémato-encéphalique, les cellules épithéliales de la barrière hémato-encéphalique dans le plexus choroïde ou utilise des cellules inflammatoires comme chevaux de Troie pour accéder au système nerveux central.

- le transport neuronal : le virus utilise le transport axonal rétrograde (le déplacement des terminaisons axonales à travers l'axone) pour atteindre les corps cellulaires des neurones dans le système nerveux central. Le transport axonal rétrograde peut se produire à travers les réseaux du système nerveux olfactif, respiratoire et entérique.

- le réseau olfactif (cf. K.Bohmwald et al., 2018).

- le réseau respiratoire (cf. Y-C. Li et al., 2020).

- l'axe intestin-cerveau : les entérocytes sont connectés au tronc nerveux entérique et peuvent fournir une source d'entrée dans le cerveau. Les cellules gliales entériques agissent comme des cellules présentatrices d'antigène (APC) pour les cellules immunitaires logées dans le tissu lymphoïde associé à l'intestin (GALT). Une infection de l'intestin peut déclencher une réponse immunitaire périphérique telle qu'un orage de cytokines et faciliter également la neuroinflammation entérique (cf. G.Esposito et al., 2020; Y.Wu et al., 2020).

- une voie indirecte :

- la dérégulation des cytokines : les cytokines pro-inflammatoires (par exemple IL-6 et TNF-α) sont significativement plus élevées chez les patients Covid décédés, dont le lien est établi avec l'encéphalite qui suit l'orage de cytokines (cf. K-J. Huang et al., 2005).

- la transmigration des cellules immunitaires périphériques : le développement de symptômes psychiatriques via l'infection opportuniste de cellules myéloïdes périphériques (un mécanisme du cheval de Troie) qui sont ensuite acheminées vers le cerveau, provoquant une neuroinflammation et une neuropathologie virale (cf. M.Desforges et al., 2019).

- la neuroinflammation : l'hyperinflammation liée à l'orage cytokinique décrit plus haut (cf. T.P. Cothran et al., 2020).

- l'auto-immunité post-infectieuse : les infections virales induisent des processus auto-réactifs qui peuvent déclencher le développement d'une réponse auto-immune chez les individus sensibles (cf. J.E. Kim et al., 2017; L-K. Tsai et al., 2004).

- la blessure hypoxique : l'hypoxie cérébrale (la réduction d'oxygène dans le cerveau) peut survenir par infection directe du tissu pulmonaire, mais peut également survenir en raison du potentiel neuroinvasif du virus affectant directement le centre cardiorespiratoire médullaire (cf. Y-C. Li et al., 2020). L'hypoxie cérébrale augmente le métabolisme anaérobie dans les mitochondries des cellules cérébrales et l'acide lactique qui en résulte entraîne un œdème cérébral, une diminution du flux sanguin, une augmentation de la pression intracrânienne, ce qui peut cliniquement se présenter avec une gamme de symptômes neuropsychiatriques.

- il existe d'autres voies indirectes qui facilitent l'entrée du Covid-19 dans le cerveau comme les traitements immunomodulatoires, l'implication du récepteur ACE2, l'hypercoagulabilité, etc.

Une fois à l'intérieur du cerveau, le virus peut activer les cellules immunitaires cérébrales et déclencher notamment un orage de cytokines.

Impacts des troubles bénins sur le cerveau

A priori on a tendance à croire qu'une personne présentant des symptômes bénins du Covid-19 ne risque pas grand chose. Erreur. Dans une étude publiée dans la revue "Brain" en juillet 2020, Michael S. Zandi de l'University College de Londres (UCL) et ses collègues ont montré que les formes bénignes de la Covid-19 peuvent avoir des impacts importants, mais heureusement temporaires, sur le cerveau.

Image IRM du cerveau. Document NIH.

Les chercheurs ont étudié 43 patients Covid et constaté qu'il y avait 10 cas de dysfonctionnement cérébral temporaire, 12 cas d'inflammation cérébrale, 8 cas d'accidents vasculaires cérébraux (AVC) et 8 cas de lésions nerveuses.

La plupart de ces patients atteints d'inflammation présentaient une encéphalomyélite aiguë disséminée (ADEM, également appelée encéphalite post-infectieuse), une maladie rare généralement observée chez les enfants après des infections virales.

Aucun des patients présentant des troubles neurologiques n'avait de virus Covid-19 dans le liquide céphalorachidien, ce qui suggère que le virus n'a pas infecté directement leur cerveau. Soulignons que si l'infection avait été associée à une inflammation ou à des lésions des terminaisons nerveuses elles-mêmes, les patients Covid peuvent développer des brûlures et des engourdissements, ainsi qu'une faiblesse et une paralysie. Souvent, il est difficile de savoir si ce sont les effets d'une maladie grave sur les nerfs eux-mêmes ou s'il y a une atteinte du cerveau et de la colonne vertébrale.

Tous ces effets sur le cerveau et le système nerveux peuvent causer des dommages à long terme et peuvent se cumuler chez un individu. Mais nous devons en savoir plus sur ce qui se passe dans le système nerveux des gens avant de pouvoir prédire avec précision les effets à long terme.

Une façon d'en savoir plus est de jeter un œil à l'intérieur de la tête des patients à l’aide de techniques de neuroimagerie, comme l'IRM.

Dans une étude publiée dans la revue "Radiology" en juin 2020, les modèles trouvés comprenaient des signes d'inflammation et une pluie de petites taches de saignement, souvent dans les parties les plus profondes du cerveau. Certains de ces résultats sont similaires à ceux observés chez les plongeurs ou dans le mal de l'altitude. Ils pourraient représenter un grave manque d’oxygène du cerveau chez certains patients Covid - mais nous commençons seulement à comprendre toute la portée de l’implication du cerveau dans la maladie. Les études d'imagerie cérébrale et post-mortem pour les personnes décédées de la Covid-19 ont été limitées à ce jour.

Notons que ces inflammations peuvent affecter la mémoire mais ce trouble provoqué par un dysfonctionnement du système immunitaire n'est pas spécifique au Covid-19 (cf. Tchessalova & Tronson, 2020 et 2019).

Selon Zandi, "Des complications du Covid-19 touchant le cerveau, certaines potentiellement mortelles, comme un accident vasculaire cérébral, un délire, des hallucinations ou des lésions nerveuses, pourraient être plus courantes qu’on ne le pensait initialement. Et ce sans corrélation avec la gravité des symptômes respiratoires".

Selon Ross W. Paterson, coauteur de cet article, "Étant donné que la maladie n’existe que depuis quelques mois, nous ne savons pas encore quels dommages à long terme le Covid-19 peut causer. Les médecins doivent être conscients des effets neurologiques possibles, car un diagnostic précoce peut améliorer les résultats sur la santé des patients".

Prévalence des atteintes neurologiques

Combien de patients Covid souffrent d'atteintes neurologiques ? Jusqu'à présent les cliniciens ignoraient la fréquence des effets neurologiques du Covid-19. Une étude a donc été réalisée par l'équipe du neurologue Tom Solomon de l'Université de Liverpool dont les résultats furent publiés dans la revue "The Lancet" le 1 septembre 2020.

Les chercheurs ont utilisé les données d'autres coronavirus comme le SARS et le MERS. Les symptômes affectant le système nerveux central affectent respectivement 0.04% et 0.2% des patients SARS et MERS. Sur base de 36 millions de cas confirmés de Covid-19 dans le monde (6/10/2020), on en déduit qu'entre 15000 et 70000 personnes auraient des complications neurologiques. Ces infections seraient donc relativement rares. Toutefois, sachant que les études cliniques se concentrent généralement sur les patients Covid hospitalisés, et souvent en soins intensifs, la prévalence des symptômes neurologiques dans ce groupe pourraient dépasser 50% ! En revanche, nous n'avons aucune donnée pour les patients présentant des symptômes légers ou asymptomatiques. Il est donc difficile de connaître les causes de ces symptômes neurologiques.

Le neurologue Arvind Chandratheva signalant des lésions cérébrales sur un scanner. Document BBC.

Ce manque d'information pose un souci aux médecins. En effet, pour soigner un patient Covid souffrant de troubles neurologiques il faut savoir pourquoi le cerveau est affecté. Si les processus d'infections sont cohérents, les mécanismes sous-jacents le sont beaucoup moins. Or le traitement dépend de la réponse médicale. En effet, on ne soigne pas une infection virale du système nerveux central (avec du remdesivir par exemple) si le virus ne s'y trouve pas. Dans ce cas, il faut un traitement anti-inflammatoire. Inversement, on ne prescrit pas d'anti-inflammatoires à un patient qui a un virus dans le cerveau car ils présentent des risques parfois aussi dangereux que le virus ou des effets secondaires indésirables.

Une chose est certaine, le Covid-19 peut infecter les neurones, du moins si on se base sur les résultats des expériences faites sur des organoïdes représentatifs du cerveau (cf. K.Takayama, 2020; A. Muotri et al., 2020) ou l'autopsie de cerveaux humains et de souris contaminés. Le Covid-19 infecte les neurones, en tue certains et réduit parfois la formation de synapses (cf. A.Iwasaki et al., 2020).

Mais le virus reste difficile à localiser dans le cerveau. Les tests PCR qui normalement sont suffisamment sensibles donnent souvent des résultats négatifs. Des études ont montré qu'il n'était pas possible de détecter les particules virales dans le liquide céphalorachidien qui entoure le cerveau et la moelle épinière. Les chercheurs estiment que l'une des raisons serait que le récepteur ACE2 est peu exprimé dans les cellules du cerveau (cf. F.Al Saiegh et al., 2020).

Toutefois, même l'autopsie du cerveau de personnes décédées du Covid révèle des taux de virus faible voire quasi nuls au microscope électronique. Même chose quand le virus infecta le nerf olfactif; il n'apparait pas sur les images du bulbe olfactif (cf. M.Fowkes et al., 2020). En revanche, quand le virus pénètre dans le cerveau, les zones infectées ont tendance à se regrouper autour des vaisseaux sanguins.

