CPI-Z

Adaptive Image Deconvolution Algorithm (AIDA)

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Merci Meteo Drinker, mais je suis une quiche en informatique et je ne comprends pas grand chose dans ce lien de 2011.

De plus la la version de 2019 d'il y a quelques mois nécessite déjà une version de python différente et il y a Anaconda ... à paramétrer ...

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comme expliqué dans le manuel en pdf, tu installes anaconda 3.x et dans l'archive que tu as récupéré sur git tu configures avec les deux lignes de commande fournies et enfin tu exécutes  AIDA_app.py ...

Edited by asp06

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Et non ce n'ai pas aussi simple ça ne marche pas comme cela.

 

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je viens d'éditer à la marge ma réponse ci dessus.

je vais tester sur une machine windows que j'ai sous la main.

 

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pour cette commande "conda env create -f environment.yml" l faut se placé dans le repertoire d'aida ok avec cd 

 

par contre conda activate Python36 ? je sait pô

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tu ouvres le prompt anaconda et tu vas dans le répertoire où tu as désarchivé l'image du git, ça ressemble à ça quand je lance la commande :

 

(base) C:\Users\xxxx\Desktop\aida-master\aida-master>conda env create -f environment.yml

 

et ensuite tu lances directement :

 

(base) C:\Users\xxxx\Desktop\aida-master\aida-master>python AIDA_app.py

 

qui chez moi renvoie l'appli et un message dans le prompt : ** pyFFTW cannot be loaded/found **

 

j'ai tenté différentes installations de pyfftw ( https://anaconda.org/conda-forge/pyfftw ) et un redémarrage du prompt mais j'ai tout de même ce message.

 

 

 

Edited by asp06

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Ca marche ok pour moi merci :) reste a comprendre comment ca marche :D

 

2019-10-21.png.a2bc7e8ba520ff63523ff6f829f3565f.png

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Il y a 2 heures, Sauveur a dit :

pour cette commande "conda env create -f environment.yml" l faut se placé dans le repertoire d'aida ok avec cd 

Après installation d'Anaconda, avec  le moniteur Anaconda Prompt (Anaconda 3) puis cd jusqu'au dossier Aida-master, j'ai lancé la commande "conda env create -f environment.yml". Là c'était une chose que je n'avais pas faite (Merci Sauveur). Il semble donc que les bonnes bibliothèques soient installées. Mais la question que je me pose, sont-elles dans Anaconda-Navigator environnements base (root) ou faut-il créer une environnement spécifique avec ces bibliothèques et dans ce cas comment faire ?

 

- Lancement de Spyder (Python 3.7) et attribuer Aida-master comme répertoire de travail utilisé (en haut à droite dans l'image)

- ouverture de AIDA_app.py puis exécution (F5), la fenêtre AIDA s'ouvre bien.

- donc rentrée des paramètres images input, psf input et choix dossier destination

aida-0.PNG.360dcc2883dab539a14c870e4ab85669.PNG

 

et voici le résultat

aida-1.PNG.439c92855ca55a0cfb6e109bbe99538b.PNG

 

où est l'erreur ?

 

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après vérification la cde "conda env create -f environment.yml" n'avait pas fonctionné aussi

AIDA-2.PNG.f0021df07bfc111caed6405c087bdd3e.PNG

et la liste est bien plus longue que cette capture d'écran.

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idem moi aussi j'ai crier victoire trop vite le voyant ce lancer :( je vais chercher et te tiens au courant si je trouve ;)

 

bonne journée et bon ciel

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Sans vraiment comprendre, je crois qu'il y a 2 choses:

- comment créer l'environnement "aida" dans Anaconda avec le fichier environment.yml du dossier aida-master

- et comme il y a le message ** pyFFTW cannot be loaded/foud ** il faut bien faire quelque chose avec le dossier pyfftw du dossier aida-master dans Spyder ou dans l'environnement Anaconda. Mais quoi ?

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Donc personne n'arrive a faire fonctionner ce dernier AIDA sur Windows :(:(:(.

 

J'avais contacté John Sedat le Professeur du projet mais ce dernier est à la retraite depuis 2009. il m'a renvoyé vers le rédacteur du code le Dr. Erik Hom

Mr. :  I found Dr, Erik's address:    You just have to Goggle :  Dr. Erik Hom!   He wrote the code!

    erik@olemiss.edu      Dept of Biology University of Mississippe phone 662-915-1731

  Best,

  John Sedat

https://biology.olemiss.edu/erik-hom/

 

Peut-être quelqu'un pourrait le contacté concernant l'installation car de mon coté l'anglais n'est pas ma tasse de café et je risque de rien comprendre à ses propos ?

Et si quelqu'un à réussi l'installation sur Ubuntu, je serait heureux d'en connaitre la méthode ...

 

Merci

CPI-Z

 

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sur linux mint j'ai le même problème avec pyfftw (même après une install de ce dernier avec pip) et je n'ai pas essayé le workaround proposé sur le git.

l'un des contributeurs cités est franck marchis qui est francophone.

Edited by asp06

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