jean dijon

siril: script pour implémenter l'algorithme CMED

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Bonjour,

 

Avec de grandes focales et les capteurs CMOS actuels les images sont notablement sur échantillonnées , Christian Buil a développé l’algorithme CMED pour la spectro  algorithme qui consiste à faire un filtrage médian de l'image brute suivit d'un binning avant de recaler et d’empiler les images le résultat est un accroissement notable du rapport signal sur bruit de l'image sans perte de résolution.

Je voudrais faire un script dans siril pour implémenter cette fonction au niveau du prétraitement des images avant recalage et empilement.

Je suis un novice complet pour réaliser un tel script qui ne doit pas être très compliqué vu que la fonction médian existe dans siril est ce que quelqu'un pourrait m'aider ?

Par ailleurs serait il possible d’implémenter cet algorithme dans Siril au niveau d'une option dans la partie prétraitement

Merci d'avance

 

jean

 

 

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Bonjour Marc,

 

merci beaucoup je vois que le travail a déjà été fait:x

si j'ai bien compris. Sous windows il faut créer un fichier genseqscript.ps1 dans un editeur de texte et copier le code qui est fourni 

on lance le code avec

.\genseqscript.ps1 "fmedian 5 1" "C:\MyImages\r_pp_light_.seq" med_ fit

ou fmedian 3 1...

 

qu'est ce que la console PowerShell dans windows?

 

si j'ai bien compris l’opération se fait hors Siril sans avoir besoin de le lancer du moment que les images sont dans le dossier MyImages

 

jean

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Tu as une explication plus complète sur cette page :

 

https://siril.org/fr/tutorials/bash-scripts/

 

Pour la "théorie" , je dois trop me remémorer, cela fait trop longtemps..

J'avais pourtant pris des notes. Mais je ne les retrouve pas dans l'immédiat

 

Mais en pratique c'est relativement simple.

1) tu télécharges sur le site de Siril : genseqscript.ps1

    Si problème, je te l'envois....

 

2) puis tu crées à ta convenance un fichier "bat" pour que Siril exécute la même commande pour une séquence d'images.

   Voici par exemple le fichier batch pour effectuer un filtre médian 3-1 à une séquence d'images :

 

  

Powershell.exe -executionpolicy unrestricted -File C:\Users\Marc\Desktop\dossierTravailSiril\fichiers_BATCH\genseqscript.ps1 "fmedian 3 1" %1 med_3_1_ fits

pause

 

Tu vois que

1) mon dossier de travail pour Siril  porte chez moi le nom: "dossierTravailSiril"

2) que mes fichiers "bat" se trouvent dans le dossier : "dossierTravailSiril\fichiers_BATCH"

3) que "genseqscript.ps1" se trouve dans ce même dossier "fichiers_BATCH

 

Ensuite il suffit de faire glisser la séquence d'images sur l'icone du fichier "bat" pour que la commande soit exéctutée sur la séquence.

 

Si la séquence de départ est light.seq, tu auras dans le répertoire de travail de Siril la nouvelle séquence med_3_1_light.seq.

 

PS : en  MP je viens de t'envoyer

fmedian_5_1.bat   gauss_3.bat et genseqscript.ps1

 

Modifié par Marc S

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Merci

je vais regarder tout cela si j'ai trop de problèmes je te recontacterai

 

jean

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C'est bon j'ai réussi à faire tourner le script après avoir réglé les problèmes de signature dans Windows

encore merci

 

jean

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il y a 10 minutes, jean dijon a dit :

C'est bon j'ai réussi à faire tourner le script après avoir réglé les problèmes de signature dans Windows

 

Ah, je suis content que cela marche...

 

Par curiosité, tu es à quelle focale et quel échantillonnage en bin-1 avant d'appliquer l'algo CMED ?

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pour les images que je traite en ce moment j'ai 3.2m de focale et un échantillonnage de 0.3" d'arc 

 

jean

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Il y a 6 heures, jean dijon a dit :

C'est bon j'ai réussi à faire tourner le script après avoir réglé les problèmes de signature dans Windows

encore merci

arf le problème de sécurité qui oblige à désactiver la vérification de signature des développeurs qui ne signent pas leur scripts. tsss

 

Attention quand même à ne pas télécharger n'importe quoi ensuite : Powershell est aussi puissant que JavaScript pour prendre la main sur une machine et faire des chevaux de Troie dans votre système.

 

sur une session powershell administrateur :

image.png.30955e959ec5eacc3df62510a69930cd.png

 

Set-ExecutionPolicy -ExecutionPolicy Unrestricted -Scope LocalMachine

et on en parle plus

Ne pas oublier de rebooter pour stabiliser sinon la clef de registre HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\PowerShell\1\ShellIds risque de ne pas être stable.