Si le manque de virus dans le cerveau est lié au combat que mêne le système immunitaire, on ne peut pas encore généraliser cette hypothèse. En revanche, les chercheurs peuvent utiliser des biomarqueurs pour distinguer l'infection virale d'une activité immunitaire. Mais cela demande des études cliniques et des autopsies. Cette méthode ne pourra donc pas être développée à court terme.

La maladie de Parkinson résultant de la Covid-19 ?

Dans une étude publiée dans la revue "The Lancet" le 1 octobre 2020, le neurologue Mikhal E. Cohen du Centre Médical Sharre Zedek de Jérusalem, en Israël, et ses collègues ont suggéré que le Covid-19 serait capable de déclencher la maladie de Parkinson.

Cohen et ses collègues citent l'observation d'un seul cas. "Un homme juif ashkénaze de 45 ans a été hospitalisé à l'hôpital universitaire Samson Assuta Ashdod (Ashdod, Israël) le 17 mars 2020, en raison d'une toux sèche et de douleurs musculaires. Quelques jours avant son admission, il avait également remarqué une perte d'odorat. Ses symptômes avaient commencé le 11 mars, 2 jours après son retour en Israël d'un voyage d'une semaine aux États-Unis. Il a peut-être été exposé au virus lors du vol de retour vers Israël, car il s'est rappelé qu'un passager assis derrière lui toussait à plusieurs reprises. Ses antécédents médicaux comprenaient de l'hypertension et de l'asthme [tous deux traités]. Il a été trouvé positif pour le SARS-CoV-2 au test RT-PCR en temps réel après un prélèvement nasopharyngé le jour de l'admission. Sa formule sanguine complète et ses mesures de CRP étaient normales (CRP 1.5 mg/L)".

Image PET-scan F-FDOPA d'un patient Covid traité en Israël présentant des symptômes de la maladie de Parkinson. Les deux putamènes sont affectés. Document M.E.Cohen et al. (2020).

"Lors de son hospitalisation dans le service COVID-19, le patient présentait des signes de fatigue, un essoufflement et des douleurs thoraciques sans fièvre, et fut traité pendant 3 jours [...] sans médicaments systémiques, supplément en oxygène ou ventilation mécanique. Le patient a ensuite été isolé le 20 mars dans un établissement COVID-19. Il fut testé négativement sur des prélèvements nasopharyngés effectués les 25 et 30 mars. Cependant, pendant la période d'isolement de 3 semaines, il a remarqué que son écriture avait changé et était devenue plus petite et moins lisible qu'auparavant. Il a commencé à avoir des difficultés à parler et à écrire des SMS sur son téléphone portable. Il a également eu des épisodes de tremblements dans sa main droite. Après être rentré chez lui, il a continué à présenter ces symptômes et a finalement été admis au département de neurologie [...] environ 2 mois après avoir été initialement testé positif au Covid-19".

Les analyses neurologues ont révélé des symptômes suspects : "Une tomodensitométrie cérébrale, des séquences de récupération par diffusion et inversion atténuée par les fluides à l'IRM et un EEG étaient tous normaux. Mais un PET-scan au 18F-fluorodopa (18F-FDOPA) a montré une diminution de l'absorption du 18F-FDOPA (un acide aminé indicateur de l'activité fonctionnelle des terminaisons des neurones dopaminergiques dans le striatum dont la diminution peut être le signe de la maladie de Parkinson) dans les deux putamènes (une zone située dans le néostriatum, au centre du cerveau), plus apparente du côté gauche. De plus, une légère diminution de l'absorption dans le caudé gauche a également été suspectée [...]. Les tests génétiques pour les mutations dans les points chauds communs du gène LRRK2 (un gène majeur de la maladie de Parkinson) et le séquençage complet du gène des variants de GBA (un gène mutant qui intervient aussi dans la maladie de Parkinson) ont été négatifs. La recherche d'autres gènes liés à la maladie de Parkinson [...] furent également négatifs".

Les auteurs concluent : "L'association temporelle entre l'épisode d'infection par le SARS-CoV-2 et les symptômes parkinsoniens, apparus lors de l'infection aiguë, est intrigante. Avant son admission au département de neurologie, le patient avait été testé négatif pour le SARS-CoV-2 sur RT-PCR en temps réel à deux reprises; cependant, il a ensuite été trouvé positif pour les anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 dans le sérum, mais négatif pour ces anticorps dans le LCR. Néanmoins, nous ne pouvons pas exclure la possibilité que le SARS-CoV-2 pénètre dans le système nerveux central, notamment en raison de l'atteinte olfactive et de la pléocytose limite".

Dans une autre étude publiée dans le "Journal of Pakinson's Disease" le 22 septembre 2020, Kevin J. Barnham de l'Institut Florey de Neurosciences et de Santé Mentale de Parkville, en Australie, et ses collègues ont déclaré à propos des patients Covid : "Il y a un nombre toujours croissant de rapports de symptômes neurologiques chez les patients, de sévères (encéphalite) à légères (hyposmie), suggérant un neurotropisme potentiel du SARS-CoV-2". Autrement dit, ils estiment que le Covid-19 aurait des affinités pour le système nerveux où y déclencherait des maladies spécifiques comme le Parkinson.

Les auteurs ne présentent pas de cas de Parkinson avérés liés au Covid-19 mais posent la question : "Le monde a été pris au dépourvu par la première vague de Covid-19, serons-nous prêts pour la troisième vague de séquelles neurologiques comme le parkinsonisme ?".

Un lien possible avec la SAVI

Fait intéressant pour les médecins-chercheurs prenant les patients Covid en charge, la réponse inflammatoire explosive de l'organisme ressemble à celle observée dans une autre maladie appelée SAVI (STING Associated Vasculopathy with Onset in Infancy ou Vasculopathie de l'enfant associée à STING). Les patients atteints par cette maladie génétique très rare (29 patients dans le monde en 2018, cf. FAI2R) présentent une mutation du gène STING (Stimulator of Interferon Genes ou Stimulateur des Gènes de l'Interféron) également appelé MITA ou MPYS. Lors d'une infection, cette mutation conduit à une suractivité auto-inflammatoire suite à la production excessive de cytokines comme l'IL-6 et, à l'inverse du Covid-19, à une forte production d'interférons (cf. F.Rieux-Laucat et al., 2020; F.Rieux-Laucat et al., 2014).

Sur la piste génétique. Document Phanie.

Selon le Dr Frédéric Rieux-Laucat, immunogénéticien à l'Institut des Maladies Génétiques (IMAGINE), "La mutation conduit aussi à une infiltration des cellules immunitaires, dont des lymphocytes B, dans les poumons, mimant en quelque sorte une infection virale respiratoire constante. Sur le plan clinique, cette maladie se caractérise par des atteintes pulmonaires ou cutanées, telles que des engelures ou, dans les formes extrêmes, une gangrène des extrémités" (cf. Inserm). Or comme nous l'avons évoqué, selon les dermatologues certaines malades du Covid-19 peuvent présenter des pseudo-engelures, des rougeurs et d'autres symptômes cutanés.

Notons qu'à l'inverse du Covid-19 où les radiographies des poumons des patients présentent des zones claires diffuses, celles des patients SAVI présentent des opacités interstitielles (cf. Y.Liu et al., 2014).

Les chercheurs soupçonnent l'existence d'un lien entre les réponses antivirales au Covid-19 et celles au SAVI. Il pourrait même y avoir des prédispositions génétiques chez les malades atteints de formes sévères du Covid-19. Pour en avoir la confirmation d'autres études sont nécessaires, notamment pour caractériser les cellules immunitaires impliquées dans la réponse de l'organisme. Ils pourront ensuite identifier les mécanismes à l'oeuvre et envisager des remèdes ciblant les molécules transportées par les cytokines, comme l'IFN ou l'IL-6.

Cette voie de recherche est familière des chercheurs qui ont déjà identifié une centaine de mutations modifiant la réponse immunitaire suite à une infection virale comme c'est le cas pour la tuberculose, l'herpès ou la grippe. Il faut à présent que les généticiens identifient dans le génome du Covid-19 les séquences qui aggravent l'infection et celles qui suppriment les symptômes comme chez les personnes asymptomatiques.

Guérison et séquelles post-Covid

Selon l'OMS, environ 80% des patients présentent des symptômes légers à modérés et guérissent sans avoir besoin de soins hospitaliers. 15% des patients Covid développent une forme sévère de la maladie et pour environ 5% le pronostic vital est engagé. A mesure qu'on connaît mieux le virus et la maladie, les 5% de patients critiques finissent souvent par vaincre la maladie sans pour autant pouvoir écarter tous les décès qui restent importants chez les personnes vulnérables.

Jusqu'à la fin de son hospitalisation, le patient Covid reste contagieux et ne sera guéri et libre de sortir que lorsque les tests ne détecteront plus aucune trace du virus dans son organisme. Mais tous ne seront pas quittes des effets secondaires ou des séquelles pour autant.

Des séquelles persistantes chez les patients non hospitalisés

Les patients Covid peu affectés par la maladie, présentant des symptômes bénins ne sont pas hospitalisés car leur cas ne nécessite pas d'intervention clinique particulière ni une prise en charge en soins intensifs. Cependant, ceux souffrant d'une "grosse grippe" se plaignent d'avoir des symptômes pendant quelques mois : essoufflements, douleurs, maux de tête, etc.

Selon une étude publiée sue "medRxiv" (non validée) le 16 octobre 2020, le cardiologue Amitava Banerje, professeur d"études de données médicales à l'University College de Londres et des collègues ont constaté que ces effets secondaires pourraient avoir des conséquences à long terme.

Les chercheurs ont suivi  201 patients Covid à faible risque présentant des symptômes persistants. L'âge moyen est de 44 ans pour 70% de femmes, 87% de blancs et 31% faisaient partie du personnel du secteur médical.

D'après les résultats préliminaires, "près de 70% des patients présentent des séquelles à un ou plusieurs organes 4 mois après les symptômes initiaux [...]. Les poumons (33%), le coeur (32%), le pancréas (17%), les reins (12%), le foie (10%) et la rate (6%) sont atteints". Selon les chercheurs, "La bonne nouvelle est que ces séquelles sont légères, mais cela reste des dégradations et chez un quart des gens, cela touche deux organes ou plus".

Selon Banerje, "Cela tend à prouver que, bien qu'elle touche moins gravement certaines personnes, la maladie peut tout de même avoir des conséquences non négligeables chez tout le monde".

En complément, selon l'étude Corona  publiée le 17 novembre 2020 menée par des chercheurs de l'Université d'Anvers en collaboration avec la KUL, l’ULB et l'Université d'Hasselt, sur 812 articipants belges infectés par le Covid-19 (sur ~25000 cas), 22.4% présentaient encore des symptômes au moins deux mois plus tard. Les symptômes fréquemment cités sont la fatigue, l'essouflement, les douleurs articulaires et les troubles de la concentration (cf. RTL info).

Ceci confirme que tant que le virus est présent sur le territoire, les gestes barrières ne doivent pas être pris à la légère.

Séquelles respiratoires et musculaires

Parmi les effets secondaires ou les séquelles de la maladie et de l'hospitalisation, un essoufflement persistant affecte de nombreux patients post-Covid convalescents car leurs poumons ont été fort endommagés par le virus. Une minorité d'entre eux peuvent garder des séquelles de la maladie pendant plusieurs mois dont une fatigue chronique et des difficultés respiratoires. Bien que "guéris" du Covid, ils devront être suivis par des spécialistes aussi longtemps que les séquelles subsistent. Au début de la pandémie, les médecins craignaient que le Covid ne cause des dommages irréversibles conduisant à une fibrose pulmonaire - des cicatrices progressives dans lesquelles le tissu pulmonaire continue de mourir même après la disparition de l'infection.

A lire : Science of detraining

Les effets de l'arrêt d'un entraînement musculaire sur le corps

Mike Schultz est un infirmier américain de 43 ans qui contracta le Covid-19 le 11 mars 2020 lors d'un festival à San Francisco. Pratiquant le culturisme 5 à 6 fois par semaine, il déclara qu’il pesait environ 86 kg et n’avait aucun problème de santé avant de contracter le virus. Il passa 57 jours à l’hôpital et en sorti guéri mais ne pesa plus que 63 kg comme le montrent ces photos postées sur son compte Instagram. Sa perte de poids (surtout musculaire) atteignit 27%. Après être rentré chez lui, il a dû réapprendre à marcher et à manger. "J’ai pris ce selfie la semaine dernière pour montrer à quel point le déconditionnement à l’hôpital a affecté mon corps après avoir été sous sédation pendant six semaines, intubé et sous ventilateur", a écrit Schultz. "J’espère que cela ouvrira les yeux à ceux qui pensent qu’ils ne courent aucun risque".

Déjà après une semaine d'immobilisation et de traitement en soins intensifs, certains patients peuvent perdre jusqu'à 20% de masse musculaire ainsi qu'une perte d'endurance qui exigent une rééducation, présenter une fibrose pulmonaire et d'autres séquelles.

Selon les témoignages, durant cette période des patients sportifs de moins de 50 ans avaient l'impression d'être des vieillards presque impotents tellement ils éprouvaient de difficultés pour accouplir le moindre geste et notamment pour marcher. S'ils ont été intubés, ils peuvent temporairement avoir perdu la voix et ne plus être capables de parler pendant plusieurs semaines.

D'autres patients hospitalisés aux soins intensifs et "guéris" ont pu rentrer chez eux mais étaient incapables de se lever de leur chaise le premier jour sans l'aide de deux personnes. Une autre patiente âgée de 78 ans faisant partie des 5% sévèrement atteints vainquit la maladie. Elle fut envoyée dans une clinique de réadaptation pulmonaire où une kinésithérapeute (ou physiothérapeute) lui apprit des exercices de respiration pour l'aider à restaurer sa fonction pulmonaire et rééduquer les muscles respiratoires. Lorsqu'elle est rentrée chez elle trois semaines plus tard, cette patiente pouvait marcher près de 300 mètres, mais avec un déambulatoire. En continuant à faire des exercices à la maison, elle est devenue plus forte et put finalement marcher plus de 500 mètres et monter les escaliers (cf. New York Times).

Patients post Covid effectuant des exercices de rééducation à la clinique Dieulefit Santé dans la Drôme (F). Document Yara Al Chikhanie.

Ceci confirme une fois de plus que les exercices de rééduction appris avec un kiné jouent un rôle important dans la restauration des fonctions motrices, de l'autonomie et la guérison des patients.

En Belgique, dans 49% des cas les convalescents post-Covid mettront entre 6 mois et 1 an pour se rétablir totalement et ne pourront reprendre le travail qu'au terme de ce délai. Ceci dit, 51% des patients se rétablissent dans le mois.

Une étude autrichienne publiée sur le site de l'European Respiratory Society le 7 septembre 2020 a également révélé que les lésions pulmonaires et cardiaques mettent plusieurs mois pour guérir. Sur deux pools de 150 et 919 convalescents, 88% avaient encore des lésions visibles sur le CT scan des poumons ou l'échocardiogramme 6 semaines après leur sortie de l'hôpital. A 12 semaines, ce nombre était encore de 56%. Ici également, les chercheurs confirment que des exercices de réhabiliation durant 3 semaines aident beaucoup au rétablissement des convalescents.

Le record d'hospitalisation est de 155 jours pour un patient belge nommé Emile qui finit par vaincre le Covid-19. Âgé de 73 ans et victime de complications (insuffisance rénale grave, foie et poumons touchés, problèmes cardiaques, escarre), il dut suivre une longue revalidation. L'homme s'en sort bien mais perdit 50 kg ! (cf. RTBF).

On sait à présent que les patients très âgés (>80 ans) peuvent conserver des séquelles de la maladie très longtemps après la disparition du virus, en particulier dans leurs poumons. Aux Etats-Unis, des patients très âgés guéris de la Covid-19 vont devoir être suivis durant plusieurs années.

Dans un article publié dans la revue "Nature" le 14 septembre 2020, l'auteur explique que d'anciens patients convalescents de certains coronavirus ont dû vivre avec des symptômes pendant plusieurs années.

Séquelles cognitives et troubles mentaux

Des infections comme la grippe et d'autres maladies respiratoires peuvent occasionner des troubles cognitifs et mentaux. Grâce aux traitements et aux vaccins, les malades s'en sortent généralement sans séquelles. Mais dans le cas de la Covid, à défaut de remède 100% efficace et de vaccin, la maladie peut laisser des séquelles, heureusement temporaires mais pouvant persister plusieurs mois après la sortie de l'hôpital.

Dans une étude publiée sur "medRxiv" le 21 octobre 2020, Adam Hampshire de l'Imperial College de Londres et ses collègues ont suivi 84285 personnes auxquelles ils ont demandés de réaliser des tests cognitifs pour mesurer la façon dont le cerveau exécute des tâches, comme se souvenir de mots ou joindre des points sur un puzzle. Ces tests sont largement utilisés pour évaluer les performances cérébrales dans des maladies telles que la maladie d'Alzheimer et peuvent également aider les médecins à évaluer les déficiences cérébrales temporaires.

Les chercheurs sont arrivés à la conclusion que dans certains cas, les personnes convalescentes post-Covid qui étaient gravement atteintes présentent des déficits cognitifs importants pendant des mois. Selon les chercheurs, "Nos analyses [...] s'alignent sur le point de vue selon lequel le Covid-19 a des conséquences cognitives chroniques. Les personnes qui s'étaient rétablies, y compris celles qui ne signalaient plus de symptômes, présentaient des déficits cognitifs importants", les pires cas montrant des impacts "équivalents à un déclin moyen sur 10 ans de la performance mondiale entre 20 et 70 ans".

Ces résultats non encore approuvés doivent cependant être pris avec prudence. Selon Joanna Wardlaw, professeur de neuroimagerie appliquée à l'Université d'Édimbourg qui n'a pas participé à cette étude, "La fonction cognitive des participants n'était pas connue avant la Covid-19, et les résultats ne reflètent pas non plus la récupération à long terme - donc tout effet sur la cognition peut être à court terme".

Derek Hill, professeur de science de l'imagerie médicale à l'University College de Londres a également noté que les résultats de l'étude ne pouvaient pas être entièrement fiables car ils ne comparaient pas les scores avant et après, et impliquaient un grand nombre de personnes ayant déclaré avoir eu le Covid-19 mais sans test positif. Selon Hill, "Dans l'ensemble (c'est) une étude intrigante mais peu concluante sur l'effet du Covid sur le cerveau. Alors que les scientifiques cherchent à mieux comprendre l'impact à long terme du Covid, il sera important d'étudier plus en détails dans quelle mesure la cognition est affectée dans les semaines et les mois suivant l'infection, et si des dommages permanents à la fonction cérébrale se produisent chez certaines personnes".

Courbes de survie (Kaplan-Meier) pour tous les diagnostics psychiatriques (premier ou récurrent) de Covid-19 par rapport à la grippe et d'autres infections des voies respiratoires. Document P.J. Harrison et al. (2020).

Wardlaw et Hill confirment ce qu'a déjà dit Richard Horton, rédacteur en chef du "Lancet" qui déclara que "peut-être la moitié des articles publiés [dans sa revue] sont faux" car incomplets, non significatifs, etc. On reviendra sur ce sujet sensible à propos de la fraude en science.