 

Note powershell remplace l'interpréteur de commande maintenant mais on peut le retrouver ou vice-versa.

image.png.abef19f997444b240dfecd3c04b5a369.png

Modifié par lyl

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il y a une heure, lyl a dit :

arf le problème de sécurité qui oblige à désactiver la vérification de signature des développeurs qui ne signent pas leur scripts. tsss

 

Je suppose qu'avec la commande du fichier "bat" :

 

""Powershell.exe -executionpolicy unrestricted -File C:\Users\Marc\Desktop\dossierTravailSiril\fichiers_BATCH\genseqscript.ps1 "fmedian 3 1" %1 med_3_1_ fits""

 

avec la mention "executionpolicy unrestricted",  la non-restriction est appliquée à chaque invite du pgm Powershell "genseqscript.ps1". Puis ensuite la restriction est de nouveau appliquée à d'autres pgms.

 

Donc pas trop de problème de sécurité...

 

Pour ma part et de mémoire je n'ai pas modifié les signatures dans Windows....

Modifié par Marc S

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Effectivement, tant que tu pourras télécharger des objets non signés, ce n'est pas un problème.

Là c'est juste un enrobage pour une fonction.

 

Il est quand même nécessaire d'expliquer comment obtenir de façon permanente l'interpréteur de commande en mode administrateur pour pouvoir lancer ce type de commande.

Windows est en transition avec les anciens outils, dans les prochaines mises à jour, ce n'est pas garanti que l'ancien interpréteur de commande reste ouvert côté sécurité.

De toute façon si je ne m'abuse, Siril est plutôt destiné à Linux non ?

 

Une petit sujet qui résume assez ce que pense les développeurs sérieux à propos de l'artillerie native de windows :

Un ingénieur Microsoft retrace les grandes lignes de l'évolution de la ligne de commande Windows

Citation

C'est aussi la raison de l'échec de NT auprès des particuliers, et in fine la raison d'être de la lignée Win9.x. Ajoutons que beaucoup de jeux (Doom en 1993...) tournaient via des DOS extenders (DOS/4GW...) qui leur donnaient un accès direct au hardware, en particulier les registres et à la mémoire de la carte graphique, pour coder des drivers maison... C'est typiquement le genre de chose qu'il est bien difficile à émuler correctement depuis une VDM (et avec de bonnes performances). D'ailleurs, cela me fait tomber sur cet article:
https://www.stardock.com/stardock/art_os2past.html
qui explique qu'en substance IBM s'est retrouvé un peu dérouté de devoir assurer le support de jeux vidéos pour des particuliers alors qu'il étaient plutôt habitués à gérer des entreprises :

Bon après on peut toujours obtenir un niveau de performance intéressant sans utiliser le potentiel de calcul des cartes graphiques : sur un ordinateur portable bureautique.

Ce n'est pas ce qu'on fait de nos jours pour le traitement d'image en tout cas.

 

Bref ça marche ... passons.

Sinon en alternatif, un outil utilisé en entreprise contenant un interpréteur de commande compatible bash like : image.png.2e5ba9b043bbc5bb60ab36cd2b59a155.png

il s'appuie sur cygtermd (exécutable utilisé) et différentes bases de cygwin : https://www.cygwin.com/

Un packaging sympa pour d'autres usages mais la partie shell / interpréteur est bien robuste.

Une évolution de produits qui datent d'au moins 2006 et par des gens qui sont dans le GNU depuis pfiou .. 1989... (Cygnus Solutions qui a fusionné avec Red Hat en 1999)

Modifié par lyl

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Bonsoir,

 

au niveau de powershell je suis en remotesigned ce qui interdit normalement de faire tourner des scripts non signés y a t'il un problème?

j'avoue que c'est du chinois pour moi

j'attends vos lumières

 

jean

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Je me disais qu'on pourrait probablement faire tourner siril-cli.exe avec un interpréteur bash/LINUX qui marche en faisant du copie/colle des lignes de commandes UNIX.

cet interpréteur en question est capable de charger du code compilé windows plutôt que de ce casser les pieds avec du powershell pour faire soi-disant "propre"

Là pas d'interface graphique donc bon, pas besoin de cet aspect et facilitons nous la vie.

----------------

Hop : téléchargement de Moba gratuit et de SiriL gratuit (en passant un grand merci pour le portage)

Ça se lance, je ne vois pas pourquoi ça ne calculerait pas correctement.

Bon quand même certains auront quelques difficultés pour se promener avec les lignes de commande bash mais je peux assurer que ça rentre vite même avec mes collègues qui ne pigent rien à bash à la sortie de leurs études.

"cd /drives/C" et on est sur le lecteur C à la racine

"\ " (antislash + espace) pour les blancs dans les chemins des dossiers

TAB : anticipation des éléments du dossiers

/ au lieu de \ dans les séparateurs de dossiers.