Dans une autre méta-analyse cette fois validée et publiée dans la revue "The Lancet Psychiatry" le 9 novembre 2020, le psychiatre Paul J. Harrison de l'Université d'Oxford et ses collègues ont analysé les données cliniques d'un pool de 69 millions de citoyens américains dont 62354 patients Covid ou souffrant d'autres maladies enregistrées dans la base fédérale TriNetX. Ils ont mesuré l'incidence des désordes psychiatriques, de démence et d'insomnie durant les 3 mois suivant le diagnostic de Covid-19.

Ils ont découvert que de nombreux convalescents post-Covid risquent de développer une maladie mentale : "Chez les patients sans antécédents psychiatriques, un diagnostic de Covid-19 était associé à une incidence accrue d'un premier diagnostic psychiatrique dans les 14 à 90 jours suivants [...] Cela concerne 18.1% des patients". Les autres troubles ou maladies mentales sont des désordres de l'humeur et de l'anxiété dont la probabilité est similaire et presque deux fois plus fréquente que dans le cas de la grippe ou d'autres infections respiratoires (~20% contre ~13% après 90 jours) comme le montrent les graphiques ci-joints.

L'étude a également révélé que les personnes atteintes d'une maladie mentale préexistante avaient 65% de plus de probabilité d''être diagnostiquées pour une Covid que celles ne présentant aucun antécédant.

On peut en déduire que des facteurs de stress psychologiques associés à cette crise sanitaire combinés aux effets physiques de la maladie sont à l'origine de ces troubles.

Selon le psychiatre Simon Wessely, professeur de médecine psychologique au King's College de Londres contacté à ce sujet, "Le Covid-19 affecte le système nerveux central et pourrait donc augmenter directement les troubles ultérieurs. Mais cette étude confirme que ce n'est pas toute l'histoire et que ce risque est augmenté en raison d'une mauvaise santé antérieure".

On reviendra plus loin sur les dommages collatéraux, indirects de la Covid-19 car ils aussi nombreux, variés et de ce fait peu rassurants (cf. page 8).

La résistance des centenaires

Bonne nouvelle. Pour rassurer les personnes très âgées et leurs proches, une douzaine de personnes centenaires contaminées par le virus ont vaincu la maladie et ont pu rentrer chez elles deux à trois semaines après les premiers symptômes.

Un Chinois de 100 ans souffrait notamment de la maladie d'Alzheimer, d'hypertension et d'insuffisance cardiaque. Il guérit après 13 jours d'un traitement combinant un antiviral, une thérapie de plasma de convalescence (PRP, voir plus loin) et la médecine traditionnelle chinoise (cf. Daily Mail).

Un Italien de 101 ans né pendant la grippe espagnole (cf. La Stampa) et une Iranienne de 103 ans (cf. IRNA) vaincurent la maladie.

Une Chinoise de 103 ans guérit en 6 jours de traitement à l'hôpital de Wuhan du fait qu'elle ne présentait aucun autre problème de santé (cf. China Daily).

Une Belge de 102 ans habitant en Wallonie a vaincu la maladie. Une Belge de 103 ans hospitalisée à l'hôpital Koningin Elisabeth Instituut (KEI) à Oostduinkerke (Flandre occidentale) à la fin du mois de mars a quitté l'unité de soins intensifs le 21 avril 2020 et est à présent en rééducation. (cf. La Libre).

Une américaine de 103 ans du Massachusetts qui avait contracté le virus fin avril mais sans présenter de symptômes avait cessé de s'alimenter, présageant le pire auprès de ses proches. Toutefois, début mai elle fut testée négative et s'est remis à manger et à boire, y compris une bière pour fêter sa guérison (cf. CNN).

Maria Branyas âgée de 113 ans est la doyenne d'Espagne. Non seulement elle vainquit la grippe espagnole en 1918 mais gagna son combat contre le Covid-19. Document La Vanguardia.

Un vétéran américain de 104 ans résidant dans une maison pour vétérans fut contaminé ainsi que d'autres résidents parmi lesquels 15 sont décédés. Le 19 mars, il présentait des pics de fièvre et avait du mal à respirer. Il fut soigné en isolement dans un hôpital local et sortit guéri et en bonne forme le 1 avril, le jour de ses 104 ans, assis dans en chaise roulante et portant un masque de protection (cf. Oregon Live).

Une Française de 105 ans résidant dans un EHPAD à Maurepas a contracté le virus et fut hospitalisée pendant 17 jours et guérit de la maladie (cf. Le Parisien).

Une Française de 106 ans résidant dans un EHPAD des Yvelines a été testée positive au Covid-19 le 15 avril 2020. Malgré des symptômes inquiétants (fatigue, fièvre), la centenaire a réussi à combattre le virus sans être hospitalisée. Elle est désormais en bonne santé, et son état est jugé stable par les médecins (cf. Le Parisien).

Une Belge âgée de 106 ans vivant à Woluwé-St-Lambert fut testée positive au Covid-19 début mai 2020 et a vaincu la maladie. Elle se porte aujourd’hui comme un charme (cf. RTBF). 

Une Britannique de 106 ans hospitalisée à l'hôpital de Birmingham a guéri de la Covid-19 en mai 2020. Elle s'est battue pendant trois semaines contre la maladie.

Une Espagnole de 107 ans vivant dans une résidence pour personnes âgées à Cadix, en Andalousie et.a guéri de la maladie. En 1918, elle avait contracté la grippe espagnole (cf. La Vanguardia).

Une femme de 113 ans, présentée comme la doyenne d'Espagne a guéri de la maladie. Elle avait contracté la Covid-19 sous une forme légère au mois d'avril 2020, dans la maison de retraite où elle vit depuis vingt ans, dans la ville d'Olot, en Catalogne. Les symptômes furent discrets, limités à une infection urinaire et un peu de fièvre. Selon la responsable de communication, "Maintenant, elle se sent bien, et elle a passé la semaine dernière un test dont le résultat a été négatif". Par sécurité, la centenaire est restée confinée plusieurs semaines dans sa chambre de la Résidence Santa Maria del Tura (cf. Nius Diaro, RTBF).

On rapporte également d'autres cas de personnes âgées d'au moins 90 ans qui ont vaincu la maladie.

Les cas de recontamination

 En théorie, comme le SARS et le MERS, le Covid-19 ne frappe pas deux fois la même personne. Que le lecteur qui eut deux fois la même maladie comprenne bien qu'on peut observer des rechutes (relapses) après plus de 10 ou 15 ans sans symptôme. Les coloniaux qui ont eu la malaria (paludisme) connaissent très bien ce problème. Même après être revenus en Europe depuis plus de dix ans, certains peuvent encore présenter des crises de malaria. Même chose pour la rubéole, les oreillons (tous deux appartenant au groupe V de la classification Baltimore) et d'autres maladies virales.

Patient Covid aux soins intensifs. 

Mais les spécialistes connaissent encore mal le fonctionnement du Covid-19, tous les signes cliniques associés à la maladie et quand exactement un patient est définitivement guéri.

En février 2020, un cas de recontamination par le Covid-19 fut signalé chez une touriste à Osaka au Japon (cf. Reuters).

Le même mois, on rapporta que jusqu'à 10% d'un groupe de 147 patients Covid soignés à Wuhan sortis "guéris" d'un centre de soins, ne présentant aucune trace du virus dans leur organisme, furent recontaminés une semaine après être rentrés chez eux. Deux autres cas furent signalés dont l'un à Xuzhou (cf. LATimes).

Plus étonnant, fin février 2020 on signala 14% de recontaminations chez des anciens patients de la province de Guangdong. Toutefois le virologue Jin Dong-yan n'excluait pas la possibilité d’une erreur de diagnostic (cf. SCMP). De ce fait, jusqu'alors on considérait ces cas comme anecdotiques voire comme des rumeurs.

Mais au fil du temps, d'autres cas furent signalés dans divers pays, avec des effets parfois contradictoires

Le 24 mars 2020, un cas de recontamination fut signalé chez une maman de 28 ans vivant à la Réunion (cf. France Info). Elle rechuta moins de 2 semaines après sa guérison et après un séjour à Paris.

En Corée du Sud, les chercheurs ont déclaré officieusement le premier cas suspect de récontamination en mars 2020 chez un homme de 33 ans qui avait été traité dans un hôpital de Hong Kong pour un cas bénin (cf. Science). Mais ce n'est que le 24 août 2020 que la Corée du Sud déclara officiellement ce cas de recontamination (cf. The Korea Times). En effet, l'homme fut contaminé le 26 mars 2020, puis testé négatif à deux reprises quelques temps après et resta asymptomatique. Mais le 15 août 2020 alors qu'il revenait d'un voyage en Espagne, il fut de nouveau testé positif à l'aéroport de Hong Kong, soit plus de quatre mois (142 jours) après sa guérison (cf. IDSA, 2020). Cela laisse supposer que son système immunitaire l'a protégé contre la maladie mais pas de la contamination. Son cas fit l'objet d'une étude clinique et d'un article scientifique (voir plus bas).

Le 8 avril 2020, on dénombra officieusement 63 recontaminations en Corée du Sud (cf. South China Morning Post, Yonhap News) puis 116 autres cas le 14 avril 2020 (cf. Yonhap News) et encore 163 cas le 24 avril 2020 (cf. NPR).

Dans la majorité des cas, la réinfection n'affectait que les voies respiratoires supérieures avec des symptômes mineurs. Jeong Eun-kyeong, directeur général du KCDC, l'équivalent coréen du CDC américain, confirma que les rechutes furent détectées en moyenne 13.5 jours après la guérison. Cependant, l'intervalle le plus long signalé à cette époque fut de 35 jours (cf. NPR). Mais nous verrons que ce délai peut être beaucoup plus long.

Patient Covid hospitalisé aux soins intensifs au Royaume-Uni. Document Jonny Weeks/The Guardian.

Sur l'ensemble des recontaminations observées en Corée du Sud au 19 avril 2020 soit 179 personnes, les plus nombreuses soit 22.9% des cas concernaient des personnes âgées d'une vingtaine d'années, 17.9% avaient une cinquantaine d'années et seulement 5 cas concernaient des enfants de moins de 10 ans (cf. Yonhap News).

Finalement, au moins 24 autres cas de recontamination furent officiellement confirmés en Corée du Sud mais les estimations officielles restent sous-estimées (cf. BNO News).

Le 17 avril 2020, l'infirmière médicale Sanne de Jong âgée de 22 ans contracta le Covid-19 et présenta des symptômes bénins durant 2 semaines. Elle fut testée négative le 2 mai 2020 et retourna travailler dans un hôpital de Rotterdam, aux Pays-Bas. Mais fin juin 2020, elle se plaignit de nausées, d'un essoufflement, de douleurs musculaires, du nez qui coule et perdit le sens de l'odorat. Son médecin lui suggéra de se faire tester. Le 3 juillet 2020 elle apprit qu'elle avait été recontaminée par le Covid-19 (cf. Science).

Le 26 août 2020, on signala également des cas de recontamination en Belgique (cf. Le Soir/VTM), au Luxembourg (cf. Wort) et en Allemagne. Pour ce qui concerne l'Europe, les autorités nationales et européennes n'ont pas souhaité s'exprimer sur ces cas et leur nombre. On peut supposer qu'ils les considèrent comme anecdotiques en espérant qu'ils les gardent à l'oeil.

Toutefois, Maria Van Kerkhove de l'OMS déclara le 24 août 2020, "L'Organisation doit examiner la possibilité d'une réinfection au niveau de la population. Le problème est que l'on sait peu de choses sur l'immunité au nouveau coronavirus dont bénéficient les personnes qui ont déjà été infectées, et qu'il n'y a toujours pas assez de temps ou d'études scientifiques pour parvenir à des conclusions spécifiques".

Le 12 octobre 2020, l'équipe du Pr Mark Pandori, révéla un nouveau cas de recontamination aux Etats-Unis que la presse locale avait déjà évoqué au mois d'août (cf. The Lancet; Nevada Today). Un Américain de 25 ans vivant au Nevada contracta une deuxième fois le Covid-19 à seulement 48 jours d'intervalle (le 18 avril puis le 15 juin 2020). La deuxième infection fut plus sévère que la première. Selon Pandori, "Il y a toujours de nombreuses inconnues sur les infections au SARS-CoV-2 et la réponse du système immunitaire, mais nos travaux montrent qu'une infection antérieure pourrait ne pas nécessairement protéger contre une infection future". Par conséquent poursuit-il, puisqu'une recontamination est possible, "les gens qui ont été testés positifs au SARS-CoV-2 devraient continuer de prendre des précautions, dont la distanciation physique, le port du masque et le lavage des mains".

Le 9 novembre 2020, on signala une recontamination en Belgique chez une jeune femme du secteur médical, un cas qui fit l'objet d'une étude clinique. Elle avait contracté le Covid-19 lors de la première vague et avait donc constitué des anticorps neutralisants contre la maladie mais fut recontaminée en septembre 2020, après 185 jours. Malgré une réponse immunitaire humorale (adaptative) efficace après la primo-infection symptomatique, lors du deuxième épisode les symptômes furent plus doux et caractérisés par une augmentation rapide des IgG et des anticorps neutralisants. Bien que la recherche des contacts et la culture du virus ne soient pas concluantes, l'agent de santé a formé un groupe de transmission avec 3 patients et a montré des preuves de réplication du virus mais pas d'anticorps neutralisants dans ses prélèvements nasopharyngés. Conclusion, si ce cas est représentatif de la plupart des patients Covid, une immunité protectrice de longue durée contre ce virus pourrait ne jamais être atteinte (cf. K..Ariën et al., 2020).

Définition et caractérisation

Pour être considéré comme un cas de recontamination (ou de réinfection), un patient doit présenter un test PCR (cf. page 9) positif à 2 reprises séparé d'au moins un mois sans symptôme. Le deuxième test peut être positif si le patient a un résidu d'ARN viral non réplicatif datant de sa primo-infection dans ses voies respiratoires et donc avoir deux virus en même temps ou ne jamais avoir complètement éliminé le premier virus (voir plus bas).

Selon les études publiées dans la presse scientifique, dans la plupart des cas les chercheurs concluent qu'il s'agit de 2 charges virales complètes et suffisamment différentes pour les distinguer. Mais dans de nombreux cas, le matériel génétique est tout simplement absent.

Le problème qui se pose est qui si l'ARN viral n'est pas détectable, la plupart des laboratoires n'ont ni le temps ni l'argent pour chercher une explication. Par conséquent, le nombre de recontaminations génétiquement prouvées est environ 10 fois inférieur à celui des recontaminations suspectées. A titre d'exemple, au 18 novembre 2020, les Pays-Bas comptaient 50 cas suspects, le Brésil 95, la Suède 150, le Mexique 285, le Qatar au moins 243 et la Corée du Sud au moins 434 cas de recontamination suspectée pour une poignée voire parfois un seul cas officiellement déclaré. Ces chiffres sont sous-estimés puisque dans de nombreux pays seule une fraction de la population a été dépistée et rarement plus d'une fois.

Comment expliquer ces cas de recontamination ? Bien que les chercheurs manquent de recul, plusieurs hypothèses ont été proposées.

Première hypothèse : le virus dormant ou non infectieux

A l'époque des premiers cas de recontamination signalés au Japon et en Chine, les spécialistes doutèrent que ces patients aient contracté deux fois le Covid-19. Le Dr Philip Tierno, microbiologiste et pathologiste à l'Ecole de Médecine de l'Université de New York pensait que "le virus restait dormant avec un minimum de symptômes" et se réactivait quand les conditions étaient proprices (cf. Reuters).

Certains spécialistes imaginaient que le second test PCR était peut être un faux négatif et dans ce cas il fallut changer de réactif ou procéder à des prises de sang. Mais il est théoriquement possible que ce virus agisse différemment des deux précédents et constituerait alors un vrai défi pour les virologues.

Un patient Covid aux soins intensifs placé sous ventilateur en Italie en avril 2020. Document Piero Cruciatti/AFP.

Dans un rapport publié le 19 mai 2020, le KCDC montra que les échantillons de patients Covid recontaminés n'ont pas de virus infectieux. Mais ce sont des cas particuliers qu'il ne faut surtout pas généraliser à tous les cas de recontamination.

Les chercheurs ont tenté d'isoler le virus sur 108 patients en convalescence retestés positifs. Tous ces échantillons se sont révélés négatifs. Lorsque les chercheurs ont examiné 23 de ces patients à la recherche d'anticorps contre le Covid-19, presque tous avaient des anticorps neutralisants capables d'empêcher le virus de pénétrer dans les cellules. Cette réponse immunitaire peut protéger une personne contre une rechute infectueuse, au moins à court terme.

Les chercheurs ont également retrouvé 790 contacts de 285 personnes retestées positives. Parmi ces contacts, 27 furent testés positifs et 80 avaient déjà été confirmés précédemment. Aucun nouveau cas ne semble provenir de patients Covid positifs ayant rechuté, signe que ces anciens patients ne sont pas contagieux.

Les résultats suggèrent que les tests de diagnostic ont détecté le matériel génétique de virus non infectieux ou "morts", ce qu'avait déjà suggéré Jeong Eun-kyeong précité un mois plus tôt. Selon les chercheurs, cette absence de charge virale signifie que ces personnes ne sont actuellement pas infectées et ne peuvent pas transmettre le Covid-19 à d'autres. Autrement dit, ces anciens patients Covid ont été recontaminés mais sans développer d'infection car le virus ne se réactive pas. Cette explication est toutefois tirée par les cheveux.

Autre explication, la charge virale est devenue trop faible pour être détectée et pour une raison inconnue, elle s'est réactivée et la maladie est réapparue. Le fait que ces malades n'aient apparemment pas contaminé d'autres personnes renforce l'idée qu'il restait encore des virus dans leur organisme. Cette hypothèse était partagée par les experts de l'OMS (cf. Reuters) et les responsables du KCDC. Cela signifie également que la primo-infection généra une certaine immunité mais qu'elle chuta ensuite sous le seuil permettant à l'organisme de vaincre le virus (voir la deuxième hypothèse).

Une autre possibilité évoquée fut que les tests ont détecté des particules virales mortes qui ne sont plus infectieuses ou transmissibles. Jeon précité a déclaré le 17 avril 2020 que les virus collectés chez 6 patients recontaminés ne pouvaient pas être cultivés de manière isolée, ce qui signifie qu'ils sont "morts" ou trop peu nombreux. Autrement dit, concrètement dans ce cas particulier les personnes recontaminées n'étaient pas contagieuses (cf. Reuters, NPR).

Les experts de l'OMS ont suggéré que ces patients recontaminés ont expulsé des fragments de matériel viral de leurs poumons pendant la phase de récupération.

A voir : Can You Get The Coronavirus Twice?, Insider

La recontamination par un autre porteur de virus est un scénario moins probable étant donné que les patients furent retestés positifs peu de temps après avoir terminé leur traitement.

Deuxième hypothèse : la réponse en anticorps

Il y a le fait établi que la durée de l'immunisation commence à diminuer environ 3 mois après la primo-infection (cf. page 2). C'est la première raison pouvant expliquer la recontamination.

On peut aussi imaginer que le système immunitaire de ces patients recontaminés n'a plus produit suffisamment d'anticorps pour détruire la souche virale. Cette hypothèse a été appuyée par l'étude de 175 patients sortis "guéris" du Centre clinique de santé publique de Shanghai mais dont près d'un tiers (30%) présentaient "des niveaux d'anticorps étonnement bas", ce qui peut expliquer la réactivation du virus et donc les recontaminations (cf. SCMP). Il est donc essentiel de connaître tous les anticorps impliqués dans la neutralisation du virus et de ne pas se limiter aux seuls anticorps classiques, d'où l'intérêt des tests de neutralisation. On y reviendra.