 

Voilà les quelques fondamentaux, ensuite la ligne de commande windows ressemble furieusement à cet interpréteur tellement plus évolué. et il suffit de faire copie/colle des lignes de script linux

On peut toujours garder les éditeurs de texte windows si vous êtes allergiques à vi.

image.png.42738720297aa9c35725b44903b6ea49.png

 

et en ligne de commande

 

image.png.4a34a918fd72956e041cfde29704a264.png

 

apuka, j'espère que @Cyril Richard validera la compatibilité, voire packagera quelques modèles de script avec sa distribution.

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15 hours ago, lyl said:

Je me disais qu'on pourrait probablement faire tourner siril-cli.exe avec un interpréteur bash/LINUX qui marche en faisant du copie/colle des lignes de commandes UNIX.

cet interpréteur en question est capable de charger du code compilé windows plutôt que de ce casser les pieds avec du powershell pour faire soi-disant "propre"

Ca marche egalement avec Msys2 (qui permet de compiler Siril ss Windows au passage, avis aux amateurs). Le script qui est decrit plus haut est d'ailleurs aussi propose en bash dans le meme tuto (https://siril.org/tutorials/bash-scripts/#unix-1). L'idee de le proposer en PowerShell etait de ne pas demander aux utilisateurs de charger un interpreteur en plus.

 

Attention toutefois a la gestion des paths. Ceux que l'on veut faire interpreter a siril-cli.exe, il faut les passer Windows-style. Par exemple, toujours pour le script en question:

$ ./genseqscript.sh "fmedian 5 1" "C:\Users\UserName\Pictures\Siril\mytestsequence_.seq" med_ fit

 

Cecile

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Il y a 2 heures, cissou8 a dit :

L'idee de le proposer en PowerShell etait de ne pas demander aux utilisateurs de charger un interpreteur en plus.

Certes mais la vocation première de powershell est pour l'exploitation windows serveur, ça reste anecdotique et franchement abscons comme langage.

 

J'ai comme avis que le portage en gardant un interpréteur plus adapté à la compilation d'un produit initialement fait pour unix/linux.

Avec Msys2 pourquoi pas, c'est la version patronnée par Microsoft.

 

Je m'intéresse à l'aspect ergonomie et au minimum d'actions à faire, une fois une configuration installée.

Avec l'outillage Moba (gratuit), il y a un aspect "pop-up ligne de commande" avec l'interpréteur que l'on souhaite qui est ergonomique et intéressant.

 

Préalable :

Pour l'accès aux commandes en ligne en mode simplifié, il y a une variable d'environnement qui s'appelle PATH sous bash.

En mettant le chemin d'accès à siril-cli.exe dans le PATH, on peut aller ensuite dans n'importe quel dossier de travail plutôt que de mettre des chemins absolus à tire larigot.

Avec Moba, vu comme une extension d'environnement que tu mets ensuite en tâche de fond avec Ctrl-M, tu peux démarrer une fenêtre semi-transparente réglable avec un interpréteur de commande en ligne.

En tapant Ctrl-Alt-M une fois positionné dans le dossier dans lequel on est en train de gérer tes images.

 

Exemple :

Là j'ai rempli mon profil pour ajouter le dossier des binaires de SiriL (dans mon profil perso : ~/.bash_profile)

J'y ai ajouté la ligne PATH="/drives/C/Program Files/SiriL/bin:$PATH"

Peu importe l'éditeur pour créer le fichier : en tapant notepad .bash_profile, c'est interprété...

image.png.2a2ae826b8d010bc4cbf7203187de6b1.png

J'ai ouvert un explorateur et suis allée dans le dossier C:\TEMP en quelques clics de souris

et avec Ctrl-Alt-M, j'ai pu ensuite lancer siril-cli.exe : avec mes images dans ce dossier et le script, c'est assez concis comme manipulation ensuite sans avoir à compliquer les commandes.

A nouveau Ctrl-Alt-M, l'interpréteur disparait et tu reviens à la manipulation sous windows comme si rien ne c'était passé.

image.png.d22888cfd00331bd7514289cbabd486a.png

 

 

 

A noter que l'on peut aussi enregistrer le chemin des binaires SiriL dans le path windows pour prise en compte dans powershell

Et indépendamment, lancer powershell dans la fenêtre popup de Moba sans faire d'appel à de l'interprétation bash

image.png.55eb567f8e9c0df473e873b3dcadec38.png

 

Bref, il existe de l'outillage utile pour améliorer windows et faire du portage unix/linux plus facilement que ce qu'offre Microsoft.

 

 image.png.ba263ec1e73263f4690fe32d117e48a4.png    r    :  c'est vraiment minimaliste. L'absence de contexte quand tu as quelques commandes à lancer ça limite beaucoup.

image.png.679d6b38e3601b52cf4e267a2c901b93.png

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