Dans un article publié dans le journal "BMJ" le 11 juin 2020, des chercheurs italiens ont proposé une autre hypothèse : il est possible que "l'infection antérieure par le SARS-CoV-2 (ou par d'autres virus/coronavirus) puisse prédisposer à des formes plus sévères de la maladie en cas de réinfection". Les chercheurs faisaient allusion à un mécanisme immunologique connu sous le nom de facilitation de l'infection par des anticorps, "déjà observé lors d'infections par d'autres coronavirus (MERS et SARS) ou virus tels que le virus du Nil occidental et la dengue".

Autrement dit, la présence d'anticorps non-neutralisants augmenterait l'infectiosité virale en facilitant l'entrée du virus dans l'organisme. Selon les chercheurs italiens, "Si elle est confirmée par des études in vivo, cette hypothèse pourrait avoir d'importantes implications dans le traitement des formes sévères de la Covid-19, toutefois la possibilité de produire un vaccin efficace contre le SARS-CoV-2 pourrait être entravée".

Troisième hypothèse : des anticorps inefficaces

Dans un article publié sur "medRxiv" le 13 octobre 2020, des chercheurs chinois ont suggéré que les patients Covid dont la primo-infection est très grave pourraient avoir des anticorps inefficaces, ce qui pourrait les rendre plus sensibles aux réinfections sévères. Mais jusqu'à présent, il n'y a aucune preuve clinique suggérant que la réinfection fut plus sévère que la première - bien que les chercheurs ne l'aient pas non plus exclue.

La vaccination contre certaines maladies peut également déclencher une amélioration plus tardive. On connaît par exemple des cas de complication connue ou suspectée des vaccins contre la dengue et le virus respiratoire syncytial (cf. P.L. Acosta et al., 2016) chez l'homme et une maladie à coronavirus chez le chat (cf. T.Hohdatsu et al., 1998). Mais il n'y a aucune preuve que les candidats vaccins contre le Covid-19 présentent de tels effets. Selon l'infectiologue Derek Cummings de l'Université de Floride, "Ayant travaillé sur la dengue, je peux dire que la base empirique d'une maladie accrue n'est tout simplement pas là, alors qu'elle était très forte dans la dengue."

Les échantillons de virus de De Jong (voir plus haut) ont tous deux été séquencés dans le laboratoire de Reusken, avec un résultat surprenant : les séquences n'étaient pas identiques, mais ont montré une telle similitude que le virologue Harry Vennema de l'Institut national néerlandais pour la santé publique et l'environnement (RIVM) déclara que la patiente n'a probablement pas éliminé le virus en avril et qu'il recommença à se répliquer en juin.

Cela rend son cas différent d'une véritable recontamination - bien que Vennema dise qu'ils devraient peut-être être considérés comme similaires, car dans les deux cas, le système immunitaire n'a pas réussi à mettre en place une réponse protectrice. Son laboratoire a trouvé au moins un cas similaire, dit-il, suggérant que certaines recontaminations non confirmées pourraient en fait être une résurgence du virus d'origine.

D'autres coronavirus peuvent également provoquer des infections persistantes. En 2009, l'équipe de Stanley Perlman de l'Université d'Iowa montra qu'un coronavirus de souris provoquant une encéphalite peut persister dans le corps et déclencher en permanence des réponses immunitaires, même s'il ne se réplique pas. Dans un article publié sur "bioRxiv" le 5 novembre 2020, des chercheurs américains ont montré que le Covid-19 peut persister pendant des mois dans l'intestin. Les chercheurs suggèrent que des infections persistantes pourraient expliquer les symptômes extraordinairement durables qui affligent certains convalescents du Covid-19.

Quatrième hypothèse : la piste de la nouvelle souche

Fin août 2020, l'immunologiste Akiko Iwasaki qui dispose de son propre laboratoire à l'École de Médecine de l'Université de Yale rapporta le cas précité de l'homme de 33 ans vivant à Hong Kong qui fut recontaminé par le Covid-19 plus de quatre mois après sa guérison (cf. IDSA, 2020). Cela suggère que son système immunitaire conserva le souvenir de sa rencontre précédente avec le virus et neutralisa avec succès les virus avant que l'infection ne se propage.

Une variation du génome du Covid-19, la souche D614G, a amélioré sa capacité à infecter les cellules humaines et l'aide à devenir la souche dominante circulant dans le monde aujourd'hui. Document Radoslav Zilinsky/GettyImages.

Ces cas contradictoires sont courants avec le Covid-19. Le fait qu'ils existent empêche les immunologistes de tirer des conclusions définitives sur la réponse immunitaire à long terme face au Covid-19.

A propos du cas de Hong Kong, selon le virologue Jonathan Stoye de l'Institut Francis-Crick de Londres, "Il est difficile de tirer des conclusions à partir d’un seul cas. Je ne suis pas certain que cela signifie vraiment quelque chose". Il conclut : "Il y a presque autant d’inconnues sur les réinfections qu’il y en avait avant ce cas".

Pour être certain que ces cas de recontamination sont des évènements distincts, les équipes de Hong Kong (cf. IDSA, 2020) et du Nevada (cf. SSRN, 2020) ont chacune séquencé les génomes des virus responsables de la première et de la seconde infection puis les ont comparés à ceux de la base GISAID. Elles ont toutes deux trouvé suffisamment de différences entre les génomes pour conclure que des mutations du virus étaient à l'origine de l'infection primaire et de la recontamination. Cette dernière est liée à des mutations génomiques survenues entre juillet et août 2020.

Finalement l'explication la plus plausible serait que contrairement à ce qu'on pu dire certains spécialistes, le virus ne s'est pas réactivé chez les anciens patients mais que soit leur système immunitaire n'a pas réussi à conserver son immunisation soit ils ont contracté une nouvelle souche du virus. Nous n'aurons pas la réponse avant quelques mois.

Même quelques centaines de cas sur 54 millions de contaminés soit ~1/100000 au 1 novembre 2020 ne permettent pas d'estimer la fréquence des recontaminations. Il faudra du temps pour que les chercheurs accumulent des données cliniques auprès de patients réinfectés. Et d'autant plus longtemps qu'à partir d'octobre 2020 les hôpitaux furent confrontés à une deuxième vague épidémique plus forte que la première (cf. page 8).

Des prédispositions héritées des Néandertaliens

Nous avons hérité du patrimoine génétique des premiers hommes (H.sapiens et H. denisova parmi d'autres) et de toute évidence d'autres sous-espèces par métissage. En effet, certaines populations ont hérité de nos Ancêtres de gènes spécifiques leur permettant de mieux supporter les climats extrêmes par exemple ou renforçant leur système immunitaire face à certaines maladies. Mais parfois, cet héritage cause plus de mal que de bien.

Des études ont montré que certaines mutations génétiques étaient fréquemment présentes chez les patients Covid souffrant de formes sévères de la malade. A ce jour, on a identifié 22 variantes génétiques ou allèles touchant 8 gènes différents ayant un effet délétère sur la réponse du système immunitaire contre le Covid-19. Près de 15% des formes sévères de Covid s'expliquent par ces prédispositions génétiques.

Dans une étude publiée dans la revue "Nature" le 30 septembre 2020, le médecin chercheur Hugo Zeberg et le paléogénéticien Svante Pääbo de l'Institut Max Planck d'Anthropologie Evolutionnaire (MPI EVA) ont montré que le risque est conféré par un segment génomique de ~ 50 kpb héritées des Néandertaliens ! Pour ne pas alourdir cet article nous y reviendrons en détails dans celui consacré au métissage entre les premiers humains et leurs conséquences actuelles.

Taux de létalité

Le taux de létalité est la proportion de décès chez les patients atteints d'une affection donnée, par exemple par la Covid-19. Cependant, beaucoup de rédacteurs le confondent avec le taux de mortalité bien connu qui représente le nombre annuel de décès dûs à une cause rapporté au nombre d'habitants de la zone considérée.

En revanche, la plupart des chercheurs et journalistes professionnels anglo-saxons (cf. The Lancet, The New York Times) utilisent le taux de létalité des cas confirmés (CFR ou Case Fatality Rate) qu'ils différencient du taux de létalité des cas de contamination (IFR ou Infection Fatality Rate). Le CFR correspond au taux de létalité utilisé en francophonie. L'IFR tient compte de la possibilité de ne pas avoir détecté tous les cas de contamination (toutes les personnes positives mais non testées). Si deux fois plus de personnes sont contaminées mais non détectées, on peut obtenir un IFR trois fois inférieur au CFR comme on le voit ci-dessous.

Dans le cas du Covid-19, il faudrait que tout le monde utilise le taux de létalité en tenant compte des cas de contamination non détectés, c'est-à-dire l'IFR. Mais on peut difficilement l'utiliser car le nombre total de cas de contamination est inconnu puisque toute la population n'a pas été testée. Certains chercheurs ont essayé d'estimer le nombre total de cas pour calculer l'IFR. La proportion d'auto-immunisation ajoutée aux malades non détectés varie entre 1 et plus de 20% de la population. Cette incertitude est trop grande pour calculer l'IFR avec précision. Les modèles souffrent donc d'une imprécision sensible qui ne sera levée qu'une fois le dépistage massif terminé.

Une mauvaise utilisation des termes et donc des formules peut semer la confusion dans l'esprit du public et donner des chiffres très différents comme l'ont rappelé les membres de l'ONG Global Change Data Lab qui gère en collaboration avec des chercheurs de l'Université d'Oxford le site "Our World Data" qui publie des statistiques sur la pandémie au Covid-19.

Le Covid-19 est aussi létal que le virus du choléra. S'il frappe une personne sensible ou à risque et qu'elle n'est pas prise immédiatement en charge, la mort peut survenir rapidement. Ainsi en 2020 aux Etats-Unis, en moins d'une semaine une famille a perdu quatre membres, atteints du Covid-19 et trois autres étaient en soins intensifs (cf. New York Times).

Le Covid-19 est plus mortel que les virus de la grippe saisonnière, les taux de létalité étant respectivement de 7.1% et de 0.1% (30 avril 2020). Mais cela reste beaucoup moins élevé que d'autres épidémies à coronavirus comme le MERS (34.5%) ou le SARS (9.6%), sans parler d'Ebola (39.5%) et des grandes pandémies comme la grippe espagnole de 1918 (1.7 à 5.6%) qui tua entre 30 et 100 millions de personnes et le SIDA (1.6-12.7% selon le moment de la prise en charge) qui a fait plus de 30 millions de morts en 40 ans !

Les décès suite au Covid-19 s'observent majoritairement dans les lieux confinés très fréquentés, les "clusters" comme les maisons de repos et autre EHPAD (en France) car le confinement n'a pas été respecté faute de moyens et une fois le virus installé dans l'établissement il a été difficile de le détecter et donc de l'éliminer. On y observe localement entre 30 et 50% de décès, et en moyenne 2 à 3 fois plus de décès qu'en temps normal, mais tous ne sont pas liés au Covid-19 (cf. Next-Inpact). Les autres décès liés au Covid-19 sont observés dans les hôpitaux.

Les patients présentant une atteinte cardiaque évoquée plus haut sont significativement plus nombreux (58%) à présenter une détresse respiratoire aiguë que les autres patients (4%). Le taux de létalité est également 9 fois plus élevé (51% contre 4.5%) chez ces patients comparé à ceux n'ayant pas d'atteinte cardiaque (cf. R.O.Bonow et al., 2020; Z.Lu et al., 2020; M.Metra et al., 2020; B.Yang et al., 2020).

Chez les adultes

En France, 58% des personnes en réanimation pour le Covid-19 ont entre 60 et 80 ans. 93% des patients décédés ont 65 ans ou plus. En Belgique, on observe également le plus grand nombre de décès chez les 65-84 ans (48%) et un peu moins chez les 85 ans et plus (39%). Au Luxembourg, l'âge médian est de 86 ans; 69% des décès (il y en a 88) touchent des personnes âgées de 80 ans et plus et 25% des personnes âgées entre 70 et 79 ans. En Italie, la moyenne d'âge des patients décédés est de 78 ans. En Espagne, les deux-tiers des patients décédés ont plus de 80 ans. Mais il faut distinguer le taux de létalité en soins intensifs de celui à domicile, pour lequel nous avons très peu de chiffres.

Document Vincent Kalut/PhotoNews.

Aux États-Unis, selon le CDC, en moyenne 31% des contaminés ont 65 ans et plus. Ce groupe d'âge représente 45% des hospitalisations, 53% des admissions aux soins intensifs et 80% des décès.

Concernant la proportion de décédés par genre, en Europe 69% des décès causés par le Covid-19 ont été enregistrés chez les hommes. Selon Global Health, ce rapport est de 52% en Belgique, 55.1% au Luxembourg, 58% en Allemagne, 59% aux États-Unis, 60% en France et 65% en Italie.

Il faut toutefois prendre ces statistiques avec précaution car ce rapport varie dans le temps. En Espagne par exemple, au cours du mois d'avril 2020 la proportion de 50% d'hommes décédés de la Covid-19 passa à 60% (cf. ISCIII, Global Health).

En Chine, selon une étude publiée mi-février 2020, sur plus de 1000 patients décédés, il y avait 63.8% d'hommes et 36.2% de femmes (cf. CCDCW). Aux Philippines, en Equateur et en Colombie notamment, on constate que deux fois plus d'hommes que de femmes meurent du Covid-19. La plus grande différence s'observe en Thaïlande où la maladie tue 4 fois plus d'hommes (81%) que de femmes (cf. Global Health, A.Purdie et al., 2020).

On ne peut pas calculer de moyenne mondiale car le rapport de létalité varie en fonction de facteurs génétiques et du mode de vie de chaque population.

Influence du genre sur la gravité de la maladie et les décès

Cet écart entre hommes et femmes n'est pas (encore) scientifiquement expliqué mais on peut déjà proposer deux hypothèses pour expliquer cette différence entre les genres. On sait que les femmes sont médicalement mieux suivies que les hommes (cf. la gynécologie), donc traitées précocement pour diverses "maladies de civilisation". Elles ont également tendance à prendre plus souvent le Soleil que les hommes et donc à produire de la vitamine D sous l'action des rayons UVB solaires. Cette hormone joue un rôle protecteur très étendu qui touche à la fois le génome (cf. Science Daily) et le système immunitaire (cf. M.Hewison, 2011) notamment. Ainsi, une carence en vitamine D peut provoquer du rachitisme, une décalcification osseuse, des maladies de peau, accroître le risque de tuberculose et des infections respiratoires parmi d'autres maladies infectieuses. Ce sont donc deux facteurs qui peuvent s'ajouter aux hormones féminines pour expliquer cette différente entre les genres.

Proportion d'hommes et de femmes décédés des suites du Covid-19 dans 38 pays ou régions établi en juin 2020. Documents S.L. Klein et al. (2020)

Mais il y a d'autres facteurs à considérer car les femmes ménopausées ne produisent plus ces stéroïdes. En revanche, passé 50 ans on sait que le système immunitaire s'affaiblit auquel s'ajoute le facteur de comorbidité qui touche plus les hommes que les femmes âgées. En effet, on suppose que les hommes se retrouvent plus facilement que les femmes dans les groupes à risque, car plus souvent victimes des "maladies de civilisation" comme des maladies cardiovasculaires, respiratoires, l'hypertension, le diabète, etc.

Ceci dit, il y a heureusement beaucoup de malades chroniques qui guérissent de la Covid-19, tout dépendant de leur état de santé général et de leur degré d'immunité.

Aux dernières nouvelles, selon une étude américaine publiée dans la revue "Nature" en juin 2020 par l'immunologiste Sabra L. Klein de l'École de Santé Publique Johns Hopkins Bloomberg de Baltimore et ses collègues, nous avons à présent des preuves de différences entre les genres dans la gravité des effets du Covid-19 en Chine, en Corée du Sud et aux Etats-Unis (et très bientôt en Europe) où les données des dépistages massifs ont déjà été analysées.

En moyenne, en Corée du Sud les femmes représentent environ 60% des tests positifs pour le Covid-19, ce qui suggère que les femmes contractent l'infection, malgré un taux de létalité (CFR) inférieur. Aux États-Unis, les taux de diagnostic sont similaires chez les hommes et les femmes, mais les hommes présentent une mortalité 1.5 fois plus élevée.

Selon les chercheurs, un biais masculin dans la mortalité due au Covid-19 a été signalé dans 37 des 38 pays ayant fourni des données ventilées par genre. La plus grande différence apparaît en Angleterre où le CFR H/F = 0.27/0.16. En moyenne, le taux de létalité chez les hommes dans ces 38 pays est 1.7 fois plus élevé que chez les femmes (CFR moyen H/F = 0.073/0.044), ce qui est cohérent avec d'autres rapports.

A consulter : Statut de l'épidémie au Covid-19 en Belgique, Sciensano/Epistat

A gauche, proportion de personnes contaminées par le Covid-19 en Belgique au 15 juillet 2020. Concernant les décès lié au Covid en Belgique, les statistiques ne sont pas complètes (il y a environ un tiers d'hommes, un tiers de femmes et un tiers de cas non précisés). A droite, proportion de personnes contaminées et décédées des suites du Covid-19 au Luxembourg au 17 juillet 2020. Au Luxembourg comme dans la majorité des pays, les hommes décèdent plus fréquemment de la maladie que les femmes. Les raisons seraient liées au risque de comorbidité, de facteurs immunologiques et hormonaux. Ces statistiques basées sur des données incomplètes représentent un instantané de l'état de l'épidémie au Covid-19, des mois avant que celle-ci soit endiguée. Il est donc trop tôt pour calculer le rapport par genre définitif et encore moins le taux de mortalité qui vont évoluer avec le temps. Documents Siensano/Epistat et Gouv.lu adaptés par l'auteur.

Une étude précédente avait montré que cette différence entre les genres est la plus marquée en Thaïlande où 4 fois plus d'hommes que de femmes succombent à la maladie.

Dans les 38 pays concernés par cette analyse, le risque de décès augmente pour les deux sexes avec l'âge, mais à tous les âges au-dessus de 30 ans, les hommes ont un risque de décès significativement plus élevé que les femmes.

Selon les chercheurs, les modèles animaux d'infection par le Covid-19 montrent des différences de mortalité entre les souris mâles et femelles et sont attribuées aux hormones stéroïdes. Chez les humains, de multiples dimensions du genre biologique, y compris les stéroïdes sexuels, les chromosomes sexuels et les différences génomiques et épigénétiques entre les hommes et les femmes, ont un impact sur les réponses immunitaires et peuvent affecter les réponses à l'infection par le Covid-19.

Chez les personnes âgées

Le virus touche plus fortement les personnes âgées. En Chine, en Corée du Sud, en Italie et en Espagne, à la mi-mars, le taux de létalité dans la tranche d'âge de 40 à 49 ans variait entre 0.08% en Corée du Sud et 0.4% en Chine et en Italie. A partir de 60 ans, la proportion atteint ~1% et elle varie entre 13 et 20% chez les plus de 80 ans.

Un soignant tient la main d'un patient Covid à Bergame, en Italie, le 3 avril 2020. Le réconfort donné aux patients est aussi une thérapie psychologique. Les soins prodigués par le personnel de santé passent autant par le corps que par l'esprit et l'émotion ressentie est souvent réciproque. Document Piero Cruciatti/AFP.

Pourquoi le virus tue-t-il un plus grand nombre de personnes âgées ? Posons la question au Dr Luka Cicin-Sain, médecin expert en biomédecine, spécialiste du vieillissement immunitaire et les infections chroniques au centre Helmholtz de recherche sur les infections à Braunschweig, en Allemagne.

La capacité du système immunitaire à répondre à une infection virale diminue avec l'âge. Selon Cicin-Sain, une des raisons est la diminution des lymphocytes T naïfs, ceux qui n'ont pas encore été activés et ne sont pas encore différenciés en divers types (cytotoxiques, auxiliaires, régulateurs, NKT, MAIT et Gamma delta). Avec l'âge, la réponse immunitaire adaptative, c'est-à-dire l'activation des lymphocytes T est moins efficace et impacte l'évolution et la gravité de la maladie.

Une personne âgée possède beaucoup de lymphocytes T mémoire, ceux qui sont prêts à réagir à des infections déjà rencontrées. Mais du fait que le Covid-19 est un nouveau virus, les défenses du système immunitaire manquent de lymphocytes T mémoire et chez les personnes âgées, il n'a plus suffisamment de lymphocytes T naïfs.

N'ayant plus ou pas assez de moyens pour lutter contre l'attaque virale, la réponse du système immunitaire adaptatif est donc plus faible et réagit plus tard et de manière désynchronisée. Heureusement, le système immunitaire inné continue à combattre le virus mais détruit en même temps le tissu pulmonaire. Dans le pire des cas, le patient présente un syndrome de détresse respiratoire aigu. Quand le système immunitaire adaptatif dispose enfin des lymphocytes T appropriés, il est parfois trop tard pour neutraliser le virus. Cela explique pourquoi les personnes âgées sont touchées de manière disproportionnée par les formes graves et souvent fatales de la Covid-19.

Toutefois, cette perte d'immunité avec l'âge n'explique pas pourquoi, contrairement à d'autres épidémies, les enfants sont beaucoup moins touchés par des formes graves de la maladie. Une piste déjà évoquée est le fait que les enfants auraient plus de récepteurs ACE dans l'épithélium pulmonaire, ce qui pourrait les protéger des formes graves de la maladie (cf. M.Midulla et al., 2020). Une autre piste explorée est celle des anticorps appelés ADE (Antibody-Dependent Enhancement ou facilitation de l'infection par les anticorps). Ces anticorps spécifiques ne correspondent pas parfaitement au Covid-19 et ne l'empêche donc pas de pénétrer dans les cellules pour les infecter. Le virus peut alors s'y multiplier et attaquer les cellules du système immunitaire. C'est ce mécanisme qui est par exemple à l'oeuvre dans la dengue pour laquelle il existe quatre souches virales. Mais ces hypothèses doivent encore être confirmées.

Chez le personnel de santé

Au cours d'une allocution présentée le 14 février 2020, l'OMS annonça qu'en Chine 1716 professionnels de santé avaient été contaminés par le Covid-19. On apprit par la suite que les deux-tiers du personnel soignant de Wuhan furent contaminés. Six membres du personnel soignant sont morts de la maladie dont le Dr Li Wenliang précité.

Au Royaume-Uni, au 22 mai 2020 selon le gouvernement il y avait 49 décès parmi le personnel du NHS (cf. BBC). Mais selon un décompte du Guardian établi sur base des actualités, il y aurait au moins 200 décès parmi le personnel de santé (et probablement plus car toutes les informations n'ont pas été publiées dans la presse). Au moins 98 personnes sont décédées en contact direct avec les patients Covid (cf. HSJ, BBC). Le plus grand nombre de décès (au moins 34 personnes) s'observa chez le personnel de santé âgé entre 51 et 60 ans. Une des raisons est le manque d'équipement de protection contre le virus.

Patient Covid à l'Hôpital Pourtalès de Neuchatel (CH) le 18 mars 2020. Document Guillaume Perret.

En Italie, selon la FNOMCeO plus de 100 médecins sont morts de la Covid-19.

En Espagne, 50000 membres du personnel de santé ont été contaminés par le Covid-19 et 48 d'entre eux sont décédés.

Selon Santé Publique France, au 22 mars 2020 il y avait 6019 cas potentiels de contamination en France parmi les professionnels de santé et les salariés d'établissements médico-sociaux. Au 25 avril 2020, on déplorait 25 décès parmi les urgentistes, les infirmières et médecins notamment (cf. La Dépêche/AFP, Le Huffington Post, La Voix du nord, 20 minutes).

En France comme en Belgique ou en Suisse, le personnel de santé a dénoncé ses manques de moyens, les risque auxquel il était exposé et les graves déficiences du système de santé. On y reviendra (cf. page 7).

En Belgique, on dénombre au moins 8 décès parmi les membres du secteur médical mais leur nombre n'est pas officiellement connu (cf. Moustique, La DH/Les Sports, La DH/Les Sports).

Dans un rapport publié par le Conseil international des infirmières (CII), dans le monde, au 14 août 2020 on dénombrait 1097 infirmières décédées de la Covid-19. Mais ces statistiques ne concernent que 44 pays et sont donc sous-estimées.

Selon le CII, "Sachant que les taux de contamination du personnel de santé se situent en moyenne autour de 10% du total des contaminés dans le monde et que près de 30 millions de personnes ont été contaminées par le virus, cela signifie que trois millions d’agents de santé seraient contaminés". Pour sa part, Amnesty International évoqua le nombre de 7000 morts début septembre 2020 mais en tenant compte du personnel soignant au sens large. Le plus grand nombre de décès est relevé au Mexique (1320 décès), aux Etats-Unis (1077 décès), au Brésil (634 décès), en Inde (573 décès) et en Afrique du Sud (240 décès), à savoir des pays où les autorités et la population ont souvent miniminé voire dénié les risques liés à la Covid-19.

Conclusion, le risque zéro n'existe pas. Nous insiterons encore sur ce fait à propos du confinement et du respect des mesures de protection (port du masque, distanciation sociale et gestes barrières).

Des nourrissons et des adolescents décédés

Jusqu'au 27 mars 2020, il n'y avait pas eu de décès (mais on ignore la situation réelle en Russie et en Chine) chez les jeunes contaminés de moins de 30 ans, leur système immunitaire étant capable de combattre le virus. Il est également très rare que les enfants succombent à ce type d'infection.

En Chine, fin mars on apprit que sur les 1023 personnes décédées début février, 8 avaient moins de 30 ans (un seul avait entre 10-19 ans et 7 autres entre 20-29 ans).

Parmi les adolescents décédés de la Covid-19, une jeune fille de 16 ans jusque là en pleine forme a succombé à la malade dans l'Est de la France, une adolescente de 12 ans est décédée en Belgique après avoir eu de la fièvre durant 3 jours, un enfant de 13 ans est décédé au Royaume-Uni ainsi qu'un enfant de 14 ans souffrant de psoriasis, une maladie de la peau qui affecte le système immunitaire est décédé au Portugal.

Une fillette de 3 ans est morte de la Covid-19 en Belgique en juillet 2020.

Chez les nourrissons, un bébé de 10 mois est mort en Chine après 4 semaines d'hospitalisation et 4 bébés âgés respectivement de 6 semaines, 6 mois, 9 mois et 1 an sont décédés aux Etats-Unis (31 mars 2020).

En moyenne, en Europe le taux de létalité est inférieur à 1% chez les enfants et adolescents infectés.

Procédure mortuaire

On en parle peu pour des raisons évidentes de sensibilité et de respect, mais que deviennent les patients porteurs du virus décédés à l'hôpital ? Les patients décédés sont immédiatement déplacés afin de réduire le risque de contamination et libérer les lits. Bien que cela soit choquant pour tout le monde, étant donné que le cadavre porte toujours le virus et reste contagieux, à l'abri des regards (mais non des bruits) le personnel médical déshabille le cadavre sur son lit d'hôpital et le place immédiatement dans un sac hermétique lui-même placé dans un deuxième sac hermétique. Il est ensuite transporté chez les pompes funèbres qui le déposent immédiatement dans un cercueil. Le cadavre n'est donc pas lavé ni préparé comme cela se fait d'habitude pour son ultime voyage. La cérémonie funéraire est également réduite à l'essentiel compte tenu des circonstances.

Cela veut dire que la famille n'a pas la possibilité de voir le défunt. Pendant le confinement, dans certains pays on ne permettait même pas à la famille de se recueillir devant le cercueil ou devant sa tombe au cimetière, des règles souvent considérées comme excessives et inhumaines. En effet, cette absence de contact avec le défunt peut être traumatisante pour les proches qui peuvent épprouver des difficultés pour faire leur deuil avec d'éventuelles séquelles psychologiques. On reviendra sur les troubles post-traumatiques, y compris chez le personnel de santé au chevet des patients (cf. page 7).

A gauche, cercueils dans une église de Serina près de Bergamo en Italie qui a enregistré près de 5000 morts du Covid-19 en un mois. Photo prise le 21 mars 2020. A droite, un prêtre officiant dans le strict respect des mesures sanitaires lors de funérailles près de Bolgare, en Italie, le 23 mars 2020. Documents Piero Cruciatti/AFP.

A présent que vous êtes informés sur les principaux effets que peut avoir la maladie, comme l'a dit un patient guéri la gorge nouée en imaginant que sa femme et lui auraient pu figurer dans les statistiques des décès : "ce virus est vraiment une saloperie. Alors ne faites pas le con, restez chez vous et prenez soin de vous".

Sachant que le Covid-19 tuait encore plus de 4000 personnes par jour le 9 juin 2020 (cf. OMS, Our World Data), même si c'est trois fois moins qu'en avril, ce n'est pas encore l'heure d'en rire.

Reste à présent à endiguer cette crise sanitaire sans précédant en trouvant rapidement une solution alternative en attendant un vaccin. La médecine 3.0 planche déjà sur un traitement grâce aux superordinateurs et à l'intelligence artificielle (cf. Y.Yang et al., 2020; InferVISION).

En attendant, il faut gérer cette crise et cela commence par bien comprendre comment se propage un virus dans une population pour y répondre de la manière la plus adaptée. C'est le rôle des épidémiologistes qui étudient les maladies et leur évolution dans le temps, aujourd'hui largement aidés dans leur travail par des modélisations informatiques. C'est l'objet du prochain chapitre.

Prochain chapitre

Modélisation des épidémies

